Latar Belakang Isolasi Dan Indentifikasi Bakteri Kitinolitik Dari Nepenthes Tobaica Dan Nepenthes Gracilis

BAB 1 PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Kantung semar Nephentes merupakan tumbuhan yang mampu mendegradasi serangga yang terjebak dalam kantung pada ujung sulur daunnya, sehingga dapat digolongkan dalam tumbuhan insektivora. Serangga tersebut dijadikan sebagai sumber nutrisi, terutama sebagai sumber protein dan nitrogen, yang tidak didapatkan dari tanah yang menjadi habitatnya Mansur, 2007. Kantung semar menangkap dan mendegradasi serangga merupakan adaptasi untuk hidup di tanah yang bernutrisi rendah Bauer et al., 2011 dengan bantuan beberapa enzim hidrolitik yang terkandung dalam cairan kantung Rottloff et al., 2011. Beberapa enzim hidrolitik yang disekresikan tumbuhan kantung semar yaitu protease, kitinase Amagase et al., 1972, RNase, esterase Eilenberg et al., 2006, amilase, lipase Tokes et al., 1974, fosfoamidase, fosfatase, dan glukosidase Higashi et al., 1993. Di sisi lain, enzim hidrolitik juga diproduksi oleh mikroba seperti jamur dan bakteri Amagase et al., 1972. Higashi et al. 1993 menyatakan bahwa proses degradasi serangga dalam kantung dipengaruhi oleh perubahan pH, ion ammonium, dan keragaman populasi bakteri. Yogiara 2004 berhasil mengisolasi dan menganalisis komunitas bakteri dari cairan kantung Nepenthes spp. Bhore et al. 2013 mengisolasi 96 isolat bakteri endofit dari 9 Nepenthes spp. dan menunjukkan isolat terbanyak dari kelas Bacilli 59,4, diikuti Gammaproteobacteria 35,4, dan Betaproteobacteria 5,2. Selain bakteri, terdapat mikroba lain dari cairan kantung, diantaranya ragi dan jamur. Ragi dan jamur yang telah diisolasi dari cairan kantung adalah Aureobasidium pullulans, Bullera alba, Candida diffluens, Cryptococcus laurentii, Rhodotorula rubra, Sporobolomyces roseus, Tilletiopsis sp., dan Trichosporon pullulans. Pada cairan kantung dari daerah Malaysia Barat ditemukan ragi dominan berupa Cryptococcus albidus Shivas Brown, 1989. Dari berbagai mikroorganisme yang terdapat pada tumbuhan kantung semar diasumsikan bakteri kitinolitik berperan dalam pendegradasian serangga yang terjebak dalam kantung. Bakteri kitinolitik merupakan bakteri yang dapat mendegradasi kitin dengan bantuan enzim kitinase. Kitin adalah polimer linier yang tersusun atas 2000-3000 monomer N-asetil-D-glukosamin yang dihubungkan dengan ikatan -1,4-glikosida Donderski Brzezinska, 2003, dan merupakan salah satu penyusun kutikula anthropoda, fungi dan atom Svitil et al., 1997. Untuk meningkatkan pemahaman tentang keragaman mikroba di lingkungan, penggunaan pendekatan analisis keragaman yang berdasarkan kultur hidup mulai beralih pada pendekatan secara molekuler menggunakan penyandi 16S rRNA sebagai parameter analisis, diantaranya Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis ARISA Cardinale et al., 2004, dan Restriction Fragment Length Polymorphisms RFLPs Liu et al., 1997. Urutan gen 16S rRNA telah banyak digunakan sebagai penanda genetik untuk mempelajari filogeni dan taksonomi bakteri. Beberapa alasan penggunaan urutan gen 16S rRNA diantaranya: kehadirannya di semua bakteri, fungsi gen 16S rRNA dari waktu ke waktu tidak berubah dan gen 16S rRNA 1500 bp cukup besar untuk tujuan informatika Janda Abbot, 2007. Berdasarkan pemaparan di atas, upaya penelitian dan pengidentifikasian bakteri kitinolitik dari tumbuhan kantung semar perlu dilakukan secara molekuler dengan metode analisis sekuen fragmen gen 16S rRNA.

1.2 Permasalahan