Pengukuran aktivitas enzim askorbat peroksidase. Aktivitas askorbat

Potensi genetik produksi of 2,4-diasetilfloroglusinol DAPG oleh isolat G062 dideteksi menggunakan pasangan primer phl2a 5’-GAGGACGTCGAA- GACCACCA-3’ dan phl2b 5’-ACCGCAGCATCGTG-TATGAG-3’, sedangkan untuk produksi gen pyrrolnitrin dengan menggunakan pasangan primer prnCf 5’-CCACAAGCCCGGCCAGGAGC-3’ dan prnCr 5’-GAGAAG- AGCGGG-TCGATGAAGCC-3’. Kondisi amplifikasi untuk kedua gen metabolit sekunder tersebut sebagaimana kondisi PCR yang dipublikasikan oleh Raaijmakers et al. 1997 dan Mavrodi et al. 2001. Karakterisasi fisiologis dan biokimia a. Uji fisiologis dan biokimia umum . Kultur yang dipergunakan untuk uji fisiologis dan biokimia ditumbuhkan pada media TSA atau TSB dan diinkubasi pada suhu ruang 29 ⁰C-30⁰C selama 24 jam bila tidak ada keterangan lain yang disebutkan secara khusus. Penggolongan tipe Gram sel yang diambil dari kultur umur 24 jam dilakukan menggunakan metode non-staining Buck, 1982 dan selanjutnya diverifikasi menggunakan metode pewarnaan Benson 2001 serta pengamatan pada perbesaran 1000 kali menggunakan mikroskop medan terang Olympus CH20BIMF200. Uji aktivitas katalase dilakukan dengan cara mengamati pembentukan gelembung pada 1 lup massa sel bakteri yang dicampur dengan 1-2 tetes H 2 O 2 3, sedangkan aktivitas oksidase diuji dengan menggunakan oxidase paper Difco. Aktivitas kitinolitik, proteolitik, dan amilolitik berturut-turut diobservasi pada kultur umur 7 hari yang tumbuh pada media 1 wv TSA yang mengandung 1 koloidal kitin, 1 susu skim, dan 1 soluble starch sedangkan aktivitas hidrolisis CMC Carboxy methyl cellulose di amati pada kultur yang tumbuh pada media agar CMC. Aktivitas pelarutan fosfat isolat terpilih diuji pada media agar Pikovskaya Pikovskaya, 1948. Tingkat toleransi terhadap NaCl diamati dengan cara menumbuhkan bakteri pada media kaldu LB yang mengandung NaCl pada berbagai konsentrasi 0-15. Penentuan pH pertumbuhan dilakukan dengan cara menumbuhkan bakteri pada media TSB yang telah diatur pH-nya menggunakan larutan NaOH atau HCl. Sedangkan penentuan suhu pertumbuhan dilakukan terhadap kultur cair bakteri yang diinkubasi pada suhu 13 ⁰C, 18⁰C, 20⁰C, 30⁰C, 37⁰C, 40⁰C, dan 42⁰C. Kultur untuk uji toleransi NaCl serta suhu dan pH pertumbuhan diinkubasi sambil digoyang pada kecepatan 75 rpm diatas shaker. Pertumbuhan kultur-kultur tersebut diamati dengan cara diukur rapat optisnya pada 600 nm. Selain uji-uji yang telah diuraikan diatas, uji fisiologis dan biokimia untuk isolat G062 juga dilakukan menggunakan kit API 20NE bioMerieux SA, Lyon, France.

b. Uji aktivitas fiksasi nitrogen. Aktivitas fiksasi nitrogen isolat terpilih

diuji dengan cara mengamati kemampuan tumbuh isolat yang diuji pada media agar LGI yang telah dimodifikasi K 2 HPO 4 0.2 gL; KH 2 PO 4 0.6 gL; MgSO 4 .7H 2 O 0.2 gL; CaCl 2 0.02 gL; Na 2 MoO 4 .2H 2 O 0.002 gL; FeCl 3 0.01 gL; arabinosa 3 gL; manitol 3 gL; asam malat 3 gL; dan agar Bacto 15 gL dan uji aktivitas reduksi asetilen Acetylene reduction assay: ARA terhadap kultur yang tumbuh pada media semi padat LGI komposisi seperti agar LGI tetapi hanya mengandung agar Bacto 8 gL.