1. Home
  2. Lainnya

Protein Data Bank PDB PubChem

- Docking protein nukleotida Bachwani Mukesh, 2011

2.12. Protein Data Bank PDB

Protein Data Bank PDB; http:www.rcsb.orgpdb adalah sebuah dokumen atau kumpulan data eksperimental struktur tiga dimensi dari makromolekul biologis, yang sekarang berjumlah lebih dari 32.500 Berman, et al., 2000, termasuk protein dan asam nukleat. Molekul – molekul tersebut adalah molekul yang ditemukan di semua organisme termasuk bakteri, ragi, tanaman, lalat, hewan lain, dan manusia. Informasi ini dapat digunakan untuk membantu menyimpulkan peran struktur dalam kesehatan manusia dan penyakit, dan dalam pengembangan obat. Struktur yang terdapat dalam arsip ini mulai dari protein kecil dan potongan- potongan DNA sampai molekul kompleks seperti ribosom RCSB, 2014.

2.13. PubChem

PubChem http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov adalah gudang informasi molekuler untuk umum, sebuah karya ilmiah dari Institut Kesehatan Nasional Amerika US National Institutes of Health NIH. Basis data PubChem memiliki lebih dari 27 juta catatan struktur kimia khusus dari senyawa yang berasal dari hampir 70 juta senyawa endapan, dan berisi lebih dari 449.000 catatan bioassay dengan lebih dari ribuan biokimia in vitro dan skrining berbasis sel, dengan menargetkan lebih dari 7000 protein dan gen yang terhubung dengan lebih dari 1,8 juta senyawa Xie, 2010. Pada situs PubChem ini dapat diunduh struktur kimia dari suatu senyawa secara gratis yang dibutuhkan dalam studi penambatan molekul. 2.14. Autodock Autodock merupakan program penambatan molekuler yang efektif yang secara cepat dan akurat dapat memprediksi konformasi dan energi dari suatu ikatan antara ligan dan target makromolekul. Autodock terdiri dari dua program utama, yaitu Autodock dan Autodock grid. Autodock untuk melakukan penambatan molekuler ligan dan protein target dengan set grid yang telah terdeskripsi. Pendeskripsian ini dilakukan sebelumnya dengan Autogrid. Untuk memungkinkan pencarian konformasi, Autodock membutuhkan ruang pencarian dalam sistem koordinat dimana posisi ligan dianggap akan terikat Morris et al., 2009.

2.15. Autodock Vina

Dokumen yang terkait

Amidasi Senyawa Etil p-metoksisinamat Melalui Reaksi Langsung dengan Iradiasi Microwave Serta Uji Aktivitas Sebagai Antiinflamasi

4 31 104

Modifikasi struktur senyawa etil p-metoksisinamat (EPMS) melalui proses nitrasi serta uji aktivitas sebagai antiinflamasi

1 23 83

Studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas Anti-tuberkulosis Senyawa Amidasi Etil p-metoksisinamat dengan Pendekatan Hansch dan Penambatan Molekuler pada Enzim Inh A

6 36 101

Hubungan Kuantitatif Struktur Aktifitas Senyawa Nitrasi Etil P -Metoksisinamat Terhadap Aktivitas Anti Tuberkulosis Melalui Pendekatan Hansch Secara Komputasi

1 34 82

Amidasi senyawa etil p-metoksisinamat melalui reaksi langsung dengan iradiasi microwave serta uji aktivitas sebagai antiinflamasi

2 16 104

Modifikasi Struktur Senyawa Asam p-metoksisinamat Melalui Proses Amidasi Urea Serta Uji Aktivitas Sebagai Antiinflamasi

1 7 92

Amidasi Senyawa Etil p-metoksisinamat yang Diisolasi dari Kencur (Kaempferia galanga L.) dan Uji Aktivitas Antiinflamasi Secara In-Vitro

1 18 82

Hubungan kuantitatif struktur aktifitas senyawa nitrasi etil p -metoksisinamat terhadap aktivitas anti tuberkulosis melalui pendekatan hansch secara komputasi

0 9 82

Studi hubungan kuantitatif strukturaktivitas anti-tuberkulosis senyawa amidasi etil p-metoksisinamat dengan pendekatan hansch dan penambatan molekuler pada enzim inh a

0 6 101

Optimasi Daya dan Waktu Reaksi Amidasi Etil P-Metoksisinamat dengan Dimetil Formamida Menggunakan Irradiasi Microwave

1 14 78