Passiflora edulis f. flavicarpa Deg., markisa asam merah Passiflora edulis f. edulis Sims., markisa konyal Passiflora ligularis L., markisa erbis Passiflora
quadrangularis, F1 markisa ungu besar hasil persilangan antara markisa ungu dengan markisa merah dan markisa liar Passiflora foetida Lampiran 1..
3.3.2. Isolasi DNA
DNA diisolasi dari bagian daun yang masih muda bagian pucuk dengan menggunakan metode CTAB Doyle Doyle, 1990 yang dimodifikasi oleh Lade
et al. 2014, Sebanyak 0,5 g daun muda digerus dalam cawan porselin dengan menambahkan 1 ml buffer CTAB 100 mM Tris HCL, 4M Nacl, 20 mM EDTA,
3 CTAB, 6 PVP dan 0,2 β-merkaptoetanol tanpa menggunakan nitrogen cair. Hasil gerusan dipindahkan kedalam tabung eppendorf 2 ml. Ditambahkan
RNase 1 µl dari 10 mgml kemudian inverted dan diinkubasi pada suhu 37
o
C selama 15 menit. Kemudian ditambahkan 10 µl Proteinase-K 1 mgml dan
diinkubasi dalam waterbath pada suhu 65
o
C selama 1 jam inverted 15 menit sekali, setelah itu didiamkan di suhu ruang.
Proses pemurnian diawali dengan penambahan klorofom: isoamilalkohol 24:1 hingga mencapai 1 kali volume sampel, kemudian dihomogenkan dengan
dibolak-balik inverted kemudian disentrifuse eppendorf centrifuge 5430R dengan kecepatan 10.000 rpm selama 15 menit pada suhu 4 °C. Supernatan
diambil dengan pipet mikro dan dipindahkan ke eppendorf baru yang steril. Ditambahkan 5 M NaCl sebanyak setengah volume supernatan dan diinkubasi di
es selama 15 menit. Sodium asetat ditambahkan sebanyak 110 volume supernatan dan isopropanol dingin sampai tube penuh inverted secara perlahan, dilihat
adanya benang-benang halus dari DNA. Selanjutnya larutan tersebut diendapkan dengan cara diinkubasi pada suhu -20 °C selama 1 jam. Larutan disentrifuse
eppendorf centrifuge 5430R dengan kecepatan 10.000 rpm selama 15 menit pada suhu 4 °C, dan cairan dibuang hingga terlihat endapan DNA berupa pelet pada
ujung eppendorf. Endapan yang merupakan DNA dicuci dengan alkoholEtOH 70, kemudian disentrifuse eppendorf centrifuge 5430R kembali dengan
kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit pada suhu 4°C. AlkoholEtOH dibuang dan pelet DNA dikeringkan pada suhu ruangan dengan posisi terbalik. DNA yang
telah kering dilarutkan dengan ddH20 steril.
3.3.3. Uji Kualitas dan Kuantitas DNA
