I. HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1. Hasil
Pada saat pemeliharaan di tambak udang diberi probiotik bakteri Bacillus sp dengan dosis yang sama banyaknya di setiap umur. Kondisi suhu, DO,
salinitas, dan pH juga relatif sama, sedangkan pembeda antara udang umur 1 bulan, 2 bulan, dan 3 bulan adalah tempat keberadaannya atau berbeda petak
tambaknya. Bakteri yang tumbuh dominan dan unik dibandingkan dengan koloni
bakteri yang lain pada pengenceran tertinggi yaitu 10
4
diisolasi dari media Sea Water Complete SWC. Total jumlah koloni bakteri yang berada pada usus udang
yaitu 45 isolat dan 2 isolat bakteri Vibrio harveyi sebagai bakteri referens untuk data biner pohon filogenetika. Pada usus udang umur 1 bulan didapatkan koloni
bakteri sebanyak 15 isolat, yaitu 4 koloni pada usus udang pertama, 5 koloni pada usus udang kedua, dan 6 koloni pada usus udang ketiga. Pada usus udang umur 2
bulan didapatkan koloni bakteri sebanyak 13 isolat, yaitu 5 koloni pada usus udang pertama, 4 koloni pada usus udang kedua, dan 4 koloni pada usus udang
ketiga. Pada usus udang umur 3 bulan didapatkan koloni bakteri sebanyak 17 isolat, yaitu 8 koloni pada usus udang pertama, 4 koloni pada usus udang kedua,
dan 5 koloni pada usus udang yang ketiga. Ditambahkan 2 isolat bakteri Vibrio harveyi sebagai referens ke-45 isolat tersebut, jadi total semua bakteri berjumlah
47 isolat. Untuk lebih jelasnya dapat dilihat pada Tabel 1 berikut. Tabel 1. Pemilihan Koloni Bakteri Unik dari Usus Udang
Ulangan Umur Udang Bulan
1 2
3 1
4 5
8
2 5
4 4
3 6
4 5
∑
15 13
17 Jumlah keragaman koloni bakteri pada umur 2 bulan paling rendah
dibandingkan dengan jumlah keragaman koloni bakteri 1 bulan dan 3 bulan. Jumlah keragaman koloni bakteri pada umur 1 bulan diantara umur 2 bulan dan 3
bulan. Sedangkan jumlah keragaman koloni bakteri pada udang umur 3 bulan paling tinggi dibandingkan dengan umur 1 bulan dan 2 bulan.
Dilakukan ekstraksi DNA bakteri sebanyak 47 koloni, kemudian gen 16S- rRNAnya diamplifikasi dengan PCR, fragmen DNA gen 16S-rRNA yang
didapatkan berkisar 1400-1500 bp seperti yang terlihat pada Gambar 1.
1a. PCR amplifikasi gen 16S-rRNA isolat bakteri pada usus udang umur 1 bulan.
1b.
PCR amplifikasi gen 16S-rRNA isolat bakteri pada usus udang umur 2 bulan.
1c.
PCR amplifikasi gen 16S-rRNA isolat bakteri pada usus udang umur 3 bulan.
1
d. PCR amplifikasi gen 16S-rRNA isolat bakteri referens.
Gambar 1. PCR Amplifikasi Gen 16S-rRNA 47 Isolat Bakteri pada Usus Udang dari Udang Umur 1 Bulan, 2 Bulan, dan 3 Bulan. M: Standar Ukuran
Molekul Gene Ruler
TM
DNA Ladder Lambda DNAEcoRI+HindIII, Fermentas; 1-47: Urutan Nomor Isolat Bakteri Lampiran 5.
Hasil yang didapat setelah semua koloni bakteri berhasil diamplifikasi kemudian dipotong dengan enzim restriksi Sau3AI didapatkan 31 pola ARDRA,
yaitu pola a, b, c, d, e, f, g, h, i, j, k, l, m, n, o, p, q, r, s, t, u, v, w, x, y, z, aa, bb, cc, dd, ee seperti yang terlihat pada Gambar 2.
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
M 29 30 31 32 33 34 35 43 37 38 39 40 41 42 36 44
M 45 46 47 M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 14
2a. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 1 bulan.
2b. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 2 bulan.
2c. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 3 bulan.
M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
j k l m n o o p o q r s r
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 1 4 15
a b b c a a a a d e b f g h i
M 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44
t u v t u u w x y z aa bb cc v o bb
2d. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni
bakteri referens.
2e. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni
bakteri campuran.
Gambar 2. Elektroforegraf Gel Agarosa Hasil Pemotongan Gen 16S-rRNA dengan Enzim Restriksi Sau3AI untuk 47 Isolat Bakteri dari Usus
Udang. M: Standar Ukuran Molekul Gene Ruler
TM
DNA Ladder 100 bp, Fermentas; 1-47: Urutan Nomor Isolat Bakteri; a-ee: Pola
ARDRA. Lampiran 5.
