PCA Principal Component Analysis Contoh Penggunaan Fuzzy C-Means

Tabel 2.1 : Nilai normal pemeriksaan laboratorium Parameter Biokimia Hati Rentang Nilai Normal AST SGOT ≥ 37 UL Pria | ≥ 31 UL wanita ALT SGPT ≥ 42 UL Pria | ≥ 32 UL wanita HBsAg NEGATIF : 1,0 SCO atau 1,0 COI ECLIA Anti HAV NEGATIF : 1,0 COI POSITIF : = 1,0 COI EIA Anti HCV NEGATIF : 1,0 SCO atau 1,0 COI EIA Tabel 2.2 : Kegunaan Pemeriksaan Laboratorium Jenis Pemeriksaan Kegunaan SGOT Untuk mengetahui fungsi hati , membantu mendiagnosis kelainan hati SPGT Untuk mengetahui fungsi hati, membantu mendiagnosis kelainan hati HBsAg Untuk mengetahui adanya infeksi virus Hepatitis B. Jika HBsAg positif maka terinfeksi virus hepatitis B. Jika HBsAg positif selama lebih dari 6 bulan, berarti pasien menderita Hepatitis B kronis dan disarankan untuk rutin memeriksakan fungsi hati SGOT, SGPT, Protein Total, Albumin, AFP paling tidak 6 bulan – 1 tahun sekali Anti HAV IgM Anti HAV Untuk mengetahui adanya antibody terhadap virus Hepatitis A Anti HCV Untuk mengetahui adanya antibody terhadap virus Hepatitis C. Anti HCV positif berarti pasien menderita Hepatitis C.

2.8.1 Penyebab Hepatitis

Penyebab hepatitis sendiri sangat banyak,misalnya hepatitis akibat virus, bahan kimia, obat – obatan, alkohol, dan lain – lain. Pada saat ini penyakit hepatitis yang sering menjadi masalah adalah hepatitis virus, terutama akibat virus hepatitis B dan C sebab kedua jenis hepatitis ini sering menimbulkan hepatitis kronis yang dapat berakhir menjadi sironishati dan kanker hati Cahyono,2008.

