d. BLAST
Penentuan spesies
dilakukan dengan
analisis BLAST,
yaitu membandingkan sekuen Bactrocera sp, B. cucurbitae dan B. papayae dengan
database yang ada pada GeneBank. Hasil analisis BLAST dapat dilihat pada Tabel 8.
Tabel 8. Hasil analisis BLAST sekuen DNA gen sitokrom oksidase I Gen sitokrom oksidase I
Bactrocera sp Bactrocera sp B. cucurbitae B. papayae Karakter
CL CL CU LB Homologi
100 96 100 100 Gaps
0 0 0 0 Acc.Number
DQ006875.1 GQ154088.1 DQ116244.1 FJ903487.1 Homologi dari
nukleotida ke 284-718 bp 240-658 bp 189-613 bp 260-686 bp
E-value 0.0 0.0 0.0 0.0
Ket: CL : Bactrocera sp yang menyerang buah liar. CU : B. cucurbitae yang menyerang buah salak.
LB : B. papayae yang menyerang buah pare.
Berdasarkan hasil analisis BLAST ditemukan banyak variasi nukleotida pada gen cox1 Bactrocera sp yang diteliti dengan GenBank Acc Number
GQ154088.1 Bactrocera calumniata dengan tingkat kesamaan homologi yaitu 96 Gambar 8. Bactrocera sp yang menyerang buah liar dilakukan BLAST
ulang gen Cox I dengan GenBank Acc Number DQ006875.1 B. cucurbitae dengan tingkat kesamaan homologi yang tinggi yaitu 100 Gambar 9.
Pada Bactrocera cucurbitae ditemukan variasi nukleotida yang cukup sedikit pada gen cox 1 dengan GenBank Acc Number DQ116244.1 karena
tingkat kesamaan homologi 100. Variasi nukleotida terdapat pada urutan basa ke- 388 dan 608 Gambar 10. Variasi nukleotida Bactrocera papayae dengan
GenBank Acc Number FJ903487.1 diperoleh tingkat kesamaan homologi 100 dengan variasi basa ke-.256 bp Gambar 11.
Query 1 GAATGAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCTCTTACATTACTTTTAGTGAGCA 60 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCTCTTACATTACTTTTAGTGAGCA 299 Query 61 GTATAGTAGAAAACGGAGCTGGTACAGGTTGAACTGTTTATCCTCCCCTTTCATCAATTA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 300 GTATAGTAGAAAACGGAGCTGGTACAGGTTGAACTGTTTACCCTCCCCTTTCATCAATTA 359
Query 121 TCGCTCATGGTGGAGCCTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTACATTTAGCTGGTATTT 180 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCGCTCATGGTGGAGCCTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTACATTTAGCTGGTATTT 419 Query 181 CATCAATTTTAGGGGCCGTAAATTTCATTACTACAGTAATTAATATGCGATCAACAGGAA 240
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 420 CATCAATTTTAGGGGCTGTAAATTTCATTACTACAGTAATTAATATACGATCAACAGGGA 479
Query 241 TCACATTTGACCGGATACCTTTATTCGTTTGAGCTGTAGTATTGACAGCTCTTCTTTTAC 300 | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 480 TTACATTTGACCGAATACCTTTATTCGTTTGAGCTGTAGTATTAACAGCTCTTCTTTTAC 539 Query 301 TTCTATCTCTACCTGTGTTAGCCGGAGCTATTACTATACTTTTAACAGACCGAAATTTAA 360
|||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 540 TTCTATCTCTCCCAGTATTAGCTGGAGCTATTACTATACTTTTAACAGACCGAAACTTAA 599
Query 361 ACACCTCTTTCTTCGACCCGGCTGGTGGTGGAGACCCTATTTTATACCAACATTTATTT 419 | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 600 ATACATCTTTCTTCGACCCAGCTGGTGGTGGAGATCCTATTTTATACCAACACTTATTT 658
Gambar 8. Hasil analisis BLAST gen cox1 Bactrocera sp dengan GenBank Bactrocera calumniata Acc Number GQ154088.1
Keterangan : Angka sebelah kanan gambar menunjukkan urutan nukleotida, tanda : homologi kesamaan,
: merupakan variasi nukleotida.
Query 1 GAATGAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCTCTTACATTACTTTTAGTGAGCA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 GAATGAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCTCTTACATTACTTTTAGTGAGCA 343 Query 61 GTATAGTAGAAAACGGAGCTGGTACAGGTTGAACTGTTTATCCTCCCCTTTCATCAATTA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 344 GTATAGTAGAAAACGGAGCTGGTACAGGTTGAACTGTTTATCCTCCCCTTTCATCAATTA 403
Query 121 TCGCTCATGGTGGAGCCTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTACATTTAGCTGGTATTT 180 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 TCGCTCATGGTGGAGCCTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTACATTTAGCTGGTATTT 463 Query 181 CATCAATTTTAGGGGCCGTAAATTTCATTACTACAGTAATTAATATGCGATCAACAGGAA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 464 CATCAATTTTAGGGGCCGTAAATTTCATTACTACAGTAATTAATATGCGATCAACAGGAA 523
Query 241 TCACATTTGACCGGATACCTTTATTCGTTTGAGCTGTAGTATTGACAGCTCTTCTTTTAC 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 TCACATTTGACCGGATACCTTTATTCGTTTGAGCTGTAGTATTGACAGCTCTTCTTTTAC 583 Query 301 TTCTATCTCTACCTGTGTTAGCCGGAGCTATTACTATACTTTTAACAGACCGAAATTTAA 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 584 TTCTATCTCTACCTGTGTTAGCCGGAGCTATTACTATACTTTTAACAGACCGAAATTTAA 643
Query 361 ACACCTCTTTCTTCGACCCGGCTGGTGGTGGAGACCCTATTTTATACCAACATTTATTTT 420 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 ACACCTCTTTCTTCGACCCGGCTGGTGGTGGAGACCCTATTTTATACCAACATTTATTTT 703 Query 421 GATTCTTTGGACACC 435
||||||||||||||| Sbjct 704 GATTCTTTGGACACC 718
Gambar 9. Hasil analisis BLAST gen cox1 Bactrocera sp dengan GenBank Bactrocera cucurbitae Acc Number DQ006875.1
Keterangan : Angka sebelah kanan gambar menunjukkan urutan nukleotida, tanda : homologi kesamaan,
: merupakan variasi nukleotida.
