RNA Helikase Virus Hepatitis C

12 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

2.4 RNA Helikase Virus Hepatitis C

Helikase merupakan protein pertama kali ditemukan pada Escherichia coli pada tahun 1976. Selanjutnya RNA dan DNA helikase dengan fungsi yang beragam telah ditemukan di semua organisme. Helikase dapat mengikat dan menghidrolisis untai komplemeter dari untai ganda asam nukleat, atau mengkatalisis homolog DNA rekombinan. Fungsi helikase juga diperlukan untuk replikasi, dan rekombinasi genom. Demikian pula, fungsi helikase memfasilitasi proses metabolisme RNA seperti transkripsi, biogenesis ribosom, translasi, penyambungan RNA RNA splicing, tranportasi RNA RNA transport, dan degradasi RNA RNA degradation Patel and Donmez, 2006. Virus hepatitis C adalah virus RNA beruntai tunggal yang diklasifikasikan ke dalam genus Hepacivirus, famili Flaviviridae. HCV memiliki genom 9,6 kb yang menyandikan poliprotein tunggal. HCV terdiri dari empat protein struktural C, E1, E2, dan p7 dan enam protein nonstruktural NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A dan NS5B Lee et al., 2010. Protein non struktural tersebut berfungsi dalam reaksi enzimatis yang berperan dalam replikasi virus. NS1 berinteraksi dengan NS4 dibutuhkan untuk replikase RNA. NS2A bersifat hidrofobik berfungsi dalam perakitan virion partikel virus baru dan pelepasan partikel virus. NS2B membentuk kompleks dengan NS3 berperan sebagai kofaktor bagi serin protease dari NS3. Protein NS3 mengkodekan RNA helikase yang berperan dalam replikase virus. NS5A merupakan daerah yang sensitif terhadap interferon, sedangkan NS5B berperan dalam aktivitas RNA-dependent RNA polimerase RdRp Tellinghuisen et al, 2007. 13 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Gambar 2.2. Peta genomik RNA helikase HCV Tellinghuisen et al, 2007 Gambar 2.4. Mekanisme kerja RNA helikase HCV Utama et al, 2005 Protein resisten IFN RNA Polimerase NS2 N S3 NS4A NS5B NS5A NS4B Protein transmembran Metalloprotease Serin protease RNA helikase Kofaktor C E1 E2 Nukleokapsid Pelindung Glikoprotein P7 Protein Nonstruktural Protein Struktural 5’ 3’ 14 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Mekanisme kerja RNA helikase HCV secara umum adalah pertama- tama helikase akan berikatan pada ujung 3’ RNA utas ganda. Tahap kedua, ATP akan berikatan pada sisi aktif RNA helikase dan dihidrolisis pada gugus fosfat terluar menghasilkan ADP dan fosfat anorganik Pi. Pada proses hidrolisis ATP ini mengeluarkan energi yang cukup besar dan digunakan untuk memisahkan RNA utas ganda menjadi utas tunggal. Pemisahan RNA utas ganda dilakukan dengan pemutusan ikatan hidrogen yang mengikat kedua utas tersebut. Pembukaan ikatan utas ganda tersebut sangat berperan dalam replikasi dan kelangsungan hidup HCV, apabila tidak berlangsung maka siklus hidup HCV terhenti Utama et al, 2005. RNA helikase HCV saat ini menjadi target obat yang essensial untuk infeksi virus hepatitis C. Oleh karena itu terjadi pengembangan riset dalam mencari agen yang berperan sebagai inhibitor RNA helikase. Berikut tabel riset mengenai agen yang digunakan sebagai inhibitor RNA helikase HCV. Tabel 2.1. Inhibitor RNA helikase HCV No Inhibitor Persen Inhibisi Pustaka 1 Protein kapang endofit CgKTm SF 89,45 Paturohman, 2011 2 Ekstrak metanol buah tanaman mangrove Avicennia marina Forsk Vierb. 76,705 Kusumawati, 2011 3 Mikroalga BTM 11 81,205 Putri, 2011 a 4 Bakteriosin asam laktat S34 64,20 Putri, 2011 b . 5 Ekstrak rimpang temulawak Curcuma zanthorrhiza Roxb. 73,60 Setianingsih, 2011 15 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

2.5 Kolorimetri ATPase