1. Ukuran molekul DNA. Migrasi molekul DNA yang berukuran besar, akan lebih lambat bermigrasi dibandingkan molekul DNA yang berukuran kecil.
2. Konsentrasi agarosa. Migrasi molekul DNA pada gel berkosentrasi rendah lebih cepat daripada migrasi molekul DNA yang sama pada gel berkonsentrasi
tinggi. Oleh karena itu, penentuan konsentrasi agarosa dalam membuat gel harus memperhatikan ukuran molekul DNA yang akan dianalisis.
3. Voltase yang digunakan. Pemisahan molekul DNA di dalam gel akan
menurun jika pada waktu pengukuran menggunakan voltase yang terlalu tinggi.
4. Adanya etidium bromida di dalam gel. Ini mengakibatkan pengurangan tingkat kecepatan migrasi molekul DNA sebesar 15. Larutan ini sangat
berbahaya dan bersifat karsinogenik. 5. Komposisi larutan buffer. Apabila tidak ada kekuatan ion di dalam larutan,
maka aliran listrik akan sangat minimal dan migrasi DNA sangat lambat, sedangkan larutan buffer berkekuatan ion tinggi akan meningkatkan panas
sehingga aliran listrik menjadi sangat maksimal. Ada kemungkinan gel akan meleleh dan DNA dapat mengalami denaturasi.
2.5. Enzim Xilosa Isomerase XI
Xilosa isomerase merupakan kelompok enzim isomerase golongan V, yang termasuk kelas ini adalah semua enzim yang mengkatalisis interkonversi
isomer-isomer optik, geometrik, atau posisi. Enzim ini bekerja pada reaksi intramolekuler Poedjiadi, 1994.
Enzim xilosa isomerase disandikan oleh gen xylA dan berperan dalam mengkatalisis isomerisasi D-xilosa menjadi D-xilulosa atau sebaliknya. Enzim ini
14
juga dapat mengkatalisa glukosa menjadi fruktosa, sehingga dikenal juga sebagai enzim glukosa isomerase.
Setiap enzim mempunyai nomor kode sistemik Enzyme Commission, EC. Xilosa isomerase mempunyai kode EC 5.3.1.5. Nomor ini menunjukan jenis
reaksi sebagai kelas digit pertama, sub-kelas digit kedua, sub-kelas digit ketiga, dan digit keempat adalah untuk nama enzim tertentu. Di samping
menggunakan xilosa dan glukosa, enzim ini juga dapat menggunakan L- rhamnosa, L-arabinosa, D-ribosa, atau D-allosa sebagai substrat Rahmawati,
2003. Enzim ini merupakan homotetramer dengan berat molekul 200,000 kDa
dan bersifat sangat termostabil dengan aktivitas optimal hingga diatas 95°C Vieille et al, 1995. Xilosa isomerase menunjukkan aktivitas maksimum pada pH
7.1 dan menggunakan ion Mg
2+
sebagai kofaktornya. Enzim ini dapat diisolasi dari bakteri hipertermofilik, yaitu mikroba yang dapat tumbuh optimum pada
temperatur di atas 80°C Vieille et al, 1995. Enzim xilosa isomerase secara umum dikenal aman dan telah digunakan
secara luas pada industri tepung dan proses makanan tertentu. Pada industri pemanis buatan, xylosa isomerase digunakan sebagai katalis dalam proses
pembuatan sirup fruktosa High Fructose Corn Syrup, HFCS karena sifatnya yang termostabil, enzim ini akan sangat membantu dalam proses pemecahan pati
starch menjadi oligomer lalu menjadi glukosa atau fruktosa.Dalam skala industri, sirup fruktosa dibuat dari glukosa yang diperoleh dari pati jagung,
gandum, beras, kentang, dan umbi–umbian melalui proses isomerasi menggunakan enzim tersebut. Sirup fruktosa memiliki tingkat kemanisan 2,5 kali
15
lebih besar dibandingkan dengan sirup glukosa dan 1,4–1,8 kali lebih tinggi dibandingkan dengan gula sukrosa. Sirup fruktosa mempunyai kelebihan
dibanding gula pasir sukrosa yaitu sebagai pemanis rendah kalori, indek glutemik jauh lebih rendah yaitu tidak meningkatkan gula darah dalam tubuh dan
di metabolisme tanpa membutuhkan insulin, sehingga sangat baik untuk penderita diabetes, Oleh sebab itu sirup fruktosa dapat digunakan untuk pemanis penderita
diabetes. Berdasarkan keunggulan sirup fruktosa ini maka pemanfaatan fruktosa tidak hanya untuk penderita diabetes tetapi juga digunakan untuk produk
minuman ringan soft drink, sirup, jelly, jam, coctail, dan sebagainya Richana, 2005.
Selain manfaat di atas, baik D- xilulosa yang dihasilkan dari D-xilosa juga dapat dikonversi menjadi xilitol dengan bantuan enzim xilitol dehidrogenase.
Gula xilitol merupakan gula poliol dengan 5 rantai karbon, yang sangat baik untuk kesehatan. Xilitol dapat digunakan sendiri atau dikombinasikan dengan pemanis
nonkariogenik untuk membuat produk-produk seperti permen karet, chewing gum, dan lain-lain. Di samping itu xilitol saat ini banyak digunakan untuk pasta gigi
karena dapat menguatkan gusi. Selain xilitol, contoh lain dari rare sugar adalah D-lixosa, yang diketahui berpotensi sebagai bahan produksi obat antitumor dan
agen imunostimulatori untuk terapi kanker Morita et al, 1996.
2.6. Mikrobiologi Industri
