Metode Penelitian .1 Waktu dan Tempat Penelitian

bromida dengan bantuan cahaya ultraviolet. Larutan DNA disimpan pada suhu -20 °C hingga proses selanjutnya. Amplifikasi PCR dan analisis nukleotida Amplifikasi gen 16S rRNA dilakukan menggunakan primer universal Marchesi et al. 1998, yakni 63F 5’-CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC-3’ dan 1387R 5’-GGG CGG WGT GTA CAA GGC-3’. Program PCR yang digunakan adalah pre-denaturasi 94 °C selama 2 menit, 30 siklus amplifikasi pada suhu denaturasi 92 °C selama 30 detik, annealing 55 °C selama 30 detik, ekstensi 72 °C selama 1 menit dan ekstensi akhir pada suhu 75 °C selama 20 menit. Produk PCR dipisahkan menggunakan elektroforesis pada gel agarosa 1 untuk konfirmasi adanya produk amplifikasi. Selanjutnya, produk PCR dipurifikasi menggunakan PCR clean up dan gel extraction Geneaid. Hasil purifikasi disekuensing menggunakan mesin ABI3730XL. Hasil sekuensing diedit dengan bantuan program Bioedit v.7,4 Tamura et al. 2011; Azanza et al. 2013. Selanjutnya, sekuen dianalisis menggunakan basic local alignment search tool Altschul et al. 1990; Azanza et al. 2013 untuk menentukan spesies bakteri hasil isolasi dengan membandingkan analisis homologi antara sekuen 16S rRNA isolat dan bakteri yang ada di database. Analisis filogeni Hasil sekuensing 16S rRNA disejajarkan alignment menggunakan program ClustalW. Analisis filogeni dibuat menggunakan program MEGA v.5,0 Azanza et al. 2013 dengan boostrap pengulangan sampel 1.000 kali. 2.3 Hasil dan Pembahasan 2.3.1 Identifikasi isolat bakteri Hasil uji biokimia dilakukan untuk menentukan genus dari isolat bakteri. Berdasarkan uji biokimia diketahui sebagian besar isolat adalah kelompok Gram negatif Tabel 1. Bakteri yang termasuk Gram negatif ada 6 isolat, yaitu Shewanella sp., Vibrio sp., Stenotrophomonas sp., Pseudomonas sp. dan Ochrobactrum sp. Dua isolat yang termasuk bakteri Gram positif adalah Arthrobacter sp. dan Bacillus sp. Bakteri yang diisolasi dari permukaan rumput laut K. alvarezii umumnya adalah Gram negatif dan berbentuk batang. Hal ini sejalan dengan yang umum ditemukan di lingkungan laut Austin 1988 dan juga pada rumput laut Gracilaria gracilis Jaffray 1998, yakni bakteri Gram negatif dan berbentuk batang. Komunitas epibakterial berada pada tempat yang berbeda-beda distribusi temporal dan spasial pada talus pada permukaan inang karena keanekaragaman komposisi biokimia dari talus ganggang coklat, merah dan hijau Longford et al., 2007 dan metabolitnya Steinberg et al., 2002; Paul et al., 2006. Sebagai contoh alga merah menghasilkan molekul analog dari bakteri lakton N-asil-homoserine AHLs yang berfungsi untuk menghambat sinyal bagi bakteri Gram negatif yang 9 Tabel 1. Biokimia dan karakteristik fisiologis isolat bakteri dari rumput laut K. alvarezii Karakter Kode isolat Isolat 1 Isolat 2 Isolat 3 Isolat 4 Isolat 5 Isolat 6 Isolat 7 Isolat 8 Gram - - - + - - - + Bentuk Batang Batang Batang Bulat Batang Batang Bulat Batang Koloni Bentuk Circular + - - + - - + - Irregular - + + - + + - + Margin Entire + - - + - - + - Undulate - - + - - + - - Filamentous - - - - - - - + Curled - + - - + - - - SIM + + + + + + - + Katalase - + + - + + + + Oksidase - + - - - - - + OF - O - - O - - - Spesies Shewanella sp. Vibrio sp. Stenotrophomona s sp. Arthrobacter sp. Pseudomonas sp. Ochrobactrum sp. Catenococcus sp. Bacillus sp.