PENDAHULUAN Analisis keragaman genetik gen 16R rRNA dan karakterisasi fisiologis bakteri asal usus udang vaname Litopenaeus vannamei dari berbagai umur

I. PENDAHULUAN

Selaras dengan program peningkatan produksi perikanan, KKP telah menetapkan target produksi perikanan sebesar 22,54 juta ton pada tahun 2014. Dari jumlah tersebut, sebanyak 16,89 juta ton berasal dari perikanan budidaya, yang salah satu komoditas unggulannya adalah udang. Komoditas udang diproyeksikan mengalami peningkatan produksi setiap tahun sebesar 13 persen untuk udang windu Penaeus monodon dan 16 persen untuk vaname Litopenaeus vannamei. Sementara produksi udang pada tahun 2014 ditargetkan adalah sebesar 699 ribu ton, yang terdiri atas 188 ribu ton udang windu dan 511 ribu ton udang vaname KKP, 2010. Parameter indikator keberhasilan dalam budidaya intensif udang vaname yaitu tingginya nilai Average Daily Growth ADG atau pertumbuhan rata-rata harian gramhari dan nilai Feed Convertion Ratio FCR yang rendah sehingga memperoleh keuntungan yang tinggi Shahab, 2006. Keberhasilan dalam budidaya udang vaname didukung oleh kelebihan yang dimiliki udang vaname. Kelebihan jenis udang vaname adalah resisten terhadap penyakit dan toleran terhadap kualitas lingkungan yang rendah, antara lain toleran terhadap perubahan suhu air yaitu antara 23-30 ºC dan kandungan oksigen terlarut nilainya lebih dari 5 mgl Boyd, 1991. Selain itu, kelebihan udang vaname adalah mampu memanfaatkan seluruh kolom air dengan padat tebar yang cukup tinggi yaitu sekitar 100 – 300 ekorm 2 Shahab, 2006. Dengan mempertimbangkan kelebihan udang vaname tersebut maka perlu dilakukan eksplorasi dan karakterisasi untuk mengetahui berbagai macam mikroflora normal yang berada pada usus udang tersebut, karena keseimbangan mikroflora yang normal merupakan salah satu faktor yang sangat menentukan status kesehatan udang. Selain itu, perlu dilakukan karakterisasi keberagaman bakterinya yang diduga memiliki potensi sebagai kandidat probiotik khususnya untuk udang, dan umumnya untuk organisme budidaya air payau atau laut lainnya. Aplikasi teknik molekuler untuk menganalisis keragaman mikroba, seperti analisis gen 16S-rRNA dengan Polymerase Chain Reaction PCR mampu menampilkan keragaman genetika mikroba, baik yang dapat dikulturkan maupun tidak. Gen 16S-rRNA merupakan pilihan karena gen ini terdapat pada semua prokariota dan memiliki bagian atau sekuen konservatif dan sekuen lainnya yang sangat bervariasi Madigan et al. 1997. Penggunaan gen 16S rRNA telah digunakan sebagai parameter sistematik molekular yang universal, representatif, dan praktis untuk mengkonstruksi kekerabatan filogenetik pada tingkat spesies Woese et al. 1990 dalam Khaeruni 2005. Analisis keragaman genetika yang cepat dan sederhana, untuk menelaah profil DNA gen 16S-rRNA hasil amplifikasi dengan PCR dapat dilakukan dengan teknik amplified ribosomal DNA restriction analysis ARDRA. Analisis ini dilakukan dengan cara mengamplifikasi gen 16S- rRNA dengan primer yang disesuaikan dengan sampel DNA yang akan diamplifikasi Bornerman et al. 1996. Marchesi et al. 1998 dan Lane 1991 telah mendesain primer untuk amplifikasi gen 16S-rRNA yang memungkinkan untuk melakukan studi keragaman bakteri secara genetik. Hasil amplifikasi gen 16S-rRNA ini kemudian dipotong dengan enzim restriksi. Pola hasil pemotongan dengan enzim restriksi ini dapat digunakan untuk memperkirakan keragaman jenis bakterinya. Metode ini didasarkan pada prinsip pemotongan enzim restriksi yang spesifik pada bagian tertentu dari gen 16S- rRNA sehingga dapat menunjukkan pohon filogenetika yang berbeda untuk setiap jenis prokariota Deya et al. 1995. Sifat metabolisme bakteri dalam fisiologis dan uji biokimia biasanya dilihat dari interaksi metabolit-metabolit yang dihasilkan dengan reagen-reagen kimia. Selain itu dilihat kemampuannya menggunakan senyawa tertentu sebagai sumber karbon dan sumber energi Waluyo, 2004. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik gen 16S- rRNA dengan menggunakan teknik ARDRA dan mengkarakterisasi fisiologis mikroflora yang berasal dari usus udang pada umur 1 bulan, 2 bulan, dan 3 bulan. Hasil penelitian ini selanjutnya dapat dijadikan dasar bagi pemilihan bakteri probiotik.

I. BAHAN DAN METODE