Genom mitokondria disusun dengan efisien, tidak memiliki intron, memiliki wilayah intergenik yang kecil yang membuat pembacaan frame
seringkali mengalami tumpang tindih overlap Lockley and Bardsley, 2000.
2.7. Elektroforesis gel
Elektroforesis merupakan teknik yang sederhana, cepat dan dapat dilakukan untuk memisahkan fragmen DNA yang tidak dapat dipisahkan
dengan menggunakan prosedur lain. Selain itu, lokasi DNA di dalam gel dapat ditentukan secara langsung melalui bercak warna fluoresens yang
berinterkalasi dengan konsentrasi yang rendah Sambrook dan Russel, 2001.
Gel agarosa merupakan metode yang sederhana dan efektif untuk memisahkan dan mengidentifikasi fragmen DNA dengan panjang 0,5-25 kb.
Agarosa dilarutkan dalam buffer dengan pemanasan hingga terlarut, kemudian dimasukan ke dalam wadah cetakan gel yang telah tersedia sisir
untuk meletakan sampel, dalam waktu yang tidak lama, agarosa akan mengeras, dan gel yang terbentuk ditempatkan dalam wadah laju migrasi
flow-migration chamber, buffer elektroforesis ditambahkan hingga gel terendam oleh larutan buffer. DNA dimasukan ke dalam sumur, dan arus
dialirkan biasanya 50 dan 150 volt. Setelah DNA bergerak dengan jarak yang cukup, gel ditandai dengan pewarnaan dan diamati dengan
menggunakan cahaya UV Mülhardt, 2007.
Agarosa merupakan polimer linear yang mengandung residu D- dan L- galaktosa yang digabung oleh α-13 dan β-1-4 glycoside, yang berasal
dari rumput laut. Rantai agarosa berbentuk serat helik yang berkumpul menjadi struktur yang melingkar supercoil dengan jari-jari 20-30 nm.
Elatin dari agarosa dihasilkan dalam mesh tiga dimensi yang diameternya 50 nm hingga 200 nm Sambrook dan Russel, 2001.
Faktor-faktor yang menentukan jarak migrasi DNA melalui gel agarosa Sambrook dan Russel, 2001.
1. Ukuran molekul DNA Molekul besar berpindah lebih lambat karena membutuhkan usaha
yang besar dan kurang efisien melewati pori-pori gel dibandingkan dengan molekul yang kecil.
2. Konsentrasi agarosa Fragmen DNA linear memberikan jarak perpindahan yang berbeda
melalui gel yang mengandung konsentrasi yang berbeda. Tabel 2. Ukuran pemisahan molekul DNA linear pada standar gel
agarosa Konsetrasi agarosa
[wv] Jarak pemisahan DNA linear
kb 0,3
5-60 0,6
1-20 0,7
0,8-10 0,9
0,5-7 1,2
0,4-6 1,5
0,2-3 2,0
0,1-2 Sumber : Sambrook dan Russel, 2001
3. Konformasi DNA DNA bentuk I superhelical circular, bentuk II nicked circular
dan bentuk III linear berpindah melalui gel agarosa pada jarak yang berbeda. Pergerakan relatif dari ketiga bentuk utamanya bergantung pada
konsentrasi dan tipe agarosa yang digunakan, selain itu dipengaruhi juga oleh kekuatan arus listrik yang digunakan, kekuatan buffer ionik dan
bentuk superhelical dari DNA bentuk I. Pada beberapa kondisi, DNA bentuk I lebih cepat daripada DNA bentuk III, tetapi pada kondisi yang
lain DNA bentuk III lebih cepat daripada DNA bentuk I. 4. Voltase yang digunakan
Perpindahan molekul DNA di dalam gel dirangsang oleh arus listrik yang mengalir dari kutub negatif menuju kutub positif. Pada
voltase rendah, DNA linear mengalami perpindahan secara proporsional. Semakin besar tegangan arus listrik, maka perpindahan molekul DNA
semakin cepat, demikian pula sebaliknya. Untuk mencapai resolusi maksimum dari fragmen DNA dengan ukuran 2 kb, gel agarosa harus
dijalankan tidak boleh lebih dari 5-8 Vcm. 5. Tipe agarosa
Terdapat dua tipe utama dari agarosa yaitu agarosa standar dan agarosa pada suhu rendah low-melting temperature.
6. Buffer elektroforesis Mobilitas elektroforesis DNA dipengaruhi oleh komposisi dan
kekuatan ionik buffer elektroforesis.
23
BAB III KERANGKA KONSEP
Daging kornet sapi
Cek dengan PCR
+ mengandung DNA babi - tidak mengandung DNA babi
• Isolasi DNA
Cek hasil isolasi DNA dan identifikasi produk PCR dengan menggunakan elektroforesis
Set primer spesifik
Gel Documentation Apakah mengandung DNA babi??
• Optimasi Isolasi DNA pada daging segar
• PCR • Optimasi kondisi PCR
pada daging segar
Cek pada daging kornet
24
BAB IV METODOLOGI PENELITIAN
4.1. Waktu dan Tempat
