menunjukkan Gram negatif, bentuk batang-kokoid, dapat menghasilkan asam dari manitol, sukrosa, sorbitol, inositol juga mampu mengoksidasi glukosa.
Berdasarkan urutan nukleotida gen 16S rRNA, bakteri ini menunjukkan hubungan genetik 98 dengan Pseudomonas sp.
2.4 Polymerase Chain Reaction
Dari suatu campuran DNA yang kompleks, PCR memungkinkan peneliti untuk membuat sejumlah besar DNA dengan urutan basa tertentu dalam waktu yang
singkat dan tanpa kloning. Prosedur ini menggunakan DNA polimerase yang tahan panas thermostable dan dua primer oligonukleotida sintetik. Urutan DNA
gen yang akan diamplifikasi diperbanyak harus diketahui sebagian, agar primer yang membatasi ujung DNA target dapat disintesis. PCR memiliki berbagai
aplikasi antara lain: mengamplifikasi DNA pada daerah tertentu sebagai strategi rekayasa genetik yang tidak tergantung pada enzim restriksi, memperbanyak DNA
genom untuk keperluan diagnostik, memperbanyak DNA untuk sekuensing, menyisipkanmembuat mutasi site directed mutagenesis, dan mengkuantifikasi
jumlah mRNA awal RT-PCR yang dikombinasi dengan RT Grompe et al., 1998.
Tiap putaran reaksi PCR terdiri atas tiga tahap yaitu: denaturasi template, penempelan primer, dan polimerisasi primer, yang masing-masing berlangsung
pada suhu lebih kurang 95ºC, 50ºC, dan 70ºC. Pada tahap denaturasi, pasangan untai DNA template dipisahkan satu sama lain sehingga menjadi untai tunggal.
Pada tahap selanjutnya, masing-masing untai tunggal akan ditempeli oleh primer. Jadi, ada dua buah primer yang masing-masing menempel pada untai tunggal
DNA template. Biasanya, kedua untai primer tersebut dinamakan primer maju forward primer dan primer mundur reverse primer. Setelah menempel pada
untai DNA template, primer mengalami polimerisasi dan mensintesis DNA baru dari ujung 5 hingga ujung 3 Sachse Frey, 2010.
Untuk mendapatkan hasil PCR yang optimal perlu dilakukan optimasi proses PCR dengan cara memvariasikan kondisi yang digunakan pada proses PCR
tersebut. Optimasi kondisi berkaitan dengan faktor-faktor seperti: jenis primer,
temperatur annealing, konsentrasi Mg 2
+
, konsentrasi template, dan bahan tambahan seperti bovine serum albumin, triton X-100, gen T4 protein 32,
polietilenglikol 8000 dan gliserol Marchesi et al., 1998. Primer berfungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan
diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi - OH pada ujung γ’
yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA. Perancangan primer dapat dilakukan berdasarkan urutan yang telah diketahui ataupun dari urutan protein
yang dituju. Data urutan DNA atau protein bisa didapatkan dari database GenBank. Apabila urutan DNA maupun urutan protein yang dituju belum
diketahui maka perancangan primer dapat didasarkan pada hasil analisis homologi dari urutan DNA atau protein yang telah diketahui mempunyai hubungan
kekerabatan yang terdekat Rychlik, 1995.
2.5 Gen 16S rRNA
