Studi Keragaman DNA dengan Penanda RAPD dan ISSR

8 anggrek sangat bervariasi dan berfungsi untuk menarik serangga hingga pada bunga untuk mengadakan polinasi penyerbukan. Colum tugu yang terdapat pada bagian tengah bunga merupakan tempat alat reproduksi jantan dan alat reproduksi betina. Pada ujung columnya terdapat anter atau kepala sari yang merupakan gumpalan serbuk sari atau polinia. Polinia tertutup dengan sebuah cap anther cap. Stigma kepala putik terletak di bawah rostellum dan menghadap ke labellum. Ovarium bersatu dengan dasar bunga dan terletak di bawah colum, sepal, dan petal. Biji anggrek tidak mengandung endosperm. Oleh karena itu, perkecambahannya dilakukan menggunakan media kultur jaringan.Biji pada tanaman anggrek diperoleh melalui proses penyerbukan polinasi yang diikuti dengan pembuahan. Persilangan pada tanaman anggrek tidak bisa terjadi secara alami kecuali pada jenis anggrek tertentu, oleh karena anggrek memiliki struktur bunga yang khas dengan kepala putik yang terletak di dalam maka sulit terjangkau serangga. Penyerbukan alami dengan bantuan angin juga jarang terjadi. Salah satu cara adalah penyerbukan dengan bantuan manusia Andayani, 2007. Bentuk dan ukuran buah anggrek yang disebut dengan capsule sangat bervariasi, dari yang berukuran kecil seperti pada Dendrobium canaliculatum sampai berukuran besar pada Catlleya. Bentuk buah umumnya lonjong dengan sedikit variasi, ada yang bulat gemuk, dengan kulit buah licin, ada yang memiliki semacam rambut dan sebagainya Sutopo, 2009

2. Studi Keragaman DNA dengan Penanda RAPD dan ISSR

Karakterisasi genotipik adalah karakterisasi dengan memperhatikan susunan gen atau DNA yang merupakan ciri khas dari masing-masing spesies Jones et al., 1998. Karakterisasi bertujuan untuk mengetahui identitas satu spesies berdasarkan susuan gen atau DNA. Selain itu karakteristik genotipik juga didapatkan pengelompokan atau klaster. perpustakaan.uns.ac.id commit to user 9 Karakter genotipik dapat dilakukan secara sitologi dan molekuler Fatchiyah et al., 2011. Seiring berkembangnya teknologi ada beberapa teknik dan penanda untuk menganalisis hubungan kekerabatan dengan penanda molekuler. Penanda molekuler tersebut antara lain RAPD Random Amplified Polymorphic DNA, AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism, RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism, SSR Simple Sequence Repeat, ISSR InterSimple Sequence Repeat. RAPD adalah suatu metode yang dapat digunakan untuk mempelajari keragaman antar spesies, dalam satu spesies dan antar populasi. Profil konstruksi RAPD memiliki beberapa keunggulan, seperti kecepatan proses, biaya rendah dan penggunaan sejumlah kecil bahan tanaman antara lain pada tanaman Trichodesma indicum Verma et al., 2009. RAPD merupakan dasar dari metoda pendeteksian aksesi-aksesi anggrek yang dijadikan tetua maupun hasil persilangannya, misalnya untuk identifikasi kultivar Dendrobium, penanda RAPD mampu membedakan tetua dalam persilangan antar atau intra-sectional dan diperoleh hibrida Inthawong et al., 2006. Beberapa penelitian menggunakan teknik RAPD antara lain, keragaman genetik pada tanaman hias antara lain anggrek Doritis Katengam dan Padcharee, 2008, pada tanaman anggrek Aerides Sivanaswari et al., 2011, identifikasi analisis genetik pada anggrek Vanda Tanee et al., 2012, karakterisasi anggrek Phalaenopsis Niknejad et al., 2009, interspesifik hibridisasi Begonia Chen dan Mii, 2012, variasi genetik spesies Iris Azimi et al., 2012. Selain itu studi keragaman genetik pada tanaman pangan dan lainnya lainnya misalnya perbedaan genetik interspesifik dan analisis kekerabatan genus Jatropha Sudheer, 2009, evaluasi keragaman genetik Pisum sativum Gowhar et al., 2010 dan identifikasi keragaman genetik salak Jawa Nandariyah, 2007. Metode RAPD dapat menunjukkan perbedaan dari masing-masing jenis anggrek yang diidentifikasi. Hal ini dapat dilihat dengan adanya pola- pola keragaman anggrek Sulistianingsih et al., 2010; Parab dan Krishnan, 2008; Susantidiana et al., 2009. Tanaman anggrek merupakan tanaman perpustakaan.uns.ac.id commit to user 10 hias yang memiliki pola keragaman yang tinggi Maiti et al., 2009; Xue et al., 2010; Khosravi et al., 2009. Tanaman ketumbar Coriandrum sativum memiliki pola pita polimorfisme dengan persentase 43.24, Nisha et al., 2011 lebih tinggi dari Dacydium pierrei 33,3 dan Cathaya argrophylla 32 Wang et al., 2009. Marka ISSR dihasilkan oleh amplifikasi DNA dengan PCR yang menggunakan primer tunggal. Intersimple Sequence Repeats ISSR digunakan untuk membentuk hubungan kekerabatan Grevillea, tanaman asli Australia Pharmawati et al., 2004, penentuan kekerabatan strawberry Fragaria ananassa Duch yang diambil dari Fruit Breeding Departmen’s, Research Institute of Pomologi and Floriculture, Polandia Kuras et al., 2004, keragaman genetik gandum di Cina Barat Hou et al., 2005. Intersimple Sequence Repeats ISSR memiliki reproduksibilitas tinggi dari pada RAPD pada beberapa tanaman Guo et al., 2009, karena penggunaan primer yang lebih panjang 16-25 basa nukleotida dibandingkan primer RAPD 10 basa nukleotida, yang menggunakan suhu annealing yang tinggi 45-60 C. Intersimple Sequence Repeats ISSR kebanyakan tersegregasi sebagai marka yang dominan mengikuti penurunan Hukum Mendel Astarini, 2009. Penanda bersifat dominan, yaitu tidak dapat membedakan individu yang homozigot dan heterozigot, sedangkan penanda kodominan dapat membedakan individu yang homozigot dan heterozigot. Sampai saat ini informasi mengenai keragaman genetik hasil persilangan tanaman anggrek yang dapat digunakan untuk perbaikan karakter belum banyak tersedia.

3. Persilangan Anggrek