Tempat dan Waktu Alat dan Bahan

BAB III METODE PENELITIAN

3.1 Tempat dan Waktu

Penelitiandilaksanakan di Laboratoriumbagian Silvikultur, Departemen Silvikultur Fakultas Kehutanan Institut Pertanian Bogor. Waktu penelitian ini yaitu pada bulan Agustus 2010 – Agustus 2011.

3.2 Alat dan Bahan

Bahan tanaman yang digunakan dalam penelitian ini yaitu daun dan potongan kecil kayu gaharu Gambar 3. Alat yang digunakan dalam penelitian ini terdiri dari peralatanuntukekstraksiatau isolasi DNA, PCR, elektroforesis, mikrosetelit,pewarnaan gel dan pengolahan data.Primer yang digunakan untuk kegiatan teknik mikrosatelit pada penelitian ini terdiri atasempat primer spesifik untuk nuklear Eurlings et al. 2009.Primer tersebut digunakan Eurlings untuk mengamplifikasi gaharu dari jenis A.crassna.Keempat primer tersebut adalah 6pa18, 10pa17,16pa17, dan 71pa17.Deskripsi alat dan bahan serta sampel penelitian yang digunakan dalam penelitian disajikan pada Tabel 1 dan 2.Adapun gambar peralatan yang digunakan disajikan pada Lampiran 2. Tabel 1 Alat dan bahan untuk teknik analisis genetik No Tahapan Kegiatan Alat Bahan 1 Ekstraksi dan Isolasi DNA penggaris, gunting, masker, sarung tangan karet, tube 1.5 ml, oven, spidol permanen, mortar, pestel,termos, sudip, mikropipet, tips, rak tube, vortex, mesin sentrifugasi, waterbath, freezer, desikator. daun dan kayu gaharu, nitrogen cair, bufferekstrak, PVP 2, chloroform, fenol, isopropanol dingin, NaCl, etanol 95, buffer TE, silica gel 2 PCR tube 0,2 ml, spidol permanen, alat tulis, mikro pipet, tips, mesin sentrifugasi, mesin PCR PTC-100 DNA, aquabidest, sepasang primer mikrosatelit, green go taq,nukleas free water 3 Elektroforesis masker, mikropipet, tips, mesin sentrifugasi, bak elektroforesis, cetakan agar, erlenmeyer, sarung tangan, UVtransilluminator, kamera agarose, buffer TAE 1x, , blue juice 10x, DNA marker, EtBr, 4 Mikrosatelit sepasang kaca mikrosatelit, masker, sarung tangan karet, mikropipet, tissue, penjepit kaca, timbangan, poliakrilamid elektroforesis Akrilamit, bisakrilamit, APS, bindsiland, sigmacote, etanol, DNA yang sudah diPCR, buffet TBE 5 Pewarnaan Gel Bak pewarnaan, perak nitrat, NaOH, acetic acid, No Tahapan Kegiatan Alat Bahan shaker,masker, sarung tangan, kamera etanol 95, aquades, formaldehyde 6 Analisis Data Foto mikrosatelit, notebook, softwere POPGENE versi 1.31, NTSYS versi 2.0., dan Minitab versi 14 Tabel 2 Lokasi pengambilan dan jumlah sampel penelitian No Lokasi Jenis Gaharu Keterangan A.malaccensis A.microcarpa A.crassna Girinops sp. A.filaria 1 Muara Fajar, Riau 20 10 daun 2 Kebun Raya Bogor 4 1 3 Biotrop, Bogor 4 4 4 Kebun Greg Hambali, Bogor 2 2 2 5 Gunung Walat, Sukabumi 2 5 9 6 Lombok, NTB 20 7 Siak, Riau 20 8 Kalimantan Selatan 20 9 Semplak, Bogor 2? 7? kayu Jumlah 74 28 15 10 7 Keterangan: = hutan alam; = Hutan tanaman; ? = dari hutan alam atau hutan tanaman A.malaccensis A.filaria A.crasna A.microcarpa Gaharu yang diperoleh dari pedagang di Bogor Gambar 3 Daun dan potongan kecil kayu gaharu

3.3 Prosedur Penelitian