Isolasi, Seleksi dan Uji Aktivitas Antibakteri Mikroba Endofit dari Daun Tanaman Garcinia benthami Pierre terhadap Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Shigella dysenteriae, dan Salmonella typhimurium

UIN SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA

ISOLASI, SELEKSI DAN UJI AKTIVITAS
ANTIBAKTERI MIKROBA ENDOFIT DARI DAUN
TANAMAN Garcinia benthami Pierre TERHADAP
Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli,
Shigella dysenteriae, dan Salmonella typhimurium

SKRIPSI

ARINI EKA PRATIWI
NIM. 1111102000051

PROGRAM STUDI FARMASI
FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN
JAKARTA
JUNI 2015

UIN SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA

ISOLASI, SELEKSI DAN UJI AKTIVITAS
ANTIBAKTERI MIKROBA ENDOFIT DARI DAUN
TANAMAN Garcinia benthami Pierre TERHADAP
Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli,
Shigella dysenteriae, dan Salmonella typhimurium

SKRIPSI
Diajukan sebagai salah satu syarat memperoleh gelar Sarjana Farmasi

ARINI EKA PRATIWI
NIM. 1111102000051

PROGRAM STUDI FARMASI
FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN
JAKARTA
JUNI 2015
ii

iii

iv

v

ABSTRAK

Nama
Program Studi
Judul Skripsi

: Arini Eka Pratiwi
: Farmasi
: Isolasi, Seleksi dan Uji Aktivitas Antibakteri Mikroba
Endofit dari Daun Tanaman Garcinia benthami Pierre
terhadap Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis,
Escherichia coli, Shigella dysenteriae, dan Salmonella
typhimurium

Mikroba endofit dapat ditemukan di hampir setiap tanaman di bumi. Mikroba
endofit adalah mikroba yang hidup di dalam jaringan tumbuhan pada periode
tertentu dan mampu membentuk koloni dalam jaringan tumbuhan tanpa
membahayakan inangnya, bahkan seringkali bersimbiosis secara mutualisme.
Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan menyeleksi isolat mikroba endofit
dari daun Garcinia benthami Pierre yang berpotensial dalam menghasilkan
senyawa antibakteri. Aktivitas antibakteri isolat mikroba endofit dapat dilihat dari
pembentukan zona hambat di sekitar koloni menggunakan metode difusi agar
padat dan difusi cakram dengan bakteri patogen yaitu Staphylococcus aureus
ATCC 6538, Bacillus subtilis ATCC 6633, Escherichia coli ATCC 35218,
Shigella dysenteriae ATCC 13313 dan Salmonella typhimurium ATCC 14028.
Hasil isolasi mikroba endofit dari daun Garcinia benthami Pierre memberikan 18
isolat kapang endofit dan 7 isolat bakteri endofit. Fermentasi dilakukan terhadap 6
isolat kapang endofit pada media Potato Dextrose Yeast (PDY) selama tiga
minggu dengan kondisi stasioner dan 7 isolat bakteri endofit pada media Nutrient
Broth (NB) selama dua hari dengan kultur kocok. Hasil fermentasi kapang endofit
menunjukkan bahwa isolat kapang GB2, GB8, GB14, GB16, GB17, dan GB18
aktif terhadap Bacillus subtilis ATCC 6633; isolat kapang GB18 aktif terhadap
Escherichia coli ATCC 35218; isolat kapang GB2, GB16, dan GB17 aktif
terhadap Shigella dysenteriae ATCC 13313; isolat kapang GB2 dan GB8 aktif
terhadap Salmonella typhimurium ATCC 14028. Hasil fermentasi bakteri endofit
menunjukkan bahwa isolat bakteri IGB1, IGB2, IGB3, IGB4, IGB5, IGB6, dan
IGB7 aktif terhadap Escherichia coli ATCC 35218; isolat bakteri IGB3, IGB5,
dan IGB6 aktif terhadap Staphylococcus aureus ATCC 6538; isolat bakteri IGB1
dan IGB3 aktif terhadap Bacillus subtilis ATCC 6633; isolat bakteri IGB3 dan
IGB6 aktif terhadap Shigella dysenteriae ATCC 13313; isolat bakteri IGB3 aktif
terhadap Salmonella typhimurium ATCC 14028.
Kata Kunci: Garcinia benthami Pierre, mikroba endofit, antibakteri, metode difusi
agar padat, metode difusi cakram.

vi

ABSTRACT

Nama
Program Studi
Judul Skripsi

: Arini Eka Pratiwi
: Farmasi
: Isolation, Selection and Antibacterial Assay of Endophytic
Microbes from the Leaves of the Plant Garcinia benthami
Pierre against Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis,
Escherichia coli, Shigella dysenteriae, and Salmonella
typhimurium

Endophytic microbes can be found in almost every plant on earth. Endophytic
microbes are microbes that live inside plant tissues on certain periodes and is able
to form a colony inside plant tissues without indangering the host of the plant,
moreover it undergoes symbyosis mutualistically. The purpose of this research
was to isolate and select endophytic microbes from Garcinia benthami Pierre
leaves that have potential to produce antibacterial compounds. Antibacterial
activity was determined by measuring the inhibition zone with Diffusion Agar
Plate and Disc Diffusion methods using pathogenic bacteria i.e. Escherichia coli
ATCC 35218, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Bacillus subtilis ATCC 6633,
Shigella dysenteriae ATCC 13313 and Salmonella typhimurium ATCC 14028.
The results of the endophytic microbes isolation in these experiments showed that
there were 18 isolates of endophytic fungi and 7 isolates of endophytic bacteria.
Fermentation carried out against 6 isolates of endophytic fungi in medium Potato
Dextrose Yeast (PDY) for three weeks with stationary conditions and 7 isolates of
endophytic bacteria in medium Nutrient Broth (NB) for two days with shaker
culture. The result of the endophytic fungi fermentation showed that GB2, GB8,
GB14, GB16, GB17, and GB18 isolates of fungi were active against Bacillus
subtilis ATCC 6633; GB18 isolates of fungi were active against Escherichia coli
ATCC 35218; GB2, GB16, and GB17 isolates of fungi were active against
Shigella dysenteriae ATCC 13313; GB2 and GB8 isolates of fungi were active
against Salmonella typhimurium ATCC 14028. The result of the endophytic
bacteria fermentation showed that IGB1, IGB2, IGB3, IGB4, IGB5, IGB6, and
IGB7 isolates of bacteria were active against Escherichia coli ATCC 35218;
IGB3, IGB5, and IGB6 isolates of bacteria were active against Staphylococcus
aureus ATCC 6538; IGB1 and IGB3 isolates of bacteria were active against
Bacillus subtilis ATCC 6633, IGB3 and IGB6 isolates of bacteria were active
against Shigella dysenteriae ATCC 13313, IGB3 isolates of bacteria were active
against Salmonella typhimurium ATCC 14028.
Keyword: Garcinia benthami Pierre, endophytic microbes, antibacterial, diffusion
agar plate methods, disc diffusion methods.

