memiliki dua ikatan hidrogen. Tm primer biasanya meningkat sesuai dengan panjangnya.
Berikut adalah langkah-langkah pemilihan primer Sambrook dan Russel, 2001.
a.
Analisis gen target untuk priming site yang potensial
b.
Membuat daftar yang memungkinkan untuk forward dan reverse
c.
Memilih pasangan yang terbaik dari forward dan reverse primer yang sama komposisi G+C nya
2.6. DNA Mitokondria
Mitokondria memiliki diameter 1– 2 μm dan mengandung bermacam-
macam salinan DNA yang berbentuk sirkular. Jumlah dan bentuk mitokondria berbeda-beda untuk setiap sel dengan tipe yang berbeda dan
dapat berubah. Rata-rata sel eukariotik mengandung 103-104 salinan mitokondria Passarge, 2007, karena DNA mitokondria diekspresikan
dalam spesies atau gen yang berbeda setelah mengalami evolusi Kumari, 2007.
Ukuran genom mitokondria hewan berkisar 14000-39000 pasang basa. Ukuran genom mitokondria minimum untuk berfungsinya mitokondria
hewan multiseluler adalah 14000 pasang basa. DNA mitokondria merupakan DNA rantai ganda yang berbentuk sirkular. Ukuran DNA mitokondria relatif
sangat kecil dibandingkan dengan ukuran genom intinya. Karena ukuran genomnya yang relatif kecil ini, maka genom ini dapat dipelajari secara
menyeluruh sebagai suatu unit tersendiri Solihin, 1994. Urutan DNA
mitokondria secara luas telah digunakan untuk mempelajari evolusi genetik, karena mudah didapatkan, memiliki laju evolusi yang cepat, dan secara
umum mengikuti pola keturunan Kumari, 2007. Lockley dan Bardsley 2000 dalam Kumari 2007 menyatakan
bahwa hewan memiliki DNA mitokondria berbentuk sirkular dengan ukuran kecil 15-20 kb, terdiri dari 37 gen yang menyandi tRNAs, 2 rRNAs, dan
13 mRNAs. mRNAs merupakan gen penyandi protein, terutama menyangkut transpor elektron dan fosforilasi oksidatif mitokondria.
DNA mitokondria hewan secara umum memiliki jumlah dan jenis gen yang sama, yaitu 13 daerah yang mengkode protein URF1, URF2, URF3,
URF4, URF5, URF6, URFA6L, URF4L, Cytochrome Oxidase unit I, Cytochrome Oxidase unit II, Cytochrome Oxidase unit III, Cytochrome b
dan ATPase 6; 2 gen pengkode rRNA yaitu 12S rRNA dan 16S rRNA; 22 gen pengkode tRNA Solihin, 1994.
Gambar 5. Tampilan skematik dari DNA mitokondria vertebrata Pereira, S. Luiz, 2000
Genom mitokondria disusun dengan efisien, tidak memiliki intron, memiliki wilayah intergenik yang kecil yang membuat pembacaan frame
seringkali mengalami tumpang tindih overlap Lockley and Bardsley, 2000.
2.7. Elektroforesis gel
