BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1. Analisis Kualitatif dan Kuantitatif Pita Hasil Isolasi DNA Tanaman Markisa
Hasil isolasi DNA genom dari 31 sampel markisa dielektroforesis pada gel agarose 0,8. Uji ini dilakukan untuk mengetahui kualitas pita DNA yang
diperoleh sehingga dapat digunakan untuk proses PCR. Hasil elektroforesis DNA genom menunjukkan adanya satu pita utuh pada setiap sumur gel.
M 1
2 3
4 5
6 7
8 9
10 11
12 13
14 15
M 16
17 18
19 20
21 2 2
23 24
25 26
27 28
29 30
31
Gambar 4.1. Hasil elektoforesis DNA genom
dari 30
sampel markisa
menggunakan gel agarose 0,8. Nomor 1-30 = aksesi markisa Lampiran 1.
Pita utuh DNA genom ini ditandai dengan tidak adanya smear DNA tidak terdegradasi dan terkontaminasi. Ukuran pita DNA genom yang didapat adalah
diatas 10000 bp. Menurut Aulia 2014, ciri DNA yang utuh pada elektroforesis adalah DNA dapat bermigrasi pada pori-pori agarose dalam buffer pada arus
tertentu dan tidak tercacah smear. Menurut Syafaruddin Santoso 2011, DNA yang utuh ditandai dengan tidak adanya smear DNA yang dielektroforesis. Hal ini
10000 bp
10000 bp
menjadi penting karena pada proses PCR, DNA yang masih utuh akan lebih memberikan hasil yang relatif lebih akurat.
Hasil pengukuran kuantitas dan kemurnian dari 31 DNA genom markisa dengan nanofotometer IMPLEN P-360 NanoPhotometer P-Class menunjukkan
kemurnian DNA yang baik dan kuantitasnya yang cukup Lampiran 2. Kemurnian yang diperoleh berkisar antara 1,368-2,112. Menurut Sambrook
Russel 1989, batas kemurnian yang biasa digunakan dalam analisis molekuler pada rasio A
260
A
280
adalah 1,8-2,0. Kemurnian yang diperoleh tidak semuanya memenuhi batas kriteria untuk dapat digunakan dalam analisis molekuler 1,8,
namun pada penelitian yang telah dilakukan oleh Minarsih et al., 2011, terhadap keragaman genetik Ganoderma spp., nilai kemurnian 1,069 merupakan nilai
terendah tetapi sudah dapat digunakan untuk proses PCR-RAPD. Selain itu pada penelitian yang telah dilakukan oleh Bayzura 2014 Aulia 2014 terhadap
tanaman kelapa sawit, nilai kemurnian 1,5 - 1,7 sudah dapat digunakan untuk melakukan proses PCR-RAPD. Rendahnya nilai rasio A
260
A
280
1,8, dapat disebabkan oleh kontaminasi protein dan bahan organik lainnya sebaliknya
kontaminasi fenol ditandai dengan tingginya nilai rasio tersebut 2,0 Linacero et al., 1998.
Konsentrasi DNA genom markisa yang diperoleh berkisar antara 42,5 sampai 2552 ngµl. Konsentarsi DNA yang biasanya digunakan dalam proses
PCR adalah 0,5-50 ngµl, maka konsentrasi yang didapatkan pada penelitian ini sudah cukup memenuhi syarat dalam melakukan RAPD. Menurut Haris et al.
2003, konsentrasi DNA akan berdampak pada kualitas fragmen hasil amplifikasi. Konsentrasi DNA yang rendah akan menghasilkan fragmen yang
tipis, sebaliknya konsentrasi DNA yang tinggi akan menyebabkan fragmen terlihat tebal sehingga sulit membedakan antar fragmen.
4.2. Analisis Profil Pita RAPD Tanaman Markisa
Kategori