vii

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmannirrahim
Alhamdulillahirabbil’alamin, puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah
melimpahkan

segala

rahmat

dan

karunia-Nya,

sehingga

penulis

dapat

menyelesaikan penulisan skripsi dengan judul “Isolasi, Seleksi dan Uji Aktivitas
Antibakteri Mikroba Endofit dari Daun Tanaman Garcinia benthami Pierre
terhadap Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Shigella
dysenteriae, dan Salmonella typhimurium”. Shalawat serta salam semoga
senantiasa tercurah limpahkan pada Nabi Muhammad SAW beserta para keluarga
dan sahabatnya.
Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat kelulusan tingkat sarjana di
Program Studi Farmasi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas
Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. Penelitian ini tidaklah dapat
terselesaikan tanpa dukungan dan bantuan dari berbagai pihak. Dalam kesempatan
ini, penulis ingin mengucapkan terima kasih terkhususkan kepada:
1. Ibu Puteri Amelia, M.Farm., Apt. selaku pembimbing I dan Bapak Saiful
Bahri, M.Si selaku pembimbing II, yang telah meluangkan waktu, tenaga, dan
pikiran serta dengan sabar membimbing dan mengajari penulis sehingga
penulis dapat menyelesaikan skripsi ini.
2. Bapak Dr. H. Arif Sumantri, S.KM., M. Kes, selaku Dekan Fakultas
Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
3. Bapak Yardi, Ph.D., Apt., selaku Ketua Program Studi Farmasi UIN Syarif
Hidayatullah Jakarta.
4. Ibu/Bapak Dosen dan Staf Akademika Program Studi Farmasi UIN Syarif
Hidayatullah Jakarta yang telah memberikan ilmunya kepada penulis.
5. Ayahanda tercinta, Bapak Nurtejo dan Ibunda tercinta, Ibu Rosadah terima
kasih atas doa yang selalu tercurah untukku, kasih sayang, dan dukungannya
yang menguatkan penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.

viii

6. Adikku tersayang Rashanda dan Quesy Al Farroby yang selalu mendoakan
dan menghibur disaat penulis kesulitan.
7. Seluruh laboran di PLT dan FKIK, Mba Puji, Mba Festy, Kak Amal, dan Mba
Rani yang telah banyak membantu selama proses penelitian.
8. Teman-teman seperjuangan mikrobiologi yakni Brasti, Ati, Rahma, Puput,
Ambar, Meri, Imeh, Fitri, Cumi, Dila, Syaima, Adit, BTR, dan Mozer.
9. Sahabat-sahabatku yaitu Sheila, Meryza, Puput, dan Athiyah.
10. Seluruh teman-teman Farmasi Angkatan 2011 BD. Kebersamaan kita di dalam
suka dan duka akan selalu terkenang di dalam hati.
11. Serta semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang turut
membantu menyelesaikan skripsi ini.
Dengan keterbatasan pengalaman, pengetahuan, maupun pustaka yang
ditinjau, penulis menyadari bahwa dalam skripsi ini terdapat banyak kekurangan.
Untuk itu penulis sangat mengharapkan kritik dan saran. Semoga skripsi ini dapat
memberikan manfaat bagi kepentingan keilmuan maupun aplikasi di bidang
kesehatan.

Jakarta, 19 Juni 2015

Penulis

ix

x

DAFTAR ISI

Halaman
HALAMAN JUDUL ……………………………………………….………. ii
HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS …………………………. iii
HALAMAN PERSETUJUAN PEMBIMBING …....……………………. iv
HALAMAN PENGESAHAN SKRIPSI …………………………………. v
ABSTRAK …………………………………………………………………. vi
ABSTRACT ……………………………………………………………….. vii
KATA PENGANTAR …………………………………………………….. viii
HALAMAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH ……….. ix
HALAMAN PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI …………. x
DAFTAR ISI ……………………………………………………….…….… xi
DAFTAR GAMBAR ………………………………………………………. xiv
DAFTAR TABEL ………………………………………………………….. xvi
DAFTAR LAMPIRAN ……………………………………………………. xvii
DAFTAR ISTILAH ………………………………………………………... xviii
BAB 1 PENDAHULUAN …………………………………..……………... 1
1.1 Latar Belakang ………..…………………………..……………. 1
1.2 Rumusan Masalah ……………………………….………….….. 3
1.3 Tujuan Penelitian …………………………….…………….…… 3
1.4 Manfaat Penelitian ……………………………….………….….. 4
BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA ………………………………..………….. 5
2.1 Mikroba Endofit ……………………………………..………….. 5
2.1.1 Mikroba Endofit yang Menghasilkan Antibiotika .….…… 6
2.1.2 Isolasi Fungi Endofit ………….………………………….. 6
2.2 Mikroba …………………….…………………………………... 7
2.2.1 Definisi ………………………….………………………... 7
2.2.2 Jenis ………………………………………….…………… 7
2.2.2.1 Bakteri ……………………………………………. 7
2.2.2.2 Kapang …………………………………………… 10
2.2.3 Patologis ………………………………………….………. 11
2.3 Karakterisasi Mikroba ………………….………………………. 12
2.3.1 Karakterisasi Bakteri ……………………….…………….. 12
2.3.1.1 Teknik Pewarnaan ………………………………... 12
2.3.2 Karakterisasi Kapang ………………………….…………. 14
2.4 Antimikroba …………………..…………………………..…….. 14
2.4.1 Definisi …………………………………………..……….. 14
2.4.2 Aktivitas dan Spektrum …………………………….....….. 14
2.4.3 Mekanisme Kerja ………………………………….....…… 15
2.5 Uji Aktivitas Antimikroba ……..……………………..……….... 16
2.5.1 Metode Difusi ………………………………..………….... 16
2.5.2 Metode Dilusi ………………...…………………………… 18
2.5.3 Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Metode Difusi pada
Pengujian Aktivitas Antimikroba…………….…………… 18
2.6 Pemilihan Media ……………………………………………….. 20
2.7 Bakteri Uji ……………………………………..………….……. 20