2.8.2 Jenis dan Gejala Hepatitis

Menurut Cahyono 2008, perbedaan dari setiap jenis hepatitis dapat dilihat pada tabel 2 dibawah ini : Tabel 2.3 : Jenis Hepatitis Sifat Virus Hepatitis A Virus Hepatitis B Virus Hepatitis C Virus Hepatitis D Virus Hepatitis E Masa Tunas 15 – 45 hari 40 – 80 hari 5 – 12 minggu 4 – 20 minggu 15 – 40 hari Penularan Mulut Peroral Darah Parental Darah Parental Darah Parental Oral Peroral Cronisitas Tidak Ya Ya Ya Tidak Carrier Kronik Tidak Ya Ya Ya Tidak Penyebab Picorna Virus HepadnaVirus Flavi Virus DefectiveVirus diliputi HBsAg Calici Virus Pada fase awal hepatitis, penderita belum merasakan gejala yang spesifik. Keluhan yang dirasakan antara lain mual, muntah, tidak nafsu makan, badan terasa lemas, dan mudah lelah. Kelelahan adalah keluhan yang paling sering terjadi pada penderita hepatitis. Hepatitis A merupakan jenis hepatitis yang paling ringan. Hal ini disebabkan infeksi virus hepatitis A VHA umumnya tidak sampai menyebabkan kerusakan jaringan hati Wening, 2008. Mereka yang terinfeksi virus ini dapat pulih sepenuhnya. Hepatitis A ini menular melalui makanan atau minuman yang telah terkontaminasi oleh virus VHA. Hepatitis B merupakan jenis hepatitis yang paling berbahaya.Penyakit ini lebih sering menular dibandingkan dengan jenis hepatitis lainnya. Hepatitis B menular melalui kontak darah atau cairan tubuh yang mengandung virus hepatitis B VHB maupun material lain yang terinfeksi, seperti jarum suntik, alat bedah, jarum akupuntur, dan alat – alat yang dapat menimbulkan luka lecet milik individu yang terinfeksi .Hepatitis B kronis memberikan gejala yang lebih serius yaitu mudah lelah, cemas, tidak nafsu makan, mual, muntah dan merasa lemas.Hepatitis B kronis dapat membuat penumpukan cairan dalam rongga perut sehingga perut terlihat membuncit.Seseorang dapat mengidap virus ini tetapi tidak disertai dengan gejala klinik atau tidak tampak adanya kelainan atau gangguan kesehatan. Orang tersebut merupakan pembawa atau biasa disebut carrier. Carrier dapat terjadi karena individu tersebut memiliki pertahanan tubuh yang baik atau karena virus VHB mengalami perubahan sifat yang tidak aktif Wening, 2008.Virus yang tidak aktif ini akan membuat pertahanan tubuh tidak dapat mengenalinya sebagai “musuh” sehingga sistem imun tidak mengadakan perlawanan, suatu saat ketika pertahanan tubuh dalam kondisi lemah maka virus akan aktif dan akan muncul gejala hepatitis. Carrier jumlahnya relatif banyak dan berpotensi menularkan. Hepatitis C juga menyebabkan peradangan hati yang cukup berat. Hepatitis C menular melalui darah, biasanya karena transfusi atau jarum suntik yang terkontaminasi virus hepatitis C VHC.Pada penderita hepatitis C keluhan yang dirasakan adalah merasalemas, mual, muntah, hilang nafsu makan, demam, mual, dan nyeri ulu hati. Sebagian dari penderita mengeluh bahwa urin berwarna gelap, feses berwarna putih, serta kulit, kuku dan bola mata bagian putih berwarna kuning. Jika diraba, perut bagian atas kanan membesar karena terjadi pembesaran hati maupun terasa adanya tegangan didaerah hati.

