1. Home
  2. Lainnya

Tempat dan Waktu Penelitian Alat Bahan Cara Kerja Pemodelan Training Set dan Test Set

32

BAB III METODE PENELITIAN

3.1. Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian dilaksanakan bertempat di Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan FKIK Universita Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta dan di Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia LIPI Serpong selama bulan Februari hingga Mei 2015.

3.2. Alat

3.2.1. Perangkat Keras

Notebook Acer 4750z Aspire series dengan spesifikasi Intel® pentium® CPU B940 2.00GHz 2 CPUS, ~2.00 GHz, RAM Random Access Memory 2.00 gigabyte, dan Graphic Card Intel® HD Graphics Family 798 megabyte. Notebook terhubung dengan ACDC adapter dan terkoneksi internet.

3.2.2. Perangkat Lunak

Sistem operasi menggunakan Windows 7 Ultimate 32 bit, Autodock Tools, Python 2.5.2 dan MGLTools 1.5.6 Scripps Research Institute, Discovery Studio 3.5 Visualizer Accelrys Enterprise Platform, Hyperchem 8.0, Open Babel 2.3.2, Autodock Vina, Pymol De Lano Scitientific LLC , SPSS 16.0.0, LigPlot + 1.4.5, Marvin Sketch 5.5.1.0 http:www.chemaxon.com , ACDLabs 2012 www.acdlabs.com , Protein Data Bank http:www.rcsb.orgpdb .

3.3. Bahan

3.3.1. Training Set dan Test Set

Training set dan test set didapatkan dari literatur dari pengujian secara in vitro. Data training set dan test yang digunakan harus seragam dari segi jenis pengujian, aktivitas dan kemiripan struktur.

3.3.2. Molekul Tiga Dimensi 3D

Molekul tiga dimensi COX-2 diunduh dari Bank Data Protein melalui situs http:www.rcsb.orgpdb . Molekul protein yang dipilih adalah dengan kode 1CX2 dan diunggah dengan format text gz atau .pdb

3.3.3. Struktur Tiga Dimensi 3D Ligan Amidasi EMPS

Ligan yang digunakan adalah ligan dari amidasi etil p- metoksisinamat EPMS yang dibuat dengan Marvin Sketch dengan format .mol.

3.4. Cara Kerja

3.4.1. Penyiapan Model HKSA

a. Pemodelan Training Set dan Test Set

Training set dan test set yang didapatkan dari literatur dan dibuat ke dalam bentuk 2 dimensi menggunakan Marvin Skecth, kemudian optimasi ke dalam bentuk 3 dimensi pada menu structure → clean 3d dan disimpan kedalam format .mol. Training set yang digunakan untuk membangun persamaan sebanyak 11 struktur yang dipilih secara acak dan sisanya digunakan untuk Test set untuk mevalidasi persamaan.

b. Pemilihan Deskriptor

Dokumen yang terkait

Amidasi Senyawa Etil p-metoksisinamat Melalui Reaksi Langsung dengan Iradiasi Microwave Serta Uji Aktivitas Sebagai Antiinflamasi

4 31 104

Modifikasi struktur senyawa etil p-metoksisinamat (EPMS) melalui proses nitrasi serta uji aktivitas sebagai antiinflamasi

1 23 83

Studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas Anti-tuberkulosis Senyawa Amidasi Etil p-metoksisinamat dengan Pendekatan Hansch dan Penambatan Molekuler pada Enzim Inh A

6 36 101

Hubungan Kuantitatif Struktur Aktifitas Senyawa Nitrasi Etil P -Metoksisinamat Terhadap Aktivitas Anti Tuberkulosis Melalui Pendekatan Hansch Secara Komputasi

1 34 82

Amidasi senyawa etil p-metoksisinamat melalui reaksi langsung dengan iradiasi microwave serta uji aktivitas sebagai antiinflamasi

2 16 104

Modifikasi Struktur Senyawa Asam p-metoksisinamat Melalui Proses Amidasi Urea Serta Uji Aktivitas Sebagai Antiinflamasi

1 7 92

Amidasi Senyawa Etil p-metoksisinamat yang Diisolasi dari Kencur (Kaempferia galanga L.) dan Uji Aktivitas Antiinflamasi Secara In-Vitro

1 18 82

Hubungan kuantitatif struktur aktifitas senyawa nitrasi etil p -metoksisinamat terhadap aktivitas anti tuberkulosis melalui pendekatan hansch secara komputasi

0 9 82

Studi hubungan kuantitatif strukturaktivitas anti-tuberkulosis senyawa amidasi etil p-metoksisinamat dengan pendekatan hansch dan penambatan molekuler pada enzim inh a

0 6 101

Optimasi Daya dan Waktu Reaksi Amidasi Etil P-Metoksisinamat dengan Dimetil Formamida Menggunakan Irradiasi Microwave

1 14 78