xi

2.7.1 Staphylococcus aureus ………………………………...…. 20
2.7.2 Bacillus subtilis ……………….......…………...…………. 21
2.7.3 Escherichia coli …………………………….…………..… 22
2.7.4 Shigella dysenteriae ………………………………..…….. 22
2.7.5 Salmonella typhimurium ……………………………...….. 23
2.8 Genus Garcinia …………………………………...……….…..... 24
2.9 Garcinia benthami Pierre ……………………..……...……..… 25
BAB 3 METODE PENELITIAN ……………………………………..…... 28
3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian ……………………………..…….. 28
3.2 Alat …………………………………...…………………………. 28
3.3 Bahan ………………………………………...…………………. 28
3.3.1 Sampel Penelitian ……………………………………..….. 28
3.3.2 Bahan untuk Proses Sterilisasi Permukaan …………….… 28
3.3.3 Bahan untuk Pembuatan Media Pertumbuhan Mikroba … 29
3.3.4 Bakteri Uji …………………………………………...….. 29
3.3.5 Bahan untuk Karakterisasi Mikroba Endofit dan
Uji Kemurnian Mikroba Uji ………………………..…….. 29
3.3.6 Kontrol Uji Aktivitas Antibakteri ………..…….……….… 29
3.4 Prosedur Penelitian ……………………………………………… 29
3.4.1 Pembuatan Media Pertumbuhan Mikroba ………………… 29
3.4.1.1 Pembuatan Media PDA ……………….………..…. 29
3.4.1.2 Pembuatan Media Agar Miring PDA ………..…… 30
3.4.1.3 Pembuatan Media NA …………………..….....….. 30
3.4.1.4 Pembuatan Media Agar Miring NA …………….… 30
3.4.1.5 Pembuatan Media MHA ………………………..… 31
3.4.1.6 Pembuatan Media PDY Broth ………….…….…… 31
3.4.1.7 Pembuatan Media NB …………...……..…………. 31
3.4.2 Isolasi Mikroba Endofit ……………………..…………….. 31
3.4.2.1 Sampling Tanaman ……………….…….…………. 31
3.4.2.2 Sterilisasi Permukaan ………………….………….. 32
3.4.3 Pemurnian Mikroba Endofit ……………………...……….. 32
3.4.3.1 Pemurnian Kapang Endofit ………………..……… 32
3.4.3.2 Pemurnian Bakteri Endofit …………...…………… 33
3.4.4 Karakterisasi Mikroba Endofit …………………….…..….. 33
3.4.4.1 Karakterisasi Kapang Endofit ……………….……. 33
3.4.4.2 Karakterisasi Bakteri Endofit ..……………………. 34
3.4.5 Uji Kemurnian Bakteri Uji ………………………………... 35
3.4.6 Peremajaan Bakteri Uji …………………………………… 35
3.4.7 Kurva Pertumbuhan Bakteri Uji ………………………….. 35
3.4.8 Skrining Mikroba Endofit yang Berpotensi sebagai
Antibakteri …………………………………….………….. 36
3.4.8.1 Skrining Fungi Endofit yang Berpotensi sebagai
Antibakteri…………………………………..…….. 36
3.4.8.2 Skrining Bakteri Endofit yang Berpotensi sebagai
Antibakteri…………………………………...……. 36
3.4.9 Fermentasi Mikroba Endofit …………………………….... 37
3.4.9.1 Fermentasi Kapang Endofit …………………….… 37
3.4.9.2 Fermentasi Bakteri Endofit ….………..………...… 37

xii

3.4.10 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi
Mikroba Endofit …………………………………....……. 38
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN ……………………..…………….. 39
4.1 Hasil ……………………………………………………………. 39
4.1.1 Isolasi Mikroba Endofit ………………………………….. 39
4.1.2 Uji Kemurnian Bakteri Uji ……………………………….. 40
4.1.3 Kurva Pertumbuhan Bakteri Uji …………………………. 42
4.1.4 Karakterisasi Mikroba Endofit …………………………... 43
4.1.4.1 Karakterisasi Kapang Endofit …………………..... 43
4.1.4.2 Karakterisasi Bakteri Endofit ……………………. 61
4.1.5 Skrining Aktivitas Antibakteri dari Mikroba Endofit …… 65
4.1.5.1 Skrining Aktivitas Antibakteri dari Kapang Endofit 65
4.1.5.2 Skrining Aktivitas Antibakteri dari Bakteri Endofit 67
4.1.6 Fermentasi Mikroba Endofit …………………………….. 69
4.1.7 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi
Mikroba Endofit ……………............................................. 69
4.1.7.1 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil
Fermentasi Kapang Endofit ……………………… 69
4.1.7.2 Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil
Fermentasi Bakteri Endofit ……………………... 71
4.2 Pembahasan …………………………………………………….. 73
BAB 5 PENUTUP …………………………………………………………. 81
5.1 Kesimpulan …………………………………………………….. 81
5.2 Saran …………………………………………………………… 81
BAGAN ALUR PENELITIAN ……………….………………………….... 82
DAFTAR REFERENSI …………...………………………….……………. 83
LAMPIRAN …………………………………………………...……………. 88

xiii

DAFTAR GAMBAR

Halaman
Struktur Sel Bakteri …………………………………………. 8
Garcinia benthami Pierre …………………………………… 25
Escherichia coli ……………………………………………... 41
Staphylococcus aureus ……………………………………… 41
Bacillus Subtilis ……………………………………………... 41
Shigella dysenteriae …………………………………………. 41
Salmonella typhimurium …………………………………….. 42
Kurva Pertumbuhan Bakteri Uji …………………………….. 42
Isolat GB1 …………………………………………………… 43
Isolat GB2 …………………………………………………… 44
Isolat GB3 …………………………………………………… 45
Isolat GB4 …………………………………………………… 46
Isolat GB5 …………………………………………………… 47
Isolat GB6 …………………………………………………… 48
Isolat GB7 …………………………………………………… 49
Isolat GB8 …………………………………………………… 50
Isolat GB9 …………………………………………………... 51
Isolat GB10 …………………………………………………. 52
Isolat GB11………………………………………………….. 53
Isolat GB12………………………………………………….. 54
Isolat GB13………………………………………………….. 55
Isolat GB14………………………………………………….. 56
Isolat GB15………………………………………………….. 57
Isolat GB16………………………………………………….. 58
Isolat GB17………………………………………………….. 59
Isolat GB18………………………………………………….. 60
Isolat IGB1 ………………………………………………….. 61
Isolat IGB2 ………………………………………………….. 61
Isolat IGB3 ………………………………………………….. 62
Isolat IGB4 ………………………………………………….. 63
Isolat IGB5 ………………………………………………….. 63
Isolat IGB6 ………………………………………………….. 64
Isolat IGB7 ………………………………………………….. 65
Zona hambat isolat kapang endofit terhadap B.subtilis …….. 66
Zona hambat isolat kapang endofit terhadap S.aureus ….….. 66
Zona hambat isolat GB2 terhadap S.dysenteriae …………… 66
Zona hambat isolat GB2 terhadap S.typhimurium…...……… 67
Zona antagonis isolat bakteri endofit terhadap E.coli, S.aureus,
& S.dysenteriae ……………………………………………… 68
Gambar 4.37 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi kapang endofit …………………………………… 70
Gambar 4.38 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi bakteri endofit terhadap E.coli ………………..… 71
Gambar 4.39 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil

Gambar 2.1
Gambar 2.2
Gambar 4.1
Gambar 4.2
Gambar 4.3
Gambar 4.4
Gambar 4.5
Gambar 4.6
Gambar 4.7
Gambar 4.8
Gambar 4.9
Gambar 4.10
Gambar 4.11
Gambar 4.12
Gambar 4.13
Gambar 4.14
Gambar 4.15
Gambar 4.16
Gambar 4.17
Gambar 4.18
Gambar 4.19
Gambar 4.20
Gambar 4.21
Gambar 4.22
Gambar 4.23
Gambar 4.24
Gambar 4.25
Gambar 4.26
Gambar 4.27
Gambar 4.28
Gambar 4.29
Gambar 4.30
Gambar 4.31
Gambar 4.32
Gambar 4.33
Gambar 4.34
Gambar 4.35
Gambar 4.36

xiv

fermentasi bakteri endofit terhadap S.aureus ………………..
Gambar 4.40 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi bakteri endofit terhadap B.subtilis ……………….
Gambar 4.41 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi bakteri endofit terhadap S.dysenteriae …………...
Gambar 4.42 Zona hambat uji aktivitas antibakteri dari supernatan hasil
fermentasi bakteri endofit terhadap S.typhimurium…………..