2.8 Contoh Penggunaan Fuzzy C-Means

Terdapat data gejala yang telah dirubah kedalam bentuk biner Pegal NyeriSendi Normal Linu-linu 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 Data tersebut akan dibagi dalam tiga kelompok. Pertama tentukan : banyaknya cluster c 3 Pembobot w 2 maksimum iterasi maxiter 5 error e 0.01 fungsi objektif P0 Iterasi awal iter 1 Kemudian bentuk matriks partisi U ik dengan i=banyaknya data dan k=banyaknya cluster. i k1 k2 k3 1 0.440986528 0.490279156 0.069 2 0.555826368 0.384816328 0.059 3 0.156206358 0.306739378 0.537 4 0.460986631 0.075301468 0.464 5 0.426768818 0.216412813 0.357 6 0.095909122 0.285092664 0.619 7 0.32906622 0.398552921 0.272 8 0.019634378 0.466853598 0.514 9 0.311402432 0.347649768 0.341 10 0.321789912 0.537765533 0.14 11 0.695747687 0.031368532 0.273 12 0.047758847 0.100471348 0.852 Langkah selanjutnya adalah menghitung pusat kluster V ij dan didapat hasil : vij 1 2 3 4 5 6 7 1 0.00532574 0.001543791 0.712869 0.280262 0.934722 0 0.161594 2 0.05747037 0.161248551 0.780585 0.000696 0.738046 0 0.118575 3 0.1668799 0.430836171 0.369851 0.032433 0.824529 0 0.106082 8 9 10 11 12 13 14 15 16 0.883904 0.48318 0.933401 0.336406 0.756065 0.123037 0.1054 0.001321 0.710058 0.647889 0.730909 0.086154 0.889208 0.004009 0.0331 0.007138 0.94078 0.484568 0.508542 0.083062 0.409287 0.093653 0.0555 0.315987 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 0.014127 0.644569 0.355431 0.752799 0.638885 0.412827 0.059952236 0.805538 0.066529 0.57227 0.42773 0.740745 0.563643 0.650965 0.204483286 0.369964 0.125621 0.608367 0.391633 0.656525 0.33848 0.522367 0.008590829 0.35201 Lalu hitung fungsi objektif pada iterasi ke-i Pk1 0.425421188 0.400981585 0.097718459 0.878426136 0.739858999 0.050045697 0.314062712 0.00157452 0.449803355 0.569634953 1.205474338 0.013652833 pk2 0.569272 0.332846 0.341193 0.024486 0.206732 0.377365 0.31748 0.700377 0.520319 0.965603 0.004561 0.056323 pk3 p kluster 0.015653 1.010346315 0.011176 0.745003756 1.127077 1.565988973 0.905885 1.808796982 0.647684 1.594275499 1.617009 2.044419013 0.211604 0.843146995 0.82873 1.530682167 0.618954 1.589076395 0.106368 1.641606159 0.34855 1.558585765 1.911485 1.981460854 total 17.91338887 Kemudian setelah fungsi objektif diperoleh, yang dilakukan adalah memperbaiki derajat keanggotaan dan diperoleh derajatkeanggotaan yang baru sebagai berikut : K1 K2 K3 1 0.28 0.30 0.42 2 0.19 0.33 0.47 3 0.35 0.31 0.34 4 0.33 0.34 0.33 5 0.30 0.33 0.38 6 0.38 0.32 0.30 7 0.37 0.26 0.37 8 0.39 0.31 0.30 9 0.33 0.30 0.37 10 0.39 0.23 0.38 11 0.21 0.39 0.40 12 0.42 0.39 0.19 Setelah dibentuk derajat keanggotaan yang baru kemudian cek kondisi berhenti apakah |Pi-Pi-1 |e atau tMaxIter ? Jika tidak: t=t+1, ulangi langkah dari menghitung pusat kluster. Setelah mengalami 6 kali iterasi maka diperoleh fungsi objektif sebagai berikut : Iterasi Fungsi Objektif 1 17.91338887 2 14.52300538 3 14.261227 4 14.23399458 5 14.22633765 6 14.22406823 Dan derajat keanggotaan yang diperoleh pada iterasi keenam adalah : K1 K2 K3 0.35 0.33 0.32 0.35 0.32 0.33 0.35 0.33 0.32 0.33 0.34 0.33 0.34 0.33 0.32 0.32 0.34 0.34 0.31 0.35 0.34 0.34 0.33 0.33 0.32 0.34 0.34 0.32 0.34 0.34 0.34 0.33 0.33 0.33 0.33 0.34 dari matriks derajat keanggotaan diatas maka dapat disimpulkan pengelompokkan data setelah iterasi keenam : K1 K2 K3 X X X X X X X X X X X X X X Setelah data dikelompokkan dengan menggunakan Fuzzy C-Means maka hasil pengelompokkan tersebut dihitung dengan menggunkana confusion matrix sebagai berikut Hepatitis\Kelompok a b c K1 3 2 1 K2 1 2 2 K3 3 BAB III ANALISIS dan DESAIN SISTEM Bab ini berisi tentang desain dan analisis sistem meliputi perancangan antarmuka, flowchartdan usecase.

