Isolasi fragmen cDNA eglA Pengklonan fragmen cDNA eglA

http:expasy.chtoolstranslate Gasteiger et al. 2003, analisis situs pemotongan dilakukan dengan menggunakan program NEBcutter http:tools.neb.com NEBcutter Vincze et al. 2003, analisis hidrofobisitas dilakukan dengan menggunakan program ProtScale pada http:www.expasy.chcgi- binprotscale.pl dan TMHMM http:cbs.dtu.dkservicesTMHMM-2.0 Claverie Notredame 2003; Gasteiger et al. 2003, analisis domain dilakukan dengan menggunakan program Pfscan http:hits.isb-sib.chcgi-binPFSCAN Claverie Notredame 2003, multiple sequence alignment dilakukan dengan program Tree based Consistency Objective Function For alignmEnt Evaluation T-COFFEE Notredame et al. 2000, visualisasi multiple sequence alignment dengan program Chroma Goodstadt Ponting 2001 dan konstruksi pohon filogenetik dengan program phylogeny inference package PHYLIP http:bioweb.pasteur.fr seqanalphylogenyphylip-uk.html dan visualisasi pohon filogenetik dengan program njplot versi 2.3.

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Aktivitas Selulolitik

4.1.1 Uji aktivitas selulolitik secara kualitatif

Aktivitas selulolitik beberapa isolat A. niger dan Trichoderma diuji pada media agar CMC. Adanya aktivitas selulolitik ditandai dengan terbentuknya zona bening disekeliling koloni cendawan Gambar 6. Pewarna Congo Red berinteraksi secara kuat dengan polisakarida yang mengandung ikatan β-1,4 dan β -1,3 glikosidik membentuk kompleks warna-glukan Teather Wood 1982. Zona bening yang terbentuk mengindikasikan tidak adanya kompleks warna- glukan akibat terjadinya hidrolisis ikatan glikosidik CMC. Sedangkan daerah yang masih berwarna merah mengindikasikan masih adanya kompleks warna-glukan yang mengindikasikan tidak terjadi hidrolisis substrat CMC. Rata-rata nisbah selulolitik terbesar ditunjukkan oleh isolat A. niger KB12 sebesar 0.47 dan terkecil ditunjukkan oleh isolat Trichoderma IPB12 sebesar 0.02 Tabel 3. Besarnya nisbah selulolitik ini seringkali tidak berkorelasi dengan besarnya aktivitas selulase. Hal ini kemungkinan disebabkan adanya variasi kecepatan pertumbuhan cendawan. Gambar 6 Aktivitas selulolitik yang ditunjukkan dengan terbentuknya zona bening disekeliling koloni setelah inkubasi 24 jam pada suhu ruang. a A. niger, b Trichoderma. a b