xv

72
72
72
72

DAFTAR TABEL

Tabel 2.1
Tabel 2.2
Tabel 4.1
Tabel 4.2
Tabel 4.3
Tabel 4.4

Halaman
Beberapa ciri bakteri Gram positif dan Gram negatif ……….…. 9
Pewarnaan Gram ……………………………………………….. 13
Skrining Aktivitas Antibakteri dari Kapang Endofit ……….…... 67
Skrining Aktivitas Antibakteri dari Bakteri Endofit ………….… 68
Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi Kapang
Endofit ………………………………………………………….. 70
Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi Bakteri
Endofit ……………………………………………………….…. 71

xvi

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman
Hasil Determinasi Tanaman ……………………………….. 88
Bagan Sterilisasi Permukaan ……………………………….. 89
Bagan Isolasi Mikroba Endofit …………………………….. 89
Bagan Pemurnian Mikroba Endofit ………………………… 90
Bagan Karakterisasi Kapang Endofit ……………………… 91
Bagan Fermentasi Mikroba Endofit ………………………… 92
Bagan Uji Aktivitas Antibakteri dari Supernatan Hasil Fermentasi
mikroba endofit ………………………………………..…… 93
Lampiran 8 Hasil Isolasi Mikroba Endofit ……………………………… 93
Lampiran 9 Hasil Stock Culture Mikroba Endofit ……………………… 96
Lampiran 10 Hasil Fermentasi Mikroba Endofit ………………………… 96
Lampiran 11 Data Absorbansi Kurva Pertumbuhan Bakteri Uji …………. 97

Lampiran 1
Lampiran 2
Lampiran 3
Lampiran 4
Lampiran 5
Lampiran 6
Lampiran 7

xvii

DAFTAR ISTILAH

AM
ATCC
CaCO3
DNA
GB1
GB2
GB3
GB4
GB5
GB6
GB7
GB8
GB9
GB10
GB11
GB12
GB13
GB14
GB15
GB16
GB17
GB18
IGB1
IGB2
IGB3

: Antimikroba
: American Type Culture Collection
: Kalsium karbonat
: Deoxyribose-nucleic Acid
: Kode isolat kapang endofit pertama yang diisolasi dari daun yang
berada di tengah ranting
: Kode isolat kapang endofit kedua yang diisolasi dari daun yang
berada di tengah ranting
: Kode isolat kapang endofit ketiga yang diisolasi dari daun yang
berada di pangkal ranting
: Kode isolat kapang endofit keempat yang diisolasi dari daun yang
berada di tengah ranting
: Kode isolat kapang endofit kelima yang diisolasi dari daun yang
berada di dekat pucuk daun
: Kode isolat kapang endofit keenam yang diisolasi dari daun yang
berada di tengah ranting
: Kode isolat kapang endofit ketujuh yang diisolasi dari daun yang
berada di pangkal ranting
: Kode isolat kapang endofit kedelapan yang diisolasi dari pucuk
daun
: Kode isolat kapang endofit kesembilan yang diisolasi dari daun
yang berada di tengah ranting
: Kode isolat kapang endofit kesepuluh yang diisolasi dari daun
yang berada di tengah ranting
: Kode isolat kapang endofit kesebelas yang diisolasi dari daun
yang berada di tengah ranting
: Kode isolat kapang endofit keduabelas yang diisolasi dari daun
yang berada di tengah ranting
: Kode isolat kapang endofit ketigabelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
: Kode isolat kapang endofit keempatbelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
: Kode isolat kapang endofit kelimabelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
: Kode isolat kapang endofit keenambelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
: Kode isolat kapang endofit ketujuhbelas yang diisolasi dari daun
yang berada di pangkal ranting
: Kode isolat kapang endofit kedelapanbelas yang diisolasi dari
daun yang berada di pangkal ranting
: Kode isolat bakteri endofit pertama yang diisolasi dari pucuk daun
: Kode isolat bakteri endofit kedua yang diisolasi dari pucuk daun
: Kode isolat bakteri endofit ketiga yang diisolasi dari pucuk daun

xviii

IGB4
IGB5
IGB6
IGB7
IgM
KBM
KHM
LAFC
MBC
MIC
MHA
mRNA
NA
NaCl
NaOCl
NB
NRRL
OD
PABA
PAS
PDA
PDB
PDY
RNA
tRNA
UK
Y

: Kode isolat bakteri endofit keempat yang diisolasi dari daun
berada di dekat pucuk daun
: Kode isolat bakteri endofit kelima yang diisolasi dari daun
berada di dekat pucuk daun
: Kode isolat bakteri endofit keenam yang diisolasi dari daun
berada di dekat pucuk daun
: Kode isolat bakteri endofit ketujuh yang diisolasi dari daun
berada di dekat pucuk daun
: Immunoglobulin M
: Kadar Bunuh Minimum
: Kadar Hambat Minimum
: Laminar Air Flow Cabinet
: Minimum Bactericidal Concentration
: Minimum Inhibitory Concentration
: Mueller Hinton Agar
: messenger Ribonucleic Acid
: Nutrient Agar
: Natrium Klorida
: Natrium Hipoklorit
: Nutrient Broth
: Northern Regional Research Laboratory
: Optical Density
: Para Amino Benzoic Acid
: Asam p-aminosalisilat
: Potato Dextrose Agar
: Potato Dextrose Yeast
: Potato Dextrose Yeast
: Ribonucleid Acid
: transfer Ribonucleic Acid
: Ungu Kristal
: Lugol

xix

yang
yang
yang
yang

BAB I
PENDAHULUAN

1.1

Latar Belakang
Pencarian sumber senyawa bioaktif terus-menerus dilakukan seiring

dengan makin banyaknya penyakit-penyakit baru yang bermunculan, mulai dari
penyakit infeksi, kanker, dan beberapa penyakit berbahaya lainnya. Senyawa
bioaktif dapat diperoleh dari beberapa sumber, diantaranya dari tumbuhan, hewan,
mikroba dan organisme laut. Salah satu sumber senyawa bioaktif yang berasal
dari mikroba adalah mikroba endofit (Prihatiningtias, 2005).
Indonesia merupakan negara yang memiliki area hutan hujan tropis yang
luas. Hutan hujan tropis merupakan sumber tumbuh-tumbuhan yang mengandung
senyawa bioaktif yang potensial (Strobel, 2002). Mikroba endofit adalah mikroba
yang hidup di dalam jaringan tumbuhan pada periode tertentu dan mampu
membentuk koloni dalam jaringan tumbuhan tanpa membahayakan inangnya,
bahkan seringkali bersimbiosis secara mutualisme (Petrini et al., 1992; Tan &
Zou, 2001). Mikroba endofit dapat diisolasi dari jaringan akar, batang dan daun
(Strobel, 2003). Salah satu fakta yang menarik tentang mikroba endofit adalah
kemampuannya untuk memproduksi senyawa-senyawa bioaktif, baik yang sama
dengan inangnya ataupun tidak sama tetapi seringkali memiliki aktivitas biologis
yang serupa dengan senyawa bioaktif yang diproduksi inangnya (Strobel et al.,
1996; Tan & Zou, 2001; Castillo UF et al., 2002; Strobel, 2002).
Beberapa bakteri endofit mampu menghasilkan produk potensial antara
lain: bakteri endofit Bacillus polymixa hasil isolasi dari tanaman Anuma
(Artemisia annua) dapat memproduksi senyawa kimia antimalaria artemisinin di
dalam media cair sintetik (Simanjuntak et al., 2004). Streptomyces griseus dari
tanaman Kandelia candel menghasilkan asam p-aminoacetophenonic sebagai
antimikroba (Guan et al., 2005), Serratia marcescens dari tanaman Rhyncholacis
penicillata menghasilkan oocydin A sebagai antifungi (Strobel et al., 2004).
Kemampuan mikroba endofit memproduksi senyawa bioaktif merupakan
peluang yang sangat menantang dalam penyediaan bahan baku obat. Pembiakan
atau kultur mikroba endofit dapat dilakukan dalam jumlah yang sangat besar tanpa

