2.2.4 Elektroforesis
Gel agarose dibuat dengan melarutkan serbuk gel agarose sebanyak 1,9 dalam 30 ml larutan Tris boric EDTA TBE yang mengandung ethidium bromida
0,01 gml. Kemudian dipanaskan dalam microwave sampai larutan menjadi berwarna bening. Larutan tersebut didiamkan sampai hangat lalu dituangkan ke
dalam cetakan yang sudah terpasang sisir pembuat sumur. Kemudian gel dibiarkan sampai membeku. Setelah itu, sisir dilepaskan dan padatan gel
dimasukkan ke dalam bak elektroforesis yang berisi buffer TBE. Sampel produk PCR sebanyak 5 µ l dicampurkan dengan 0,5-1 µ l loading
dye, lalu dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel dengan menggunakan mikropipet. Setelah itu, 2 µ l marker DNA dimasukkan ke dalam
sumur di dekat sumur sampel. Bak elektroforesis ditutup dan listrik dialirkan dengan tegangan 150 volt dan kuat arus 80 mA. DNA akan bermigrasi dari kutub
negatif ke positif. Setelah pewarna bromophenol blue bermigrasi sampai tiga per empat bagian dari panjang gel ± 45 menit, aliran listrik dihentikan. Lalu gel
diangkat dan dilepaskan dari cetakannya. Kemudian keberadaan DNA dilihat dengan bantuan ultraviolet transluminator. Dokumentasi dilakukan dengan
menggunakan kamera digital yang sudah terhubung dengan komputer.
2.2.5 Konstruksi Pohon Filogenetika dari Pola ARDRA
Data biner hasil pemotongan dengan enzim restriksi
Sau3AI dimasukkan sebagai input program Treecon software copyright c Yves Van de Peer Belgia
untuk konstruksi pohon filogenetika.
2.2.6 Analisis Keragaman dan Dominansi
Analisis keragaman dan dominansi ini digunakan untuk menghitung indeks keragaman dan dominansi suatu spesies di dalam populasi. Penelitian ini
menggunakan populasi bakteri usus udang umur 1 bulan, 2 bulan, 3 bulan, dan penggabungan ketiga umur tersebut. Hasil konstruksi pohon filogenetika
dianalisis lagi indeks keragaman dan dominansinya, dengan indeks keragaman dan indeks dominansi menurut
Krebs 1972 yang dirumuskan sebagai berikut .
a. Indeks Keanekaragaman
Kategori