2.15. Autodock Vina
AutoDock Vina adalah salah satu perangkat lunak yang tepat dan dapat diandalkan yang tersedia untuk penemuan obat, penambatan molekul
dan skrining virtual yang dirancang dan diterapkan oleh Dr. Oleg Trott. Vina menawarkan fungsi yang beragam, tingkat kinerja tinggi dan
meningkatkan akurasi untuk mempermudah penggunaan. Perangkat lunak ini dapat dioperasikan dengan bantuan AutoDockTools ADT atau
instruksi command line Sandeep, Nagasree, Hanisha, Murali, Kumar, 2011.
2.16. Pymol
PyMOL merupakan salah satu program visualisasi yang digunakan untuk memahami suatu struktur biologi dan dapat menampilkan gambar tiga
dimensi yang berkualitas dan mampu menyajikan tampilan struktur dalam beberapa warna dari suatu molekul kecil maupun makromolekul seperti
protein. Visualisasi sangatlah penting untuk lebih memahami dan mendalami struktur suatu molekul. Perangkat lunak ini dikomersilkan oleh
DeLano Scientific LLC Delano Bromberg, 2004.
2.17. Marvin Skecth
Marvin sketch merupakan suatu program yang dapat digunakan untuk menggambar dan mengedit struktur, reaksi, atau menghitung struktur
data kimia dengan operasi yang intuitif. MarvinSketch juga dapat menetapkan stereokimia, charge, valensi, radikal dan isotop untuk setiap
atom. Marvin Sketch juga dapat digunakan untuk penambahan hidrogen dan membuat struktur 2 dimensi dan 3 dimensi.
32
BAB III METODE PENELITIAN
3.1. Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilaksanakan bertempat di Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan FKIK Universita Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta dan
di Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia LIPI Serpong selama bulan Februari hingga Mei 2015.
3.2. Alat
3.2.1. Perangkat Keras
Notebook Acer 4750z Aspire series dengan spesifikasi Intel®
pentium® CPU B940 2.00GHz 2 CPUS, ~2.00 GHz, RAM Random Access Memory
2.00 gigabyte, dan Graphic Card Intel® HD Graphics Family 798 megabyte. Notebook terhubung dengan ACDC adapter dan
terkoneksi internet.
3.2.2. Perangkat Lunak
Sistem operasi menggunakan Windows 7 Ultimate 32 bit, Autodock Tools, Python 2.5.2 dan MGLTools 1.5.6 Scripps Research Institute,
Discovery Studio 3.5 Visualizer Accelrys Enterprise Platform, Hyperchem 8.0, Open Babel 2.3.2, Autodock Vina, Pymol De Lano
Scitientific LLC , SPSS 16.0.0, LigPlot
+
1.4.5, Marvin Sketch 5.5.1.0 http:www.chemaxon.com
, ACDLabs 2012 www.acdlabs.com
, Protein Data Bank
http:www.rcsb.orgpdb .
3.3. Bahan
3.3.1. Training Set dan Test Set
Training set dan test set didapatkan dari literatur dari pengujian
secara in vitro. Data training set dan test yang digunakan harus seragam dari segi jenis pengujian, aktivitas dan kemiripan struktur.
3.3.2. Molekul Tiga Dimensi 3D
Molekul tiga dimensi COX-2 diunduh dari Bank Data Protein melalui situs
http:www.rcsb.orgpdb . Molekul protein yang dipilih adalah
dengan kode 1CX2 dan diunggah dengan format text gz atau .pdb
Kategori