analisis konformasi serta beberapa metode kimia komputasi lain yang memprediksi
perilaku molekul Permana, 2009. Model yang umum dikenal ada dua, yaitu :
1. Model molekul dalam bentuk tongkat stick yang dibuat oleh Dreiding, dan
2. Model molekul berupa pengisisan ruang space filling yang dibuat oleh
Corey, Pauling dan Koltum. Model ini sering disebut sebagai model CPK.
2.9. Optimasi Geometri
Inti prosedur optimasi struktur molekul adalah membandingkan energy struktur yang didapatkan dengan struktur sebelumnya. Energi struktur yang lebih
rendah dari sebelumnya menunjukkan kestabilan struktur dibandingkan sebelumnya. Prosedur ini diulang sampai mendapatkan energi struktur yang tidak
jauh berbeda dengan sebelumnya. Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah
perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan konformasi,
keseimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan berbagai aspek kimia lainnya. Ada 4 jenis metode optimasi yang sering digunakan, yaitu :
1. Steepest descent, dikhususkan untuk perhitungan yang cepat agar
menghilangkan sterik yang berlebihan dan masalah tolakan pada struktur awal.
2. Conjugate gradient Fletcher-Reeves untuk mencapai konvergensi yang
efisien. 3.
Conjugate gradient Polak-Riebere hampir sama dengan metode Fletcher- Reeves, yaitu untuk mencapai konvergensi yang efisien.
4. Black-diagonal newton-rephson hanya untuk MM
+
, yang memindahkan satu atom pada suatu waktu dengan menggunakan informasi turunan
keduanya Pranowo, 2000.
2.10. Aktivitas Penghambatan 50 IC
50
Half maximal inhibitory concentration IC
50
adalah ukuran efektivitas penghambatan suatu senyawa dalam fungsi biologis atau biokimia. Ukuran
kuantitatif ini menunjukkan berapa banyak obat tertentu atau bahan lainnya inhibitor yang dibutuhkan untuk menghambat proses biologis tertentu
ataukomponen proses, yaitu suatu enzim, sel, reseptor sel atau mikroorganisme hingga setengahnya. Dengan kata lain, itu adalah setengah maksimal 50
konsentrasi penghambatan IC dari suatu zat 50 IC, atau IC
50
. Hal ini umumnya digunakan sebagai ukuran potensi antagonis obat dalam penelitian
farmakologi Burger, 1998 dalam Rifai, 2014.
