3-5 cm dengan air mengalir selama 20 menit. Bagian permukaan akar, batang, dan daun tanaman disterilisasi dengan merendamnya secara berturut-turut dalam larutan
etanol 75 selama 2 menit, larutan natrium hipoklorit 5,3 selama 5 menit, dan etanol 75 selama 30 detik. Bahan tanaman dibilas dengan akuades steril sebanyak
2 kali dan dikeringkan dengan kertas saring steril. Kedua ujung akar tanaman dibuang 1 cm. Setiap bahan tanaman dipotong menjadi 4 bagian dan diletakkan
pada permukaan media NA yang telah dicampurkan dengan antibiotik ketokonazol 0,3 gram100 ml dengan posisi bekas potongan ke arah media. Kultur diinkubasi
pada suhu ambien selama 1 hari. Koloni yang muncul dari bagian akar tanaman sebelah dalam disubkulturkan ke media NA yang baru sampai didapat biakan
murni.
3.4 Isolasi Jamur Patogen dari Tanaman Semangka
Isolasi jamur patogen menggunakan metode sterilisasi permukaan. Bahan tanaman yang terserang penyakit dipotong menjadi 4 bagian. Bagian tanaman
tersebut diletakkan pada permukaan media PDA yang telah dicampurkan dengan antibiotik kloramfenikol 0,3 gram100 ml dengan posisi bekas potongan ke arah
media. Kultur diinkubasi pada suhu ambien selama 2 hari. Koloni yang muncul dari bagian akar tanaman sebelah dalam disubkulturkan ke media PDA yang baru
sampai didapat biakan murni.
3.5 Karakterisasi Bakteri dan Identifikasi Jamur Endofit Hasil Isolasi Tanaman
Karakterisasi bakteri dilakukan berdasarkan ciri-ciri dan karakter morfologis, secara makroskopis visual maupun mikroskopis. Karakterisasi dan identifikasi
secara visual berdasarkan bentuk, tepi, elevasi dan warna koloni. Isolat-isolat yang diperoleh dilakukan karakterisasi sifat morfologi mencakup pewarnaan Gram,
bentuk sel, tepi, elevasi dan warna koloni. Pengamatan sifat biokimia mencakup uji sitrat SCA, uji katabolisme gula TSIA, uji hidrolisis pati, uji motilitas SIM, uji
gelatin nutrien gelatin, dan uji katalase larutan H
2
O
2
3 Lay, 1994. Identifikasi jamur dilakukan dengan mengamati warna dan bentuk koloni,
warna dan bentuk konidia dengan buku identifikasi jamur Alexopoulus Mims 1979.
Universitas Sumatera Utara
3.6 Uji Antagonisme Isolat Bakteri Endofit Terhadap
Colletotrichum sp. Uji antagonisme in vitro dalam cawan Petri menggunakan metode difusi
cakram. Pertama-tama biakan jamur ditumbuhkan di tengah media PDA + 3 ekstrak khamir dengan jarak 3,5 cm dari tempat inokulum bakteri, diinkubasi
selama 48 jam. Suspensi isolat bakteri endofit diambil secukupnya dengan menggunakan ose bengkok, lalu dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang berisi 10
ml larutan NaCl. Suspensi dituang ke dalam cuvet tabung spektrofotometer kemudian diukur absorbansinya untuk mendapatkan OD
600
≈ 0,5
≈ 10
8
CFUml pada spektrofotometer. Setelah itu suspensi bakteri endofit tersebut diinokulasikan
pada sisi berdampingan dengan jamur dengan diameter 0,6 cm dari bagian tepi media PDA + 3 ekstrak khamir dengan cara merendam kertas cakram dan
diletakkan di atas media Gambar 3.6.1. Aktivitas penghambatan ditentukan berdasarkan zona hambat yang terbentuk di sekitar koloni. Pengamatan dimulai dari
hari ke-2 sampai hari ke-7, dengan rumus uji antagonis sebagai berikut:
Zona Hambat mm =
Y- X 2
A B
C
Gambar 3.6.1 Skema penempatan jamur patogen dengan isolat bakteri endofit dengan metode difusi cakram. A. koloni jamur patogen; B. koloni
bakteri endofit; C. Titik tengah pertumbuhan jamur patogen; X. Diameter koloni jamur patogen yang terhambat pertumbuhannya; Y.
Diameter koloni jamur patogen normal
3.7 Pengamatan Struktur Hifa Abnormal
