3.3.2. Perangkat Lunak
Perangkat lunak yang digunakan dalam penelitian ini adalah sebagai berikut
1 Hyperchem 8.0.8 sebagai software untuk pemodelan molekul.
2 GaussView 3.07 sebagai software pemodelan molekul, pengonversi
format .pdb ke .gjf serta membuat file input untuk Gaussian-09W. 3
Gaussian 09W sebagai software untuk untuk optimasi geometri struktur molekul serta perhitungan nilai deskriptor elektronik.
4 MarvinBeans 15.2.0 yang dikeluarkan oleh ChemAxon digunakan
menghitung nilai deskriptor sterik dan hidrofobik. 5
Sistem operasi yang digunakan adalah Windows Vista® Business OA EM-SEA untuk pemodelan dan untuk perhitungannya.
6 IBM SPSS Statistics 21 for Windows sebagai software untuk
menganalisis korelasi dan menghitung regresi linear.
3.3.3. Bahan Penelitian
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah aktivitas calcium channel blocker dalam pIC
50
senyawa turunan dihidropiridin disajikan pada Tabel 2.1. halaman 11. Adapun senyawa prediksi dari turunan dihidropiridin yang akan
dieksplorasi, dipertimbahkan gugus pada atom mana yang berpengaruh dengan nilai IC
50
-nya. Yaitu dengan menggunakan muatan bersih pada atom-atomnya. Pada Tabel 2.1 diketahui gugus yang memiliki pIC
50
yang bagus adalah gugus R
1
dengan gugus fenil dan sikloheksil. Gugus C
l
pada atom C
10
dan C
11
divariasi dengan diganti dengan halogen lainnya F dan Br. Untuk mengetahui pengaruh keelektronegatifan
terhadap aktivitas calcium channel blocker. Dan pada gugus R
2
divariasi dengan gugus etil, metil, isopropyl, hidroksimetil, hidroksietil dan hidroksipropan-2-il. Untuk mengetahui pengaruh gugus-gugus tersebut.
3.4. Prosedur Penelitian
3.4.1. Menggambar Struktur Kimia Senyawa Turunan Dihidropiridin
Struktur kimia senyawa turunan dihidropiridin yang digunakan dalam
penelitian ini digambar menggunakan software HyperChem 8.0.8. Diawali dengan
menggambar struktur dasar yang tersaji dalam Gambar 2.2, kemudian disubstitusi pada R seperti pada Tabel 2.1. File disimpan dalam format protein data bank
.pdb agar mampu dibaca oleh software GaussView 3.07 yang digunakan dalam tahap optimasi geometri struktur.
3.4.2. Optimasi Geometri Struktur
Struktur sampel dioptimasi menggunakan software Gaussian 09W dengan metode Density Functional Theory DFT B3LYP pada basis sets 6-31G.
Kemudian deskriptor dihitung pada struktur geometri yang telah optimal menggunakan metode yang sama pada basis sets 6-31G Markovic et al. 2013.
Proses optimasi ini tidak secara langsung menggunakan software Gaussian 09W, namun terlebih dahulu dipreparasi menggunakan software GaussView 3.07.
Tahap ini dilakukan untuk mempermudah penulisan Gaussian input file .gjf. Langkah awal yaitu membuka struktur sampel dalam format protein data bank
.pdb dengan cara klik menu File, kemudian pilih menu Open. Seleksi file protein data bank .pdb yang akan dioptimasi, kemudian klik tombol Open. Langkah
selanjutnya yaitu memilih metode perhitungan dan basis sets. Klik menu Calculate, kemudian pilih menu Gaussian maka akan muncul kotak dialog. Tetapkan Job Type
Kategori