23
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB III METODOLOGI PENELITIAN
3.1 Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilaksanakan di Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah dan di Lembaga
Ilmu Pengetahuan Indonesia LIPI Serpong selama bulan Mei hingga Juli 2015
3.2 Alat
3.2.1 Perangkat Keras Notebook Samsung 300E4C dengan spesifikasi Intel ® Celeron ®
CPU B820 1,7 GHz, RAM Random Access Memory 4 gigabyte, dan Graphic Card NVIDIA Optimus Ge Force 610M.
3.2.2 Perangkat Lunak Windows 7 Ultimate 32 bit, Marvin sketch, CDK Deskriptor
Calculator 1.3.4, Marvin Sketch, SPSS 16, Open Babel GUI 2.3.2, Sigma Plot 12.0, Microsoft Office Excel 2010, Java ™, Protein Data Bank
www.pdb.org, PubChem http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov, Ligand Scout
3.1.2 trial.
www.libgen.org. PubMed
http:www.ncbi.nlm.nih.govpubmed
3.3 Bahan
Senyawa-senyawa turunan asam sinamat dalam format 3D .mol Terlampir
3.4 Prosedur Kerja
3.4.1 Pengumpulan Data Dilakukan dengan mencari senyawa-senyawa turunan asam
sinamat yang telah diujikan secara invitro terhadap sel p388 dan sudah
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
diketahui IC50 dari senyawa tersebut. Pencarian dilakukan melalui PubChem Bioassay http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov
3.4.2 Pemilihan Deskriptor dan Perhitungan Deskriptor Deskriptor yang dipilih adalah CPSA PPSA1 dan PNSA1 untuk
parameter elektronik, dan log D dan log P untuk mewakili parameter hidrofobik, serta indeks topologi indeks Randic, indeks harari dan indeks
Wiener untuk parameter sterik. Perhitungan deskriptor berupa CPSA, indeks Wiener dan log P
dilakukan menggunakan aplikasi CDK deskriptor dan input yang digunakan adalah .mol serta outputnya berupa .xls. sedengkan untuk
indeks Harary dan indeks Randic akan di hitung menggunakan marvin sketch kemudian nilai deskriptor yang telah didapat disatukan dalam
Microsoft office excel. 3.4.4 Pembagian Data dan Penghilangan Outlier
Data yang telah didapatkan kemudian dibagi menjadi dua kelompok data yaitu training set, dan test set. Training set yang digunakan
sebanyak 23 Senyawa dan test set yang digunakan sebanyak 8 Senyawa. Penghilangan outlier dilakukan dengan menggunakan Ligand
Scout trial dengan membandingkan gugus kromofor yang terdapat pada senyawa-senyawa yang didapatkan. Dari data yang didapat hanya 31 yang
digunakan sebagai model persamaan HKSA karena terdapat beberapa senyawa outlier
3.4.6 Pembuatan Model Persamaan Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas Model persamaan dibuat menggunakan SPSS 16 dengan varieabel
dependent adalah Log 1IC50 aktivitas dan variable independent berupa log D, log P, PPSA1, PNSA1, indeks Harary, indeks randiks, dan indeks
Wiener.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
3.4.7 Validasi Model HKSA Validasi dilakukan dengan beberapa parameter statistik yaitu
koefisien korelasi r, koefisien determinasi r
2
, Adjusted r
2
, standard of error SE, F
hitung
F
tabel
, prediction residual error sum of square PRESS, dan root mean square deviation RMSD. Untuk menentukan nilai PRESS
Prediction Error Sum Of Square dilakukan dengan mengurangi hasil Log 1IC50 dari persamaan dengan Log 1IC50 dari penelitian yang telah
dikakukan kemudian menjumlah seluruh simpangannya, dan RMSD Root Mean Square Deviation dengan mengurangi hasil Log 1IC50 dari
persamaan dengan Log 1IC50 dari penelitian yang telah dikakukan, kemudian merata-ratakan menjumlah seluruhnya dan membagi pada
jumlah test set yang digunakan kemudian dilakukan pengakar kuadratan terhadap rata-rata yang telah didapatkan.
3.4.6 Pengujian Aktivitas senyawa turunan asam sinamat lain Senyawa turunan asam sinamat digambar menggunakan Marvin
Sketch kemudian disimpan dalam format .mol dan dihitung deskriptornya. Untuk deskriptor indeks Harary dan indeks Randic serta log D dihitung
menggunakan Marvin Sketch sedangkan CPSA, indeks Wiener, dan log P dihitung menggunakan CDK deskriptor. Kemudian deskriptor yang
didapatkan dimasukkan ke dalam model persamaan yang telah didapatkan.
26
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Kategori