1

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

2

memerlukan lahan yang luas sebagaimana halnya tumbuh-tumbuhan, demikian
pula waktu yang dibutuhkan sebelum panen pun lebih singkat. Penanganannya
pun relatif lebih mudah dan kemungkinan besar lebih murah dibandingkan
merawat kebun tumbuhan obat yang luas. Dengan demikian penggunaan mikroba
endofit sebagai sumber bahan baku obat secara ekonomis diperkirakan lebih
efisien dibandingkan dengan menggunakan tumbuhan obat (Sinaga et al., 2009).
Pemanfaatan mikroba endofit sebagai sumber bahan baku obat juga akan
mereduksi kerusakan alam yang disebabkan oleh penebangan tumbuhan obat
dalam jumlah besar. Apalagi sudah terbukti pula bahwa dalam satu tumbuhan
dapat diisolasi lebih dari satu bahkan puluhan jenis mikroba endofit yang masingmasing mempunyai potensi untuk memproduksi satu atau lebih senyawa bioaktif,
maka dapat dikatakan bahwa produksi bahan baku obat melalui kultur mikroba
endofit merupakan peluang yang sangat besar. Oleh sebab itu penelitian-penelitian
untuk mengeksplorasi keanekaragaman jenis serta kandungan zat bioaktif yang
diproduksi oleh mikroba endofit tersebut sangat perlu dilakukan (Sinaga et al.,
2009).
Salah satu keanekaragaman yang perlu dieksplorasi kandungan zat bioaktif
yang diproduksi oleh mikroba endofit yaitu berasal dari famili Clusiaceae, salah
satunya adalah dari genus Garcinia yang merupakan tumbuhan tropis. Di
Indonesia dikenal sebagai tanaman manggis-manggisan dan terdapat sekitar 100
spesies yang tersebar dan merupakan bagian penting dari komposisi hutan (Sosef
et al., 1998; Sari, 1999). Tanaman ini juga tumbuh di daerah subtropis, seperti di
Kepulauan Jepang, Korea dan sebagian wilayah dataran Cina (Ilyas et al., 1994;
Likhitwitayawuid et al., 1998).
Dari berbagai penelitian yang dilakukan pada beberapa spesies Garcinia
berhasil diisolasi senyawa-senyawa kelompok xanton, benzofenon, flavonoid, dan
triterpenoid (Verheij & Coronel, 1992; Likhitwitayawuid et al., 1998). Umumnya
senyawa-senyawa tersebut mempunyai aktivitas biologik dan farmakologik seperti
antiinflamasi, antimikroba, antifungi, dan antioksidan (Likhitwitayawuid et al.,
1998; Iinuma et al., 1998). Bagian tanaman yang berbeda dari Genus Garcinia
seperti buah, kulit buah, bunga, daun, kulit batang dan batang telah digunakan
secara global sebagai ethnomedicine untuk mengobati beberapa gangguan seperti

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

3

peradangan, stres oksidatif, infeksi mikroba, kanker, dan obesitas (Hemshekhar et
al., 2011).
Garcinia benthami Pierre merupakan salah satu spesies dari genus
Garcinia. Tumbuhan ini dapat ditemukan di Thailand, Malaysia, Singapura,
Filipina, dan Indonesia (Heyne K, 1987; Rachman, 2003). Di Indonesia tanaman
ini banyak terdapat di Sumatera, Jawa dan Kalimantan. Berdasarkan penelitian
sebelumnya ekstrak dari daun Garcinia benthami Pierre mengandung senyawa
alkaloid, flavonoid, steroid/terpenoid, tannin, kuinon, kumarin, dan saponin
(Amelia, 2011).
Oleh karena belum adanya informasi mengenai mikroba endofit dari
tanaman Garcinia benthami Pierre, maka penelitian ini merupakan penelitian
pendahuluan untuk mengisolasi mikroba endofit dari daun tanaman Garcinia
benthami Pierre dan menentukan aktivitas antibakterinya. Uji aktivitas antibakteri
tersebut dilakukan terhadap beberapa bakteri yang menyebabkan penyakit pada
manusia.

1.2

Rumusan Masalah
Dari uraian latar belakang menunjukkan bahwa mikroba endofit dapat

menghasilkan senyawa bioaktif yang dapat digunakan sebagai bahan baku obat.
Mikroba endofit dapat ditemukan di hampir setiap tanaman di bumi, salah satu
tanaman yang diduga memiliki mikroba endofit adalah Garcinia benthami Pierre.
Tanaman tersebut belum pernah dilakukan isolasi mikroba endofit dan diuji
aktivitasnya sebagai antibakteri terhadap Staphylococcus aureus, Bacillus Subtilis,
Escherichia coli, Shigella dysenteriae, dan Salmonella typhimurium.

1.3

Tujuan Penelitian

1.3.1

Tujuan Umum
Untuk mengeksplorasi antibakteri yang dihasilkan oleh mikroba endofit
yang diperoleh dari daun tanaman Garcinia benthami Pierre.

1.3.2

Tujuan Khusus
Untuk mengetahui aktivitas antibakteri dari mikroba endofit yang diisolasi
dari daun tanaman Garcinia benthami Pierre terhadap Staphylococcus

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

4

aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Shigella dysenteriae, dan
Salmonella typhimurium.

1.4

Manfaat Penelitian

1.4.1

Manfaat Teoritis
Hasil penelitian ini adalah memberikan sumbangan ilmu pengetahuan
terhadap ilmu mikrobiologi.

1.4.2

Manfaat Metodologis
Metodologi dalam penelitian ini dapat digunakan untuk mengeksplorasi
mikroba endofit dari berbagai tanaman yang ada di Indonesia.

1.4.3

Manfaat Aplikatif
Hasil penelitian ini dapat menjadi bahan informasi untuk para pembuat
kebijakan dan menambah perbendaharaan antibakteri.

