BAB 1 PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Kantung semar Nephentes merupakan tumbuhan yang mampu mendegradasi serangga yang terjebak dalam kantung pada ujung sulur daunnya, sehingga dapat
digolongkan dalam tumbuhan insektivora. Serangga tersebut dijadikan sebagai sumber nutrisi, terutama sebagai sumber protein dan nitrogen, yang tidak
didapatkan dari tanah yang menjadi habitatnya Mansur, 2007. Kantung semar menangkap dan mendegradasi serangga merupakan
adaptasi untuk hidup di tanah yang bernutrisi rendah Bauer et al., 2011 dengan bantuan beberapa enzim hidrolitik yang terkandung dalam cairan kantung
Rottloff et al., 2011. Beberapa enzim hidrolitik yang disekresikan tumbuhan kantung semar yaitu protease, kitinase Amagase et al., 1972, RNase, esterase
Eilenberg et al., 2006, amilase, lipase Tokes et al., 1974, fosfoamidase, fosfatase, dan glukosidase Higashi et al., 1993. Di sisi lain, enzim hidrolitik juga
diproduksi oleh mikroba seperti jamur dan bakteri Amagase et al., 1972. Higashi et al. 1993 menyatakan bahwa proses degradasi serangga dalam
kantung dipengaruhi oleh perubahan pH, ion ammonium, dan keragaman populasi bakteri. Yogiara 2004 berhasil mengisolasi dan menganalisis komunitas bakteri
dari cairan kantung Nepenthes spp. Bhore et al. 2013 mengisolasi 96 isolat bakteri endofit dari 9 Nepenthes spp. dan menunjukkan isolat terbanyak dari kelas
Bacilli 59,4, diikuti Gammaproteobacteria 35,4, dan Betaproteobacteria 5,2. Selain bakteri, terdapat mikroba lain dari cairan kantung, diantaranya ragi
dan jamur. Ragi dan jamur yang telah diisolasi dari cairan kantung adalah Aureobasidium pullulans, Bullera alba, Candida diffluens, Cryptococcus
laurentii, Rhodotorula rubra, Sporobolomyces roseus, Tilletiopsis sp., dan Trichosporon pullulans. Pada cairan kantung dari daerah Malaysia Barat
ditemukan ragi dominan berupa Cryptococcus albidus Shivas Brown, 1989.
Dari berbagai mikroorganisme yang terdapat pada tumbuhan kantung semar diasumsikan bakteri kitinolitik berperan dalam pendegradasian serangga
yang terjebak dalam kantung. Bakteri kitinolitik merupakan bakteri yang dapat mendegradasi kitin dengan bantuan enzim kitinase. Kitin adalah polimer linier
yang tersusun atas 2000-3000 monomer N-asetil-D-glukosamin
yang dihubungkan dengan ikatan -1,4-glikosida Donderski Brzezinska, 2003, dan
merupakan salah satu penyusun kutikula anthropoda, fungi dan atom Svitil et al., 1997.
Untuk meningkatkan pemahaman tentang keragaman mikroba di lingkungan, penggunaan pendekatan analisis keragaman yang berdasarkan kultur
hidup mulai beralih pada pendekatan secara molekuler menggunakan penyandi 16S rRNA sebagai parameter analisis, diantaranya Automated Ribosomal
Intergenic Spacer Analysis ARISA Cardinale et al., 2004, dan Restriction Fragment Length Polymorphisms RFLPs Liu et al., 1997. Urutan gen 16S
rRNA telah banyak digunakan sebagai penanda genetik untuk mempelajari filogeni dan taksonomi bakteri. Beberapa alasan penggunaan urutan gen 16S
rRNA diantaranya: kehadirannya di semua bakteri, fungsi gen 16S rRNA dari waktu ke waktu tidak berubah dan gen 16S rRNA 1500 bp cukup besar untuk
tujuan informatika Janda Abbot, 2007. Berdasarkan pemaparan di atas, upaya penelitian dan pengidentifikasian bakteri kitinolitik dari tumbuhan kantung semar
perlu dilakukan secara molekuler dengan metode analisis sekuen fragmen gen 16S rRNA.
1.2 Permasalahan