Gambar 13 Urutan nukleotida eglA A. niger IPB1 dan deduksi asam aminonya
4.3.2 Analisis kesejajaran urutan nukleotida dan asam amino eglA A. niger IPB1
dengan database di GenBank
Analisis kesejajaran urutan nukleotida dan asam amino eglA A. niger IPB1 dengan database di GenBank dilakukan menggunakan program BLAST Basic
Local Alignment Search Tool . Hasil penyejajaran nukleotida menunjukkan
sekuen eglA A. niger IPB1 mempunyai kemiripan 99 dengan sekuen 14 dari paten WO2004018662 E-value
3.7e-152
, 98 dengan sekuen 1 dari paten WO9713853 E-value
1.7e-151
, WO9713862 E-value
1.7e-151
, US6190890 E- value
1.7e-151
, US6306635 E-value
1.7e-151
, dan 97 dengan sekuen 13 dari paten WO2004018662 E-value
4.5e-149
dan eglA Aspergillus niger CBS 513.88 E-value
1.1e-148
yang semuanya merupakan gen endoglukanase dari Aspergillus niger
. Sementara itu hasil penyejajaran urutan asam amino menunjukkan urutan egl
A mempunyai kemiripan 99 dengan endoglukanase A atau eglA dari Aspergillus niger
A. niger E-value
7.1e-127
, 87 dengan endoglukanase A atau cek
A dari Aspergillus kawachi E-value 1.9e-126 , 81 dengan endoglukanase A
Sequence ID : EglA_niger Nuk AA atgaagctccccgtgacacttgctatgcttgcggccaccgccatgggccagacgatgtgc 60
M K L P V T L A M L A A T A M G Q T M C 20 tctcaatatgacagtgcctcgagccccccatattcagtgaaccagaacctctggggcgag 120
S Q Y D S A S S P P Y S V N Q N L W G E 40 taccaaggcaccggcagccagtgtgtatatgtcaacaaactctccagcagtggtgcatcc 180
Y Q G T G S Q C V Y V N K L S S S G A S 60 tggcacaccgaatggacctggagcggtggtgagggaacagtgaaaagctactctaactct 240
W H T E W T W S G G E G T V K S Y S N S 80 ggcgttacatttaacaagaagctcgtgagtgatgtatcaagcatccccacctcggtggaa 300
G V T F N K K L V S D V S S I P T S V E 100 tggaagcaggacaacaccaacgtcaacgccgatgtcgcgtatgatcttttcaccgcagcg 360
W K Q D N T N V N A D V A Y D L F T A A 120 aatgtggaccatgctacttctagcggtgactatgaactgatgatttggcttgcccgctac 420
N V D H A T S S G D Y E L M I W L A R Y 140 ggcaacatccagcccattggcaagcaaattgccacggccacagtgggaggcaagtcctgg 480
G N I Q P I G K Q I A T A T V G G K S W 160 gaggtgtggtatggcagcaccacccaggccggtgcggagcagaggacatacagcttcgtg 540
E V W Y G S T T Q A G A E Q R T Y S F V 180 tcggaaagccctatcaactcatacagtggggccatcaatgcatttttcagctatctcact 600
S E S P I N S Y S G A I N A F F S Y L T 200 cagaaccaaggctttcccgccagctctcagtacttgatcaatctgcagtttggaactgag 660
Q N Q G F P A S S Q Y L I N L Q F G T E 220 gcgttcaccgggggcccggcaaccttcacggttgacaactggaccgccagtgtcaactag 720
A F T G G P A T F T V D N W T A S V N - 239
dari Aspergillus terreus E-value 6.9e-113 dan 75 dengan endoglukanase atau cel
A dari Aspergillus oryzae E-value 4.8e-105 Lampiran 5 dan 6. BLAST merupakan program pencari similaritas suatu urutan nukleotida
atau asam amino dengan database yang berbasis local alignment, yaitu