3.1 Data

Penyakit hepatitis merupakan penyakit peradangan hati. Terdapat beberapa jenis hepatitis yaitu hepatitis A, B, C, D, E. Hepatitis tipe A dan E masih dapat untuk di sembuhkan, namun untuk hepatitis tipe B dan C biasanya menjadi penyakit yang kronis.Dalam penelitian ini penyakit hepatitis yang akan digunakan adalah hepatitis A, B, dan C karena tipe tersebut yang paling banyak ditemui dibandingkan dengan tipe yang lainnya. Rumah sakit Panti Rapih Yogyakarta merupakan sebuah rumah sakit besar yang setiap harinya didatangi pasien hepatitis untuk berobat. Data yang didapat dari Rumah sakit Panti Rapih merupakan data set yang bertipe record, berupa data hasil laboratorium dan data dari hasil pemeriksaan dari dokteranamnesis.Semua keterangan tentang status data pasien tersebut dikumpulkan dan didokumentasikan oleh pihak rekam medis. Data anamnesis yang didapat sebanyak 130 data yang merupakan data pasien penyakit hepatitis tahun 2000 hingga 2010 yang diambil tanggal 10 Januari 2011 oleh Estu Karunianingtyas. Dari data anamnesis didapat lima gejala yaitu gejala otot, gejala perut, gejala kulit, gejala mata, dan gejala mirip flu. Masing –masing gejala tersebut memiliki beberapa sub gejala. Data laboratorium yang didapat sebanyak 66 data pasien hepatitis A, 48 pasien hepatitis B, dan 30 pasien hepatitis C. Dari data laboratorium didapat lima gejala yaitu SGPT, SGOT, antiHAV, HbsAg, dan antiHCV. Gejala otot memiliki sub gejala pegal dan nyeri sendi. Gejala perut memiliki sub gejala muntah, diare, kencing berwarna gelap, nafsu makan berkurang, mual,nyeri perut sebelah kanan, Illeus obstructive,Haemotomesis. Gejala kulit memiliki sub gejala kulit berwarna kuning dan kulit berwarna normal. Gejala mata memiliki subgejala mata berwarna kuning dan mata berwarna normal. Gejala mirip flu memiliki sub gejala demam, lesu, pusing, mialgia, lelah, dan menggigil. Data anamnesispasien yang telah didapat dilakukan binerisasi yaitu konversi sub gejala menjadi 0 atau 1 dengan ketentuan 0 jika pasien tidak mengalami gejala tersebut dan 1 jika pasien mengalami gejala tersebut.

3.2 Gambaran Umum Sistem

Sistem ini digunakan untuk melakukan pengelompokkan jenis penyakit hepatitis berdasarkan dengan gejala anamnesis dan gejala laboratorium dengan menggunakan metode Fuzzy C-Means.Sistem ini juga digunakan untuk menghitung keakuratan dari metode Fuzzy C-Means dalam mengelompokkan penyakit hepatitis.Pengelompokkan dilakukan untuk memberikaninformasi mengenai anggota masing-masing clusterkelompok. Flowchartsistem pengelompokkan penyakit hepatitis sebagai berikut : 1. User memasukkan data yang akan diproses 2. Usermenginputkan inisialisasi awal berupa bobot, maksimum iterasi, nilai error minimal, iterasi awal, dan fungsi objektif awal. 3. Proses pengelompokkan data dengan FCM dan perhitungan akurasi 4. Output berupa hasil clustering dan besar nilai akurasi. Gambar 3.1: Flowchart Sistem

3.3 Use Case Diagram

Diagram use case digunakan untuk menggambarkan interaksi antara pengguna dengan sistem. Pada system ini yang menjadi actor adalahuser. User dapat memilih data yang akan dikelompokkan dan dapat melakukan pengelompokkan data. Fungsi yang dapat dijalankan oleh pengguna sistem ini adalah fungsi memasukkan data dalam bentuk file .csv. Fungsi berikutnya adalah fungsi memasukkan data inisialisasi awal.Fungsi terakhir yaitu fungsi mengelompokkan data dengan metode FCM. Diagram use case dari sistem pengelompokkan penyakit hepatitis dengan menggunakan metode Fuzzy C-Means ini dapat dilihat pada gambar 3.2 di bawah ini Gambar 3.2 : Use Case Diagram 3.4 Perancangan Antarmuka Gambar 3.3 : Perancangan Antarmuka Cari data rekam medis Proses Pengelompokkan dengan metode FCM input inisialisasi awal User