M 45 46 47
dd ee ee
M 2 14 15 16 17 22 23 24 26 27 28 43 46 47
b h i j k o p o r s r o ee ee
M 2 14 15 16 17 22 23 24 26 27 28 43 46 47
b h i j k o p o r s r o ee ee
Intepretasi hasil pemotongan pola ARDRA dapat dilihat pada Gambar 3 berikut.
3a. Intepretasi hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 1 bulan.
3b. Intepretasi hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 2 bulan.
M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
j k l m n o o p o q r s r a b b c a a a a d e b f g h i
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
3c. Intepretasi hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang
umur 3 bulan dan bakteri V. harveyi sebagai referens.
Gambar 3. Intepretasi Hasil Pemotongan Gen 16S-rRNA dengan Enzim Restriksi Sau3AI untuk 47 Isolat Bakteri dari Usus Udang. M: Standar Ukuran
Molekul; 1-47: Urutan Nomor Isolat Bakteri; a-ee: Pola ARDRA. Lampiran 5.
Hasil pemotongan dengan ARDRA dijadikan data biner sebagai input data dalam software pohon filogenetika untuk dilihat tingkat perbedaan dan
kekerabatannya. Untuk melihat nilai keragaman dan dominansinya digunakan indeks keragaman dan indeks dominansi. Berdasarkan hasil perhitungan indeks
keanekaragaman dan indeks dominansi Lampiran 6 dapat ditunjukkan pada tabel 2 berikut.
Tabel 2. Nilai Indeks Keanekaragaman dan Indeks Dominansi Indeks Umur 1 bulan
Umur 2 bulan Umur 3 bulan Gabungan
H 2,9
3,2 3,3
4,6 C
0,18 0,13
0,10 0,04
Keterangan: H’ = Indeks Keanekaragaman C = Indeks Dominansi
Hasil yang didapat dari analisis pohon filogenetika yang berbeda digunakan untuk pemilihan koloni, setiap koloni yang berbeda dilakukan uji
biokimia, hasil dari karakterisasi fisiologis dapat ditunjukkan pada Tabel 3 berikut.
t u v t u u w x y z aa bb cc v o bb dd ee ee
M 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
Tabel 3. Hasil Karakterisasi Morfologi, Fisiologi dan Biokimia Bakteri Usus Udang yang Memiliki Pola ARDRA Unik.
Filotipe Kode isolat
dengan pola ARDRA
unik Uji OF
Uji Gelatinase
Uji Oxydase
Uji Katalase
Uji Motilitas
Pewarnaan Gram Gram
Bentuk 1
26 -
+ -
+ +
+ Batang
1 28
- +
- +
+ +
Batang 2
47 Fermentatif
+ +
+ +
- Batang
3 18
- -
+ +
+ +
Coccus 4
27 -
- +
+ +
+ Batang
5 17
Fermentatif -
- +
+ +
Coccus 6
45 Oksidatif
- -
+ +
+ Coccus
7 41
- +
- +
+ +
Coccus 8
38 -
- +
+ -
+ Batang
9 36
- -
+ +
- +
Batang 10
10 -
- +
+ +
+ Coccus
11 2
- -
+ +
+ +
Coccus 12
37 -
- +
+ -
+ Batang
13 16
- -
+ +
+ +
Batang 14
23 Fermentatif
- -
+ -
+ Coccus
15 31
- -
- +
+ +
Batang 15
42 -
- +
+ +
+ Batang
16 40
Oksidatif -
- +
+ +
Coccus 16
44 Oksidatif
- +
+ +
+ Batang
17 35
- -
+ +
+ +
Coccus 18
29 -
- +
+ +
+ Batang
19 30
- -
- +
+ +
Batang 20
25 -
- +
+ +
+ Batang
21 20
Fermentatif -
- +
+ +
Coccus 22
19 Fermentatif
- -
+ -
+ Coccus
23 21
Fermentatif -
+ +
+ +
Coccus 23
22 Fermentatif
- +
+ +
+ Batang
23 24
Fermentatif -
- +
+ +
Batang 23
43 Fermentatif
- +
+ +
+ Coccus
24 39
Oksidatif -
- +
+ +
Coccus 25
4 -
- -
+ +
+ Batang
26 14
- -
+ +
+ +
Batang 27
12 -
- +
+ +
+ Batang
28 15
- -
+ +
+ +
Batang 29
13 -
- -
+ +
+ Batang
30 9
- -
- +
- +
Batang 31
5 -
- +
+ +
+ Batang
3.2 Pembahasan