berdrainase baik dengan ketinggian tanah antara 600-1.500 m dpl. Jika markisa ditanam pada ketinggian di bawah 600 dpl maka produktifitas tanaman markisa
akan mengalami penurunan. Hal ini dikarenakan daerah dengan ketinggian tersebut lama penyinaran matahari lebih rendah, serta suhu lingkungan juga
kurang mendukung sehingga menghambat pembungaan.
2.3. Marka Molekuler
Variasi teknik molekuler sangat beragam tergantung cara pelaksanaan untuk mendapatkan data maupun tingkatan target data yang diinginkan. Salah satu cara
untuk mendapatkan data yang sering digunakan pada saat ini adalah dengan menggunakan markapenanda. Dari sejarah perkembangannya, penandamarka ini
dapat dikelompokkan sebagai penanda morfologi, penanda sitologi, dan penanda molekular. Penanda molekular dapat dibedakan menjadi penanda isozim dan
penanda DNA Nuraida, 2012. Penggunaan penanda molekuler berupa DNA digunakan seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan tentang biologi
molekuler. Penanda ini telah digunakan sejak tahun 1980-an, merupakan pendekatan untuk lebih meningkatkan informasi genetik yang belum dapat
diperoleh dengan penanda protein Langga et al., 2012. Marka molekuler yang berbasis DNA jenisnya sangat banyak dan mempunyai variabilitas yang besar,
sedangkan marka yang berbasis protein memiliki keragaman yang lebih rendah Warta Biogen, 2008. Marka molekuler yang pertama kali dikenal adalah marka
protein yang secara genetik dikenal sebagai marka isozim. Yasminingsih, 2009. Menurut Nuraida 2012, suatu penanda marker adalah suatu karakter
atau sifat yang dapat diturunkan atau diwariskan pada keturunannya dan dapat digunakan untuk mengkarakteristikmendeteksi genotip tertentu. Penanda
molekular merupakan teknik yang efektif dalam analisis genetik dan telah diaplikasi secara luas dalam program pemuliaan tanaman. Pemanfaatan marka
DNA sebagai alat bantu seleksi Marker Assisted Selection MAS lebih menguntungkan dibandingkan dengan seleksi secara fenotipik. Seleksi dengan
bantuan marka molekular didasarkan pada sifat genetik tanaman saja, tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan Azrai, 2005. Pemilihan jenis marka
molekuler yang akan digunakan dalam seleksi harus benar-benar dipertimbangkan
kesesuaiannya dengan fasilitas dan materi yang dimiliki untuk melakukan seleksi. Penyiapan atau purifikasi gen target juga sangat menentukan keberhasilan dari
seleksi yang dilakukan Syafaruddin Santoso, 2011. Jenis marka molekular pada tanaman ada dua yaitu penanda mendasarkan
teknik PCR dan yang tidak mendasarkan teknik PCR. Penanda molekular yang mendasarkan teknik PCR antara lain RAPD Random Amplified Polymorphic
DNA, AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism dan SSR Simple Sequence Repeats yang lebih mendasarkan pada sequencing DNA. Sedangkan
penanda molekuler yang tidak mendasarkan teknik PCR hanya ada satu jenis yaitu RLFP Restriction Fragment Length Polymorphism Azrai, 2005. Setiap
penanda molekuler memiliki teknik yang berbeda-beda baik dalam hal jumlah DNA yang dibutuhkan, dana, waktu, prosedur pelaksanaan, tingkatan
polimorfisme dan pengujian secara statistik. Penanda tersebut masing-masing mempunyai kelebihan dan kelemahan, oleh karena itu kombinasi beberapa teknik
akan memberikan data yang lebih komprehensif dan akurat. Penentuan teknik yang digunakan sangat penting untuk mendapatkan hasil sesuai dengan yang
diinginkan. Umumnya strategi pemilihan teknik berdasarkan pada tujuan studi, ketersediaan dana dan fasilitas serta kemampuan sumber daya manusia
Afifah, 2012.
2.4. Penanda Molekuler RAPD