Query 1 AATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCTCTTACATTACTTTTAGTGAGCAGTATA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 189 AATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCTCTTACATTACTTTTAGTGAGCAGTATA 248 Query 61 GTAGAAAACGGAGCTGGTACAGGTTGAACTGTTTACCCTCCCCTTTCATCAATTATCGCT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 249 GTAGAAAACGGAGCTGGTACAGGTTGAACTGTTTACCCTCCCCTTTCATCAATTATCGCT 308
Query 121 CATGGTGGAGCCTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTACATTTAGCTGGTATTTCATCA 180 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 309 CATGGTGGAGCCTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTACATTTAGCTGGTATTTCATCA 368 Query 181 ATTTTAGGGGCTGTAAATTTCATTACTACAGTAATTAATATACGATCAACAGGAATTACA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 369 ATTTTAGGGGCTGTAAATTTCATTACTACAGTAATTAATATACGATCAACAGGAATTACA 428
Query 241 TTTGACCGAATACCTTTATTCGTTTGAGCTGTAGTATTAACAGCTCTTCTTTTACTTCTA 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 TTTGACCGAATACCTTTATTCGTTTGAGCTGTAGTATTAACAGCTCTTCTTTTACTTCTA 488 Query 301 TCTCTCCCAGTATTAGCTGGAGCTATTACTATACTTTTAACAGACCGAAACTTAAATACA 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 489 TCTCTCCCAGTATTAGCTGGAGCTATTACTATACTTTTAACAGACCGAAACTTAAATACA 548
Query 361 TCTTTCTTCGACCCAGCTGGTGGTGGAGATCCTATTTTATACCAACACTTATTTTGATTC 420 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 TCTTTCTTCGACCCAGCTGGTGGTGGGGATCCTATTTTATACCAACACTTATTTTGATTT 608 Query 421 TTTGG 425
||||| Sbjct 609 TTTGG 613
Gambar 10. Hasil analisis BLAST gen cox1 Bactrocera cucurbitae yang menyerang buah pare dengan Bactrocera cucurbitae GenBank
Acc Number
DQ116244.1
Keterangan : Angka sebelah kanan gambar menunjukkan urutan nukleotida, tanda : homologi kesamaan,
: merupakan variasi nukleotida.
Query 1 AATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCTTCCCTTACATTACTATTAGTAAGAAGTATA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 AATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCTTCCCTTACATTACTATTAGTAAGAAGTATA 319 Query 61 GTAGAAAACGGAGCTGGTACAGGTTGAACAGTTTACCCACCCCTATCATCTGTTATTGCA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 320 GTAGAAAACGGAGCTGGTACAGGTTGAACAGTTTACCCACCCCTATCATCTGTTATTGCA 379
Query 121 CACGGAGGAGCTTCAGTTGACCTAGCTATTTTTTCACTTCACTTAGCGGGTATTTCCTCA 180 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 CACGGAGGAGCTTCAGTTGACCTAGCTATTTTTTCACTTCACTTAGCGGGTATTTCCTCA 439 Query 181 ATTTTAGGAGCAGTAAATTTCATTACAACAGTAATTAATATACGATCGACAGGAATCACC 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 440 ATTTTAGGAGCAGTAAATTTCATTACAACAGTAATTAATATACGATCGACAGGAATCACC 499
Query 241 TTTGATCGAATACCTTTATTCGTTTGAGCAGTTGTATTAACAGCTTTATTACTTTTATTA 300 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TTTGATCGAATACCTCTATTCGTTTGAGCAGTTGTATTAACAGCTTTATTACTTTTATTA 559 Query 301 TCATTACCAGTTTTAGCAGGGGCTATTACTATATTACTAACAGACCGAAACTTAAATACT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 560 TCATTACCAGTTTTAGCAGGGGCTATTACTATATTACTAACAGACCGAAACTTAAATACT 619
Query 361 TCCTTTTTTGACCCTGCCGGAGGAGGAGATCCTATTCTTTACCAACATTTATTTTGATTC 420 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 TCCTTTTTTGACCCTGCCGGAGGAGGAGATCCTATTCTTTACCAACATTTATTTTGATTC 679 Query 421 TTTGGAC 427
||||||| Sbjct 680 TTTGGAC 686
Gambar 11. Hasil analisis BLAST gen cox1 Bactrocera papayae yang menyerang buah salak dengan Bactrocera papayae GenBank
Acc Number FJ903487.1 angka sebelah kanan gambar menunjukkan urutan nukleotida,
tanda : homologi kesamaan, : merupakan variasi nukleotida.
e. Lokasi penempelan primer
Kategori