Hasil HASIL DAN PEMBAHASAN

I. HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1. Hasil

Pada saat pemeliharaan di tambak udang diberi probiotik bakteri Bacillus sp dengan dosis yang sama banyaknya di setiap umur. Kondisi suhu, DO, salinitas, dan pH juga relatif sama, sedangkan pembeda antara udang umur 1 bulan, 2 bulan, dan 3 bulan adalah tempat keberadaannya atau berbeda petak tambaknya. Bakteri yang tumbuh dominan dan unik dibandingkan dengan koloni bakteri yang lain pada pengenceran tertinggi yaitu 10 4 diisolasi dari media Sea Water Complete SWC. Total jumlah koloni bakteri yang berada pada usus udang yaitu 45 isolat dan 2 isolat bakteri Vibrio harveyi sebagai bakteri referens untuk data biner pohon filogenetika. Pada usus udang umur 1 bulan didapatkan koloni bakteri sebanyak 15 isolat, yaitu 4 koloni pada usus udang pertama, 5 koloni pada usus udang kedua, dan 6 koloni pada usus udang ketiga. Pada usus udang umur 2 bulan didapatkan koloni bakteri sebanyak 13 isolat, yaitu 5 koloni pada usus udang pertama, 4 koloni pada usus udang kedua, dan 4 koloni pada usus udang ketiga. Pada usus udang umur 3 bulan didapatkan koloni bakteri sebanyak 17 isolat, yaitu 8 koloni pada usus udang pertama, 4 koloni pada usus udang kedua, dan 5 koloni pada usus udang yang ketiga. Ditambahkan 2 isolat bakteri Vibrio harveyi sebagai referens ke-45 isolat tersebut, jadi total semua bakteri berjumlah 47 isolat. Untuk lebih jelasnya dapat dilihat pada Tabel 1 berikut. Tabel 1. Pemilihan Koloni Bakteri Unik dari Usus Udang Ulangan Umur Udang Bulan 1 2 3 1 4 5 8 2 5 4 4 3 6 4 5 ∑ 15 13 17 Jumlah keragaman koloni bakteri pada umur 2 bulan paling rendah dibandingkan dengan jumlah keragaman koloni bakteri 1 bulan dan 3 bulan. Jumlah keragaman koloni bakteri pada umur 1 bulan diantara umur 2 bulan dan 3 bulan. Sedangkan jumlah keragaman koloni bakteri pada udang umur 3 bulan paling tinggi dibandingkan dengan umur 1 bulan dan 2 bulan. Dilakukan ekstraksi DNA bakteri sebanyak 47 koloni, kemudian gen 16S- rRNAnya diamplifikasi dengan PCR, fragmen DNA gen 16S-rRNA yang didapatkan berkisar 1400-1500 bp seperti yang terlihat pada Gambar 1. 1a. PCR amplifikasi gen 16S-rRNA isolat bakteri pada usus udang umur 1 bulan. 1b. PCR amplifikasi gen 16S-rRNA isolat bakteri pada usus udang umur 2 bulan. 1c. PCR amplifikasi gen 16S-rRNA isolat bakteri pada usus udang umur 3 bulan. 1 d. PCR amplifikasi gen 16S-rRNA isolat bakteri referens. Gambar 1. PCR Amplifikasi Gen 16S-rRNA 47 Isolat Bakteri pada Usus Udang dari Udang Umur 1 Bulan, 2 Bulan, dan 3 Bulan. M: Standar Ukuran Molekul Gene Ruler TM DNA Ladder Lambda DNAEcoRI+HindIII, Fermentas; 1-47: Urutan Nomor Isolat Bakteri Lampiran 5. Hasil yang didapat setelah semua koloni bakteri berhasil diamplifikasi kemudian dipotong dengan enzim restriksi Sau3AI didapatkan 31 pola ARDRA, yaitu pola a, b, c, d, e, f, g, h, i, j, k, l, m, n, o, p, q, r, s, t, u, v, w, x, y, z, aa, bb, cc, dd, ee seperti yang terlihat pada Gambar 2. M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M 29 30 31 32 33 34 35 43 37 38 39 40 41 42 36 44 M 45 46 47 M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 14 2a. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 1 bulan. 2b. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 2 bulan. 2c. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 3 bulan. M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 j k l m n o o p o q r s r M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 1 4 15 a b b c a a a a d e b f g h i M 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 t u v t u u w x y z aa bb cc v o bb 2d. