Analisis kesejajaran urutan nukleotida dan asam amino eglA A. niger IPB1

kelompok Glikosida hidrolase famili 12 GH12 pada posisi asam amino ke-82 sampai asam amino ke-239 Gambar 15. Arsitektur EglA A. niger ini sama dengan arsitektur beberapa anggota famili GH12 lainnya, seperti Cel12A T. reesei dan Cel12A B. Licheniformis. Arsitektur jenis ini hanya mengandung katalitik domain dan tidak mengandung carbohydrate binding moduls CBM. Secara umum, kelompok glikosida hidrolase terdiri dari dua domain utama, yaitu katalitik domain dan carbohydrate binding moduls CBM yang dihubungkan oleh suatu linker yang kaya akan prolin Gambar 16. Posisi domain katalitik maupun domain CBM dapat terdapat pada C-terminal maupun N- terminal. Posisi ini tidak menentukan spesifisitas suatu enzim Gilkes et al. 1991. Peran domain CBM pada enzim sampai saat ini masih belum jelas. Namun demikian Hashimoto 2006 menyatakan peran utama CBM meningkatkan efisiensi fungsi katalisis enzim-enzim karbohidrase walaupun dengan mekanisme yang belum jelas. linker Gambar 16 Domain umum selulase yang terdiri dari domain katalitik dan CBM yang dihubungkan oleh daerah penghubung linker GH12 merupakan salah satu famili glikosida hidrolase yang mempunyai aktivitas endoglukanase dan xyloglukan hidrolase. Mekanisme katalisisnya adalah retaining dengan Glutamat Glu sebagai basa nukleofil maupun donor protonnya. Sampai saat ini GH12 mempunyai sekitar 151 anggota dengan 7 arsitektur yang berbeda. Sebagian besar anggota mempunyai arsitektur tanpa domain CBM. Sementara itu arsitektur dengan kombinasi antara katalitik domain dan domain CBM, seperti pada Cel2B S. lividans hanya sedikit. Berdasarkan perbandingan struktur homolog dengan struktur endoglukanase lain yang sudah diketahui, residu-residu yang berperan dalam fungsi katalitik EglA A.niger IPB1 maupun pengikatan substratnya dapat dideduksikan Gambar 17. Glu116 diprediksi berperan sebagai nukleofil dan Glu204 diprediksi berperan sebagai donor proton. Pada famili GH12, posisi Catalytic domain CBM nukleofil ini berdekatan dengan dua residu yang sangat terkonservasi, yaitu Asp99 dan Met118 Zechel et al. 1998; Sandgreen et al. 2003. Situs pengikatan glikosil diprediksikan tersusun atas beberapa residu dengan rantai samping aromatik, seperti Trp, Tyr dan Phe Sandgreen et al. 2003. Mengacu pada beberapa residu yang terlibat dalam pengikatan substrat pada famili GH 12 Goegedebuur et al 2002, residu Trp posisi 22, 49, 51, 85, 120, 144, Tyr 61, 98, 115 dan Phe 163, 179 pada A. niger IPB1 diprediksi berperan dalam pengikatan substrat glikosil. Gambar 17 Kesejajaran urutan asam amino empat enzim GH 12. Posisi residu nukleofil dan donor proton ditunjukkan dengan tanda anak panah hitam dan putih secara berturut-turut. 4.3.5 Analisis hidrofobisitas EglA Analisis hidrofobisitas dilakukan untuk mengetahui profil hidrofobisitas dari suatu urutan asam amino. Analisis ini digunakan untuk untuk menentukan apakah suatu protein termasuk protein yang larut dalam air atau protein membran Zhao London 2006. Profil hidrofobisitas berdasarkan skala Kyte Doolittle menunjukkan secara keseluruhan EglA mempunyai nilai hidrofobisitas yang 1 10 20 30 40 50 | | | | | | A.niger GQ-TMCSQYDSAS-SPP Y SVNQ N L WG EYQGTGS-QCVYVNKLSSSGASWHTEWTWSGGEG B.licheniformis S S - S N P S DKLYF K -NKK Y YIF N N V WG ADQ VS GWWQ T IYH N --SDS D MGW--VWNW P S N TS T.reesei A Q - T S C D QWATF T -GNG Y TVS N N L WG ASA GS GF-G C VTA V SL-SG G ASWHADWQW S G G QN S.lividans A D T T I C E PFGTT T IQGR Y VVQ N N R WG --- ST AP-Q C VTA T DTGFR V TQADGSAPT N G A PK 60 70 80 90 100 | | | | | A.niger TVKSYSN------------SGVTF-NKKLVSDVSSIPTSVEWKQDNTNVNADVA YD LFTA B.licheniformis T VKAYPSIVSGWHWTEGYT A GS G F-PTRL- SD Q K N I NT K V S YSI- SAN GTY NA A YD IWLH T.reesei N VKSYQN------------ S QI A IPQKRTV NS I S S M PT T A S WSYS GSN IRA NV A YD LFTA S.lividans S YPS---VFNGCHYTN--- C SP G TDLPVRL DT V S A A PS S I S YGFV DGA V-Y NA S YD IWLD 110 120 130 140 150 160 | | | | | | A.niger ANVDHAT--SSGDY E L MIW LARYGNIQ P I G KQIA T ATV GG KS W EVWY G STTQAGAE-QRT B.licheniformis - NT NK A SWDS AP T D E I MIW L N N T- N AG P A G S YVE T VS I GG H S W K VYK G YIDAGGGKGW N V T.reesei A NP NH V T--Y SG D Y E L MIW L G K YG D IG P I G S SQG T VN V GG Q S W T LYY G YN----GA-M Q V S.lividans P TA -R T --DG VN Q T E I MIW F N R VG P IQ P I G S PVG T AS V GG R T W E VWS G GN----GS-N D V 170 180 190 200 210 | | | | | A.niger Y SF VSESPINSYSGAINA F FSYLTQNQGFPASSQ Y LINLQF G T E AFTGGPATFTVDNWTA B.licheniformis F SF IRT AN T Q S A N L N IR D F T N YLAD S K QWLSK T K Y VS S V E F G T E V F- G GTGQI N I SN W DV T.reesei Y SF VAQ TN T T N Y S G D VK N F F N YLRD N K GYNAA G Q Y VL S Y Q F G T E P FT G S-GTL N V AS W TA S.lividans L SF VAP SA I S G W S F D VM D F V R A-TV A R GLAEN D W Y LT S V Q A G F E P WQ N G-AGL A V NS F SS