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1

Mikroba Endofit
Mikroba endofit dapat ditemukan hampir di semua tanaman di muka bumi

ini, dan merupakan mikroba yang tumbuh di dalam jaringan tanaman. Mikroba
endofit dapat diisolasi dari akar, batang dan daun suatu tanaman. Bakteri dan
fungi adalah jenis mikroba yang umum ditemukan sebagai mikroba endofit, akan
tetapi yang banyak diisolasi adalah golongan fungi. Hubungan antara mikroba
endofit dan inangnya dapat berbentuk simbiosis mutualisme sampai hubungan
yang patogenik (Strobel, 2002).
Kemampuan mikroba endofit memproduksi senyawa metabolit sekunder
sesuai dengan tanaman inangnya merupakan peluang yang sangat besar dan dapat
diandalkan untuk memproduksi metabolit sekunder dari mikroba endofit yang
diisolasi dari tanaman inangnya tersebut. Kurang lebih 300.000 jenis tanaman
yang tersebar di muka bumi ini, masing-masing tanaman mengandung satu atau
lebih mikroba endofit yang terdiri dari bakteri dan fungi (Strobel & Daisy, 2003).
Apabila endofit yang diisolasi dari suatu tanaman obat dapat menghasilkan
alkaloid atau metabolit sekunder sama dengan tanaman aslinya atau bahkan dalam
jumlah yang lebih tinggi, maka kita tidak perlu menebang tanaman aslinya untuk
diambil sebagai simplisia, yang kemungkinan besar memerlukan puluhan tahun
untuk dapat dipanen (Radji, 2005).
Berbagai jenis endofit telah berhasil diisolasi dari tanaman inangnya, dan
telah berhasil dibiakkan dalam media kultivasi yang sesuai. Demikian pula
metabolit sekunder yang diproduksi oleh mikroba endofit tersebut telah berhasil
diisolasi dan dimurnikan serta telah dielusidasi struktur molekulnya (Radji, 2005).
Menurut Tan & Zou (2001), mikroba endofit memang dapat menghasilkan
senyawa bioaktif yang karakternya mirip atau sama dengan inangnya. Hal ini
disebabkan adanya pertukaran genetik yang terjadi antara inang dan mikroba
endofit secara evolusioner.

5

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

6

2.1.1

Mikroba Endofit yang Menghasilkan Antibiotika
Pestalotiopsis micrispora merupakan fungi endofit yang paling sering

ditemukan di tanaman hutan lindung di seluruh dunia. Endofit ini menghasilkan
metabolit sekunder ambuic acid yang berkhasiat sebagai antifungi (Li, JY et al.,
2001). Phomopsichalasin, merupakan metabolit yang diisolasi dari fungi endofit
Phomopsis spp. berkhasiat sebagai antibakteri Bacillus subtilis, Salmonella
enterica, Staphylococcus aureus, dan juga dapat menghambat pertumbuhan fungi
Candida tropicalis (Horn WS et al., 1995).
Antibiotika berspektrum luas yang disebut munumbicin, dihasilkan oleh
endofit Streptomyces spp. strain NRRL 30562 yang merupakan endofit yang
diisolasi dari tanaman Kennedia nigriscans, dapat menghambat pertumbuhan
Bacillus anthracis, dan Mycobacterium tuberculosis yang multiresisten terhadap
berbagai obat anti TBC (Castillo UF et al., 2002). Jenis endofit lainnya yang juga
menghasilkan antibiotika berspektrum luas adalah mikroba endofit yang diisolasi
dari tanaman Grevillea pteridifolia. Endofit ini menghasilkan metabolit
kakadumycin. Aktivitas antibakterinya sama seperti munumbicin D, dan
kakadumycin ini juga berkhasiat sebagai antimalaria (Castillo UJ et al., 2003).

2.1.2

Isolasi Fungi Endofit
Pada umumnya fungi endofit diisolasi dari organ tumbuhan yang masih

segar dan telah disterilisasi permukaannya (Agusta, 2009). Sterilisasi permukaan
ini bertujuan untuk menghilangkan mikroorganisme epifit yang berada di
permukaan tumbuhan, sehingga koloni yang diperoleh merupakan koloni endofit
yang berasal dari dalam jaringan tumbuhan (Larran et al., 2001). Untuk sterilisasi
permukaan organ tumbuhan tersebut yang umum digunakan adalah dengan cara
merendamnya dalam alkohol (70 – 95%) (Agusta, 2009). Alkohol bekerja dengan
cara merusak lapisan membran sel mikroorganisme. Alkohol dapat melarutkan
lipid dan mendenaturasi protein yang ada pada membran sel. Hal tersebut dapat
mengganggu fungsi membran sel dalam mengatur transportasi cairan ke dalam
dan keluar sel sehingga membuat sel mikroorganisme menjadi lisis (McDonnell &
Russell, 1999).

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

7

Akan tetapi, kemampuan alkohol untuk mensterilkan permukaan organ
tumbuhan tersebut mempunyai spektrum yang sempit atau sangat terbatas
sehingga perlu dikombinasikan dengan bahan kimia lainnya, dan biasanya sering
dikombinasikan dengan larutan natrium hipoklorit (NaOCl) (Agusta, 2009).
Natrium hipoklorit merupakan senyawa klorin. Senyawa klorin diketahui mampu
menghambat pertumbuhan sel mikroorganisme dengan cara mengganggu proses
oksidasi dari enzim-enzim penting sehingga fungsi metabolisme dari sel tersebut
terganggu dan sel mikroorganisme tidak dapat tumbuh (Valera et al., 2009).

2.2

Mikroba

2.2.1

Definisi
Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme hidup yang berukuran

sangat kecil dan hanya dapat diamati dengan menggunakan mikroskop.
Mikroorganisme ada yang tersusun atas satu sel (uniseluler) dan ada yang tersusun
atas beberapa sel (multiseluler). Walaupun mikroorganisme uniseluler hanya
tersusun atas satu sel, namun mikroorganisme tersebut menunjukkan semua
karakteristik

organisme

hidup,

yaitu

bermetabolisme,

bereproduksi,

berdiferensiasi, melakukan komunikasi, melakukan pergerakan, dan berevolusi
(Pratiwi, 2008).
2.2.2

Jenis
Organisme yang termasuk ke dalam golongan mikroorganisme adalah

bakteri, archaea, fungi (kapang dan khamir), protozoa, dan virus. Virus, bakteri,
dan archaea termasuk ke dalam golongan prokariot, sedangkan fungi dan
protozoa termasuk ke dalam golongan eukariot (Pratiwi, 2008).
2.2.2.1 Bakteri
Organisme prokariotik dikelompokkan menjadi dua kelompok besar, yaitu
eubakteri yang merupakan bakteri sejati dan archaea yang secara morfologi
serupa dengan eubakteri, namun memiliki perbedaan dalam hal ciri-ciri fisiologis.
Kelompok bakteri terdiri atas semua organisme prokariotik patogen dan
nonpatogen yang terdapat di daratan dan perairan, serta organisme prokariotik
yang bersifat fotoautotrof. Kelompok archaea meliputi organisme prokariotik

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

8

yang tidak memiliki peptidoglikan pada dinding selnya, dan umumnya hidup pada
lingkungan yang bersifat ekstrem (Pratiwi, 2008).

