BAB III METODE PENELITIAN
3.1. Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilaksanakan dari bulan Februari-Desember 2008 di Laboratorium CBRG Carbohydrate and Bioengineering Research Group Pusat
Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia LIPI, Cibinong, Bogor, Jawa Barat.
3.2. Bahan dan Alat
3.2.1. Bahan Media MRS Broth oxoid sebagai media tumbuh L.pentosus, Media LB
Luria Bertani sebagai media tumbuh E.coli DH5 , L.pentosus sebagai bakteri sumber gen xylA wild type, National Institute of Technology and Evaluation
Biological Resource Center, NITE-BRC, Jepang . E.coli DH5 sebagai bakteri inang dalam kloning, Lisozim, Buffer TE Tris-EDTA, Genomic DNA
Purification Kit Fermentas, EtOH 70 dan 100, Enzim RNAse, Kertas
Parafilm, Agarose Gel 1, Buffer TBE 1x, buffer loading dye, EtBr Ethidium Bromide
, Primer
forward 5’GGATCCTATGACGAATGAGTATTGGCAAGG3’ dan primer reverse
5’TCTCGAGCTTGCTTAACGTCTC3’ Eurogentec AIT,
PCR Kits
Fermentas, Gene Ruler 1kb DNA Ladder Fermentas, EZ-10 Spin Column Products Purification Kit
BIO BASIC INC, T4 DNA ligase Fermentas, Larutan B 50 mM CaCl
2
dan 10 mM Tris-HCl pH 8, Ampisilin 50µ gml,
20
IPTG Isopropyl- -D-thiogalactopyranoside 100mM Fermentas, X-Gal 5 bromo-4 kloro-3 indolil- -D-galaktopiranosid Solution 50µ gµ l Fermentas,
Larutan I 1 M Tris-HCl pH 8; 0,5 M EDTA pH 8;1 M glukosa, Larutuan II NaOH 10 N; SDS 10; dalam aquades, dan Larutan III 5 M kalium asetat;
asam asetat glasial dalam aquades yang akan digunakan dalam proses isolasi plasmid, Enzim Restriksi EcoRI Fermentas yang akan digunakan dalam proses
digesti, Plasmid pGEM-T Easy vector system Promega yang akan digunakan dalam kloning.
3.2.2. Alat Software
Bioinformatika Genamics Expression, DNA Calculator, BioEdit versi 7.04 dan Software FastPCR in silico, Genebank NCBI National Center for
Biotechnology Information , Erlenmeyer 100ml dan 250ml Pyrex, Gelas Ukur
50ml dan 100ml Pyrex, Spatula, Timbangan Analitik Precisa 310M, Hot Plate Thermolyne, Cawan Petri, Tabung Reaksi Pyrex, Autoklaf All American,
Jarum Ose, Spreader, Bunsen Burner, Laminar Air Flow ESCO, Mikropipet ukuran 10 l, 100 l, 200 l, 1000 l dan 5000 l Gilson Pipetman, Tip Mikropipet
ukuran 10 l, 200 l, dan 1000 l Axygen, Tabung eppendorf ukuran 250 l dan 1500 l Axygen, Waterbath, Sentrifuge Biofuge Fresco, Vortex Fisons, Timer
Force, Oven 37ºC dan 150ºC Heraeus Instrument, Perkin Elmer GeneAmp® PCR System
, Magnetic Stirer, Inkubator Shaker New Brunswick Scientific, Vacum Dry
Savant, Lemari Es 4ºC Hitachi dan -20ºC Jouan, Perangkat
Elektroforesis Mupid eXu, kamera digital Canon PowerShot A470, Ruang asam.
21
3.3. Prosedur Kerja
Kategori