30
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil Penelitian 1. Identifikasi Morfolgi pada
Bactrocera yang menyerang buah liar.
Hasil identifikasi morfologi Bactrocera sp yang menyerang buah liar Famili Cucurbitaeceae. Bactrocera sp yang ditemukan ini memiliki karakter
morfologi hampir sama dengan B. calumniata tetapi mempunyai pola sayap sama dengan B. cucurbitae. Karakter morfologi tersebut berdasarkan kunci identifikasi
mengacu pada pedoman Suputa et al. 2006. Hasil identifikasi Bactrocera sp disajikan pada Lampiran 1.
2. Identifikasi Molekuler Bactrocera sp
Ekstraksi DNA sampel menggunakan metode Genomic DNA mini kit. Keberhasilannya dilihat menggunakan elektroforesis gel agarose.
a. Elektroforesis Gel Agarosa
Elektroforesis DNA hasil ekstraksi disajikan pada Gambar 6.
Gambar 6. Hasil elektroforesis genom Bactrocera. M=Marker, B. papayae No 1, B. cucurbitae No 2, Larva Bactrocera sp No 3,
Imago Bactrocera sp No 4. 3
4
Ekstraksi dengan Genomic DNA mini kit berhasil mengisolasi genom Bactrocera sp, Bactrocera cucurbitae dan Bactrocera papayae. Hal tersebut
dapat dilihat pada pita genom yang jelas, meskipun masih terdapat smear. Pada isolasi DNA genom Bactrocera sp digunakan larva Bactrocera sp karena sampel
awetan imago Bactrocera sp terbatas jumlahnya dan untuk meminimalkan kekurangan sampel imago Bactrocera sp. Hasil ekstraksi ini menunjukan bahwa
isolasi DNA genom berhasil dengan baik sehingga dapat digunakan untuk analisis selanjutnya yaitu Amplifikasi PCR.
b. Amplifikasi DNA Gen Sitokrom oxidase I mtDNA.
DNA sampel diamplifikasi menggunakan mesin PCR TaKaRa Thermal Cycler. Amplifikasi DNA sampel menggunakan primer forward mtD7 dan revers
mtD9 pada daerah gen cox1 Genom mitokondria Bactrocera sp, Bactrocera cucurbitae dan Bactrocera papayae menghasilkan segmen berukuran ± 500 bp
Gambar 8.
Gambar 7. Hasil amplikasi DNA mitokondria Bactrocera daerah cox1; M=Marker 1000 bp, B. papayae No 1, B. cucurbitae No 2,
Bactrocera sp No 3, Larva Bactrocera sp No 4.
Hasil Visualisasi fragmen Cox I memperlihatkan fragmen Cox I dapat teramplifikasi menggunakan primer forward mtD7 dan primer reverse mtD9.
Pita yang jelas dan tebal menunjukkan kondisi PCR yang optimal tercapai sehingga proses PCR dapat berlangsung dengan baik sehingga dapat diproses
pada tahap selanjutnya yaitu Sekuensing. Pada tahap sekuensing dibutuhkan volume cocktail minimal 30 ul.
c. Hasil sekuen DNA
Hasil Sekuen gen sitokrom oksidase I Bactrocera sp diperoleh panjang ukuran gen 403 bp, B. cucurbitae 427 bp dan Bactrocera papayae 427 bp yang
disajikan pada Lampiran 6. Sedangkan hasil analisis sekuen menggunakan progam Mega software 6.0 menunjukan persentase kandungan basa pada daerah
cox1 Bactrocera sp, yang tercantum pada Tabel 7.
Tabel 7. Kandungan basa nukleotida Bactrocera sp dari progam Mega software 6.0. No
Nama spesies T
A G
C G+C A+T
1 B. cucurbitaee_Swiss
36,6 28,8 16,0 18,6 34,6 65,4 2
Bactrocera sp 37,2 25,7 16,6 20,5
37,0 63,0 3
B. cucurbitaee 37,9 26,9 15,2 19,9
35,1 64,9 4
B. papayae 35,8 29,0 15,7 19,4
35,1 64,9 5
B. caudate 31,0 35,5 19,7 13,9
33,6 66,4 6
B. diaphora 29,8 35,1 20,5 14,6
35,1 64,9 7
B. papaya 34,3 39,2 10,2 16,2
26,5 73,5 8
B.philippinensis 34.4 39,2 10,2 16,1
26,4 73,6 9
B.scutellata 29,7 34,7 20,7 14,9
35,6 64,4 10
B.calmuniata 36,3 28,6 16,9 18,2
35,1 64,9 11
B. cucurbitae_Ind 36,7 27,8 16,6 18,9
35,5 64,5 12
B.cucurbitaee_Perancis 34,4 28,3 17,9 19,4
37,3 62,7 13
Anastrepha ludens 36,3 34,2 12,9 16,6
29,5 70,5 Ket: merupakan sampel dalam penelitian ini.
merupakan koleksi sampel dari GenBank.
d. BLAST
Kategori