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri referens. 2e. Elektroforegraf gel agarosa hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri campuran. Gambar 2. Elektroforegraf Gel Agarosa Hasil Pemotongan Gen 16S-rRNA dengan Enzim Restriksi Sau3AI untuk 47 Isolat Bakteri dari Usus Udang. M: Standar Ukuran Molekul Gene Ruler TM DNA Ladder 100 bp, Fermentas; 1-47: Urutan Nomor Isolat Bakteri; a-ee: Pola ARDRA. Lampiran 5. M 45 46 47 dd ee ee M 2 14 15 16 17 22 23 24 26 27 28 43 46 47 b h i j k o p o r s r o ee ee M 2 14 15 16 17 22 23 24 26 27 28 43 46 47 b h i j k o p o r s r o ee ee Intepretasi hasil pemotongan pola ARDRA dapat dilihat pada Gambar 3 berikut. 3a. Intepretasi hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 1 bulan. 3b. Intepretasi hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 2 bulan. M 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 j k l m n o o p o q r s r a b b c a a a a d e b f g h i M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 3c. Intepretasi hasil pemotongan gen 16S-rRNA isolat koloni bakteri pada usus udang umur 3 bulan dan bakteri V. harveyi sebagai referens. Gambar 3. Intepretasi Hasil Pemotongan Gen 16S-rRNA dengan Enzim Restriksi Sau3AI untuk 47 Isolat Bakteri dari Usus Udang. M: Standar Ukuran Molekul; 1-47: Urutan Nomor Isolat Bakteri; a-ee: Pola ARDRA. Lampiran 5. Hasil pemotongan dengan ARDRA dijadikan data biner sebagai input data dalam software pohon filogenetika untuk dilihat tingkat perbedaan dan kekerabatannya. Untuk melihat nilai keragaman dan dominansinya digunakan indeks keragaman dan indeks dominansi. Berdasarkan hasil perhitungan indeks keanekaragaman dan indeks dominansi Lampiran 6 dapat ditunjukkan pada tabel 2 berikut. Tabel 2. Nilai Indeks Keanekaragaman dan Indeks Dominansi Indeks Umur 1 bulan Umur 2 bulan Umur 3 bulan Gabungan H 2,9 3,2 3,3 4,6 C 0,18 0,13 0,10 0,04 Keterangan: H’ = Indeks Keanekaragaman C = Indeks Dominansi Hasil yang didapat dari analisis pohon filogenetika yang berbeda digunakan untuk pemilihan koloni, setiap koloni yang berbeda dilakukan uji biokimia, hasil dari karakterisasi fisiologis dapat ditunjukkan pada Tabel 3 berikut. t u v t u u w x y z aa bb cc v o bb dd ee ee M 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 Tabel 3. Hasil Karakterisasi Morfologi, Fisiologi dan Biokimia Bakteri Usus Udang yang Memiliki Pola ARDRA Unik. Filotipe Kode isolat dengan pola ARDRA unik Uji OF Uji Gelatinase Uji Oxydase Uji Katalase Uji Motilitas Pewarnaan Gram Gram Bentuk 1 26 - + - + + + Batang 1 28 - + - + + + Batang 2 47 Fermentatif + + + + - Batang 3 18 - - + + + + Coccus 4 27 - - + + + + Batang 5 17 Fermentatif - - + + + Coccus 6 45 Oksidatif - - + + + Coccus 7 41 - + - + + + Coccus 8 38 - - + + - + Batang 9 36 - - + + - + Batang 10 10 - - + + + + Coccus 11 2 - - + + + + Coccus 12 37 - - + + - + Batang 13 16 - - + + + + Batang 14 23 Fermentatif - - + - + Coccus 15 31 - - - + + + Batang 15 42 - - + + + + Batang 16 40 Oksidatif - - + + + Coccus 16 44 Oksidatif - + + + + Batang 17 35 - - + + + + Coccus 18 29 - - + + + + Batang 19 30 - - - + + + Batang 20 25 - - + + + + Batang 21 20 Fermentatif - - + + + Coccus 22 19 Fermentatif - - + - + Coccus 23 21 Fermentatif - + + + + Coccus 23 22 Fermentatif - + + + + Batang 23 24 Fermentatif - - + + + Batang 23 43 Fermentatif - + + + + Coccus 24 39 Oksidatif - - + + + Coccus 25 4 - - - + + + Batang 26 14 - - + + + + Batang 27 12 - - + + + + Batang 28 15 - - + + + + Batang 29 13 - - - + + + Batang 30 9 - - - + - + Batang 31 5 - - + + + + Batang

3.2 Pembahasan