Biota karang, khususnya di wilayah Indo-Pasifik terdiri atas 2 kelas dan sub- kelas, 5 ordo dan sub-ordo, dan 21 famili. Sampai saat ini, jumlah jenis karang dari
Ordo Scleractinia hampir 800 jenis yang telah dideskripsikan. Sebanyak 600 jenis berada di Asia Tenggara khususnya di Indonesia dan Philipina Burke et al, 2002.
Dengan pertimbangan bahwa luas kawasannya sebesar 34 dari total terumbu karang dunia, sekitar 51 merupakan kawasan terumbu karang Indonesia. Berdasarkan
fakta ini, maka secara biogeografi kawasan ini dinyatakan sebagai center of origin karang di dunia Veron, 1993.
2.2 Ikan karang
2.2.1 Kelimpahan ikan
karang
Salah satu organisme yang berperan penting di ekosistem terumbu karang adalah ikan karang, baik dalam hal Keanekaragaman maupun morfologinya Syms,
1998. Organisme ini dapat ditemukan di terumbu karang sampai pada kedalaman 100m, walaupun mungkin juga terdapat di dalam habitat yang lainnya Lieske dan
Myers, 1994. Beberapa jenis ikan non-karang juga ditemukan, akan tetapi memiliki distribusi yang luas, berasosiasi dengan substrat yang kasar, dan beberapa ikan karang
terutama berasosiasi dengan habitat tepian, seperti gosong, laguna, dan mangrove. Diantara 4000 jenis ikan di perairan Indo-Pasifik, 18 hidup di ekosistem terumbu
karang Veron, 1993. Berdasarkan penelitian-penelitian ikan karang, para ahli menemukan bahwa
ikan karang di perairan Indonesia memiliki kelimpahan dan keanekaragaman jenis yang tinggi, bahkan diduga sebagai yang tertinggi di dunia. Menurut Allen dan
Adrim 2003 secara keseluruhan jumlah jenis ikan karang yang ada di Indonesia sekitar 2057 jenis dalam 113 famili atau sekitar 39 dari jumlah ikan yang ada di
dunia. Sebagai contoh, di perairan Taman Nasional Raja Ampat ditemukan 828 jenis, dari 972 jenis di perairan Papua, bahkan diperkirakan jumlah total jenis di Papua
mencapai 1084 jenis Allen, 2002. Menurut Dwiponggo 1990, potensi ikan karang Indonesia cukup besar, yaitu 30 – 50 juta ekor per tahun. Beberapa kelompok ikan
yang paling sering terlihat di terumbu karang, adalah: 1 Sub-ordo Labroide, famili: Labridae ikan cina-cina, Scaridae ikan kakak tua, Pomacentridae ikan betok; 2
Sub-ordo Acanthuroidei, famili: Acanthuridae butanasurgeon fish, Siganidae beronang, dan Zanclidae Moorish idol; 3 Sub-ordo Chaetodontoidei, famili:
Chaetodontidae kepe-kepebutterfly fish, Pomacantidae kambing-kambingangel fish; 4 Famili Blennidae dan Gobiidae yang bersifat demersal dan menetap; 5
Famili Apogonidae ikan beseng, nokturnal, memangsa avertebrata terumbu dan ikan kecil; 6 Famili Ostraciidae, Tetraodontidae, dan Balistide ikan pakol yang
menyolok dalam bentuk dan warnanya; dan 7 pemangsa dan pemakan ikan Piscivorous yang besar jumlahnya dan bernilai ekonomis tinggi, meliputi famili:
Serranidae kerapu, Lutjanidae kakap, Lethrinidae lencam, dan Holocentridae suanggi.
2.2.2 Karakteritik ikan