Gambar 2.1 Struktur Sel Bakteri
(Sumber: http://id.wikipedia.org/wiki/Struktur_sel_bakteri)
a. Morfologi Sel Bakteri
Ada beberapa bentuk dasar bakteri, yaitu bulat (tunggal: coccus, jamak:
cocci), batang atau silinder (tunggal: bacillus, jamak: bacilli), dan spiral yaitu
berbentuk batang melengkung atau melingkar-lingkar (Pratiwi, 2008).
Satuan ukuran bakteri ialah mikrometer (µm), yang setara dengan 1/1000
mm atau 10-3 mm. Bakteri yang paling umum berukuran kira-kira 0,5 – 1,0 x 2,0 –
5,0 µm (Pelczar, 1986).

b. Struktur Sel Bakteri (Pratiwi, 2008)
1) Struktur Eksternal Sel Bakteri


Glikokaliks (selubung gula) / Kapsul



Slime (lapisan lendir)



Flagela



Fimbria (jamak: fimbriae)



Pili (tunggal: pilus)



Dinding sel

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

9

Tabel 2.1. Beberapa ciri bakteri Gram positif dan Gram negatif (Pelczar, 1986)
Ciri

Perbedaan Relatif
Gram positif

Gram negatif

Tebal (15 – 80 nm)

Tipis (10 – 15 nm)

Berlapis tunggal (mono)

Berlapis tiga (multi)

Komposisi dinding

Kandungan lipid rendah

Kandungan lipid tinggi

sel

(1 – 4%)

(11 – 22%)

Peptidoglikan ada

Peptidoglikan ada di

sebagai lapisan tunggal;

dalam lapisan kaku

komponen utama

sebelah dalam;

merupakan lebih dari

jumlahnya sedikit,

50% berat kering pada

merupakan sekitar 10%

beberapa sel bakteri

berat kering

Asam teikoat

Tidak ada asam teikoat

Lebih rentan

Kurang rentan

Pertumbuhan

Pertumbuhan dihambat

Pertumbuhan tidak

dihambat oleh zat-zat

dengan nyata

begitu dihambat

Relatif rumit pada

Relatif sederhana

Struktur dinding sel

Kerentanan terhadap
penisilin

warna dasar,
misalnya kristal
violet
Persyaratan nutrisi

banyak spesies
Resistensi terhadap

Lebih resisten

Kurang resisten

gangguan fisik

2) Struktur Internal Sel Bakteri


Sitoplasma: substansi yang menempati ruangan sel bagian dalam. Di
dalam sitoplasma terdapat berbagai enzim, air (80%), protein,
karbohidrat, asam nukleat, dan lipid yang membentuk sistem koloid
yang secara optik bersifat homogen.

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

10



Membran plasma (inner membrane): struktur tipis yang terdapat di
sebelah dalam dinding sel dan menutup sitoplasma sel. Berfungsi
untuk memecah nutrien dan memproduksi energi.



Daerah inti (daerah nukleoid): mengandung kromosom bakteri.



Ribosom: berperan pada sintesis protein.



Badan inklusi: organel penyimpan nutrisi.



Endospora: struktur dengan dinding tebal dan lapisan tambahan pada
sel bakteri yang dibentuk di sebelah dalam membran sel. Berfungsi
sebagai pertahanan sel bakteri terhadap panas ekstrem, kondisi kurang
air, dan paparan bahan kimia serta radiasi.

2.2.2.2 Kapang
Kapang adalah organisme kemoheterotrof yang memerlukan senyawa
organik untuk nutrisinya (sumber karbon dan energi). Kapang merupakan fungi
yang berfilamen dan multiseluler. Identifikasi kapang didasarkan pada
kenampakan fisik (morfologi), termasuk karakteristik koloni dan spora reproduktif
(Pratiwi, 2008).
a. Morfologi Kapang
Tubuh kapang (thallus) dibedakan menjadi dua bagian yaitu miselium dan
spora. Miselium merupakan kumpulan beberapa filamen yang disebut hifa. Bagian
dari hifa yang berfungsi untuk mendapatkan nutrisi disebut hifa vegetatif.
Sedangkan bagian hifa yang berfungsi sebagai alat reproduksi disebut hifa
reproduktif atau hifa udara (aerial hypha), karena pemanjangannya mencapai
bagian atas permukaan media tempat fungi ditumbuhkan (Pratiwi, 2008).
Terdapat tiga macam morfologi hifa, yaitu (Pratiwi, 2008):
1. Aseptat (coenocytic hypha), yaitu hifa yang tidak memiliki dinding sekat
(septa).
2. Septat hifa (hifa bersekat) dengan sel-sel uninukleat. Septa membagi hifa
menjadi ruang-ruang yang berisi 1 inti, dan pada tiap sekat terdapat pori-pori
yang memungkinkan perpindahan inti dan sitoplasma dari satu ruang ke ruang
lainnya
3. Septa dengan ruang-ruang yang berisi lebih dari 1 inti (multinukleat).

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

11

b. Reproduksi Kapang
Kapang

bereproduksi

baik

secara

aseksual

dengan

pembelahan,

pembentukan tunas atau spora, maupun secara seksual dengan peleburan inti dari
kedua induknya. Pada pembelahan, sel akan membagi diri membentuk dua sel
yang sama besar, sedangkan pada pertunasan (budding), sel anak tumbuh dari
penonjolan kecil pada sel induk (Pratiwi, 2008).

c. Fisiologi Kapang
Kapang memerlukan kondisi kelembaban yang tinggi, persediaan bahan
organik, dan oksigen untuk pertumbuhannya. Lingkungan yang hangat dan
lembab mempercepat pertumbuhan kapang. Kapang tumbuh dengan baik pada
kondisi lingkungan yang mengandung banyak gula dengan tekanan osmotik tinggi
dan kondisi asam yang tidak menguntungkan bagi pertumbuhan bakteri. Hal ini
memungkinkan kapang dapat tumbuh pada selai atau acar (Pratiwi, 2008).
Kapang merupakan organisme aerob sejati. Kapang tumbuh dalam kisaran
temperatur yang luas, dengan temperatur optimal berkisar antara 22 – 30ºC.
Spesies kapang patogenik mempunyai temperatur pertumbuhan optimal lebih
tinggi, yaitu berkisar antara 30 – 37ºC. Beberapa kapang mampu hidup pada
temperatur 0ºC sehingga menyebabkan kerusakan produk yang disimpan pada
penyimpanan dingin (Pratiwi, 2008).
Kapang berbeda dengan bakteri dilihat dari kondisi lingkungan tempat
hidupnya dan karakteristik nutrisinya. Kapang tumbuh baik pada pH ±5 yang
terlalu asam bagi bakteri; lebih tahan terhadap tekanan osmotik sehingga dapat
tumbuh baik pada kadar garam atau kadar gula yang tinggi; dapat hidup pada
substansi dengan kondisi kelembaban sangat rendah; memerlukan lebih sedikit
nitrogen dibandingkan bakteri; dan dapat memetabolisme karbohidrat kompleks
seperti lignin sehingga dapat tumbuh pada substrat-substrat seperti dinding kamar
mandi, sepatu kulit, dan sampah kertas (Pratiwi, 2008).

2.2.3

Patologis
Sebagian kecil mikroorganisme bersifat patogen. Mikroorganisme alami

dalam tubuh kita disebut mikroorganisme normal atau flora normal. Meskipun

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

12

flora normal ini tidak patogen, namun dalam keadaan tertentu dapat bersifat
patogen dan menimbulkan penyakit infeksi. Contoh mikroorganisme patogen
adalah bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli O157:H7 yang
menyebabkan diare, Shigella dysenteriae yang menyebabkan disentri, khamir
Candida albicans yang menyebabkan keputihan, kapang Aspergillus flavus yang
menghasilkan aflatoksin yang dapat meracuni makanan, virus Ebola yang
menyebabkan penyakit Ebola, human immunodeficiency virus yang menyebabkan
penyakit AIDS, protozoa Toxoplasma gondii yang menyebabkan toksoplasmosis
dan sebagainya (Pratiwi, 2008).

