BAB III METODE PENELITIAN
3.1 Tempat dan Waktu
Penelitiandilaksanakan di Laboratoriumbagian Silvikultur, Departemen Silvikultur Fakultas Kehutanan Institut Pertanian Bogor. Waktu penelitian ini
yaitu pada bulan Agustus 2010 – Agustus 2011.
3.2 Alat dan Bahan
Bahan tanaman yang digunakan dalam penelitian ini yaitu daun dan potongan kecil kayu gaharu Gambar 3. Alat yang digunakan dalam penelitian ini terdiri
dari peralatanuntukekstraksiatau isolasi DNA, PCR, elektroforesis, mikrosetelit,pewarnaan gel dan pengolahan data.Primer yang digunakan untuk
kegiatan teknik mikrosatelit pada penelitian ini terdiri atasempat primer spesifik untuk nuklear Eurlings et al. 2009.Primer tersebut digunakan Eurlings untuk
mengamplifikasi gaharu dari jenis A.crassna.Keempat primer tersebut adalah 6pa18, 10pa17,16pa17, dan 71pa17.Deskripsi alat dan bahan serta sampel
penelitian yang digunakan dalam penelitian disajikan pada Tabel 1 dan 2.Adapun gambar peralatan yang digunakan disajikan pada Lampiran 2.
Tabel 1 Alat dan bahan untuk teknik analisis genetik
No Tahapan Kegiatan
Alat Bahan
1 Ekstraksi dan Isolasi
DNA penggaris, gunting, masker,
sarung tangan karet, tube 1.5 ml, oven, spidol permanen,
mortar, pestel,termos, sudip, mikropipet, tips, rak tube,
vortex, mesin sentrifugasi, waterbath, freezer,
desikator. daun dan kayu gaharu, nitrogen
cair, bufferekstrak, PVP 2, chloroform, fenol, isopropanol
dingin, NaCl, etanol 95, buffer TE, silica gel
2 PCR tube 0,2 ml, spidol
permanen, alat tulis, mikro pipet, tips, mesin
sentrifugasi, mesin PCR PTC-100
DNA, aquabidest, sepasang primer mikrosatelit, green go
taq,nukleas free water
3 Elektroforesis masker,
mikropipet, tips,
mesin sentrifugasi, bak elektroforesis, cetakan agar,
erlenmeyer, sarung tangan, UVtransilluminator, kamera
agarose, buffer TAE 1x, , blue juice 10x, DNA marker, EtBr,
4 Mikrosatelit sepasang
kaca mikrosatelit,
masker, sarung tangan karet, mikropipet, tissue, penjepit
kaca, timbangan, poliakrilamid elektroforesis
Akrilamit, bisakrilamit, APS, bindsiland, sigmacote, etanol,
DNA yang sudah diPCR, buffet TBE
5 Pewarnaan Gel
Bak pewarnaan, perak nitrat, NaOH, acetic acid,
No Tahapan Kegiatan
Alat Bahan
shaker,masker, sarung tangan, kamera
etanol 95, aquades, formaldehyde
6 Analisis Data
Foto mikrosatelit,
notebook, softwere POPGENE versi
1.31, NTSYS versi 2.0., dan Minitab versi 14
Tabel 2 Lokasi pengambilan dan jumlah sampel penelitian
No Lokasi Jenis
Gaharu
Keterangan
A.malaccensis A.microcarpa
A.crassna Girinops sp.
A.filaria
1 Muara Fajar,
Riau 20
10 daun
2 Kebun Raya Bogor
4 1
3 Biotrop, Bogor
4 4
4
Kebun Greg Hambali, Bogor
2 2 2 5
Gunung Walat, Sukabumi 2
5 9
6 Lombok, NTB
20 7 Siak,
Riau 20
8 Kalimantan Selatan
20 9 Semplak,
Bogor 2?
7? kayu
Jumlah 74 28 15 10
7 Keterangan: = hutan alam; = Hutan tanaman; ? = dari hutan alam atau hutan tanaman
A.malaccensis A.filaria A.crasna A.microcarpa
Gaharu yang diperoleh dari pedagang di Bogor
Gambar 3 Daun dan potongan kecil kayu gaharu
3.3 Prosedur Penelitian