2.3

Karakterisasi Mikroba

2.3.1

Karakterisasi Bakteri

2.3.1.1 Teknik Pewarnaan (Pelczar, 1986)
Banyak senyawa organik berwarna (zat pewarna) digunakan untuk
mewarnai mikroorganisme untuk pemeriksaan mikroskopis. Telah dikembangkan
prosedur-prosedur pewarnaan untuk:
1. Mengamati dengan lebih baik bentuk morfologi mikroorganisme secara
kasar.
2. Mengidentifikasi bagian-bagian struktural sel mikroorganisme.
3. Membantu mengidentifikasi dan/atau membedakan organisme yang
serupa.
Langkah-langkah utama dalam mempersiapkan spesimen mikroba yang
diwarnai untuk pemeriksaan mikroskopis ialah:
1. Penempatan olesan, atau lapisan tipis spesimen, pada kaca objek.
2. Fiksasi olesan itu pada kaca objek, biasanya dengan pemanasan,
menyebabkan mikroorganisme itu melekat pada kaca objek.
3. Aplikasi pewarna tunggal (pewarnaan sederhana) atau serangkaian larutan
pewarna atau reagen (pewarnaan diferensial).
Pewarnaan sederhana. Pemberian warna pada bakteri atau jasad-jasad
renik lain dengan menggunakan larutan tunggal suatu pewarna pada lapisan tipis,
atau olesan, yang sudah difiksasi, dinamakan pewarnaan sederhana.

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

13

Pewarnaan

diferensial.

Prosedur

pewarnaan

yang

menampilkan

perbedaan di antara sel-sel mikroba atau bagian-bagian sel mikroba. Dengan
teknik ini biasanya digunakan lebih dari satu larutan zat pewarna atau reagen
pewarnaan.
Pewarnaan Gram. Salah satu teknik pewarnaan diferensial yang paling
penting dan paling luas digunakan untuk bakteri ialah pewarnaan Gram. Dalam
proses ini olesan bakteri yang terfiksasi dikenai larutan-larutan berikut yaitu ungu
kristal, lugol, alkohol 96% (bahan pemucat), dan safranin atau beberapa pewarna
tandingan lain yang sesuai. Bakteri diwarnai dengan metode Gram ini dibagi
menjadi dua kelompok. Salah satu di antaranya, bakteri Gram positif,
mempertahankan zat pewarna ungu kristal dan karenanya tampak ungu tua.
Kelompok yang lain, bakteri Gram negatif, kehilangan ungu kristal ketika dicuci
dengan alkohol, dan sewaktu diberi pewarna tandingan dengan warna merah
safranin, tampak berwarna merah. Hal ini tampaknya disebabkan oleh perbedaan
dalam struktur kimiawi permukaannya. Langkah-langkah dalam prosedur serta
hasil-hasilnya pada setiap tahap dirangkumkan pada tabel 2.2 berikut.

Tabel 2.2 Pewarnaan Gram (Pelczar, 1986)
Larutan dan
No.
Urutan
Penggunaannya
1.
2.

Ungu Kristal
(UK)
Lugol (Y)

3.

Alkohol 96%

4.

Safranin

Reaksi dan Tampang Bakteri
Gram Positif

Gram Negatif

Sel berwarna ungu

Sel berwarna ungu

Kompleks UK-Y
terbentuk di dalam sel;
sel tetap berwarna ungu
Dinding sel mengalami
dehidrasi, pori-pori
menciut; daya rembes
dinding sel dan membran
menurun, kompleks UKY tak dapat ke luar dari
sel; sel tetap ungu
Sel tak terpengaruhi,
tetap ungu

Kompleks UK-Y
terbentuk di dalam sel;
sel tetap berwarna ungu
Lipid terekstraksi dari
dinding sel, pori-pori
mengembang, kompleks
UK-Y keluar dari sel; sel
menjadi tak berwarna

Sel menyerap zat
pewarna ini, menjadi
merah

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

14

2.3.2

Karakterisasi Kapang
Pengamatan morfologi secara makroskopis kapang dilakukan dengan

mengamati karakteristik koloni suatu biakan, antara lain meliputi: warna dan
struktur permukaan koloni; ada atau tidaknya tetes eksudat (exudate drops); dan
ada atau tidaknya lingkaran konsentris (zonasi). Pengamatan koloni dilakukan
sejak awal penanaman hingga beberapa waktu tertentu, dan segala macam
perubahan yang terjadi harus dicatat (Gandjar et al.,1999).
Pengamatan mikroskopis tersebut meliputi sekat hifa (bersekat atau tidak
bersekat), pertumbuhan hifa (bercabang atau tidak bercabang), warna hifa (hialin,
transparan atau gelap), ada tidaknya konidia, dan bentuk konidia (bulat, lonjong,
berantai, atau tidak beraturan). Pengamatan mikroskopis dilakukan pada
pengamatan hari terakhir (5-7 hari) dengan menggunakan mikroskop (Ariyono et
al., 2014).
2.4

Antimikro

Dokumen yang terkait

Pemeriksaan Cemaran Bakteri Escherichia coli Dan Staphylococcus aureus Pada Jamu Gendong Dari Beberapa Penjual Jamu Gendong

4 120 85

Uji Aktivitas Antibakteri Ekstrak Etanol Daun Ceplukan (Physalis minima L.) Terhadap Bakteri Shigella dysenteriae, Escherichia coli Dan Salmonella typhimurium

21 148 72

Isolasi, Seleksi, dan Uji Aktivitas Antibakteri dari Kapang Endofit Daun Parijoto (Medinilla speciosa Blume) Terhadap Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, dan Shigella dysenteriae

1 15 108

Uji Aktivitas Antimikroba Ekstrak Etanol dan Air Rimpang Pacing (Costus spiralis) terhadap Bakteri Escherichia coli, Shigella dysenteriae, Salmonella typhimurium, Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus serta Fungi Candida albicans

3 17 79

Isolasi, Seleksi, dan Uji Aktivitas Antimikroba Kapang Endofit dari Daun Tanaman Jamblang (Syzygium cumini L.) terhadap Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus, Candida albicans dan Aspergillus niger.

3 23 110

Isolasi Fraksi Aktif Antibakteri dari Daun Garcinia benthami Pierre

4 44 99

Isolasi, seleksi dan uji aktivitas antibakteri mikroba endofit dari daun tanaman garcinia benthami pierre terhadap staphylococcus aureus, bacillus subtilis, escherichia coli, shigella dysenteriae, dan salmonella typhimurium

1 55 0

Uji Aktivitas Antibakteri Isolat Kapang Endofit dari Daun Tanaman Paku Daun Kepala Tupai [Drynaria quercifolia (L.) J. Sm.] terhadap Escherichia coli, Salmonella typhi, Staphylococcus aureus dan Bacillus subtilis

0 21 99

Uji Aktivitas Antibakteri Isolat Kapang Endofit dari Daun Tanaman Paku Daun Kepala Tupai [Drynaria quercifolia (L.) J. Sm.] terhadap Escherichia coli, Salmonella typhi, Staphylococcus aureus dan Bacillus subtilis.

0 11 99

Uji Aktivitas Antibakteri Isolat Kapang Endofit dari Daun Tanaman Bakung Putih (Crinum asiaticum L) terhadap Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli dan Pseudomonas aeruginosa

2 33 101

Dokumen baru

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

119 3984 16

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

40 1057 43

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

40 945 23

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

21 632 24

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

28 790 23

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

60 1348 14

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

66 1253 50

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

20 825 17

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

32 1111 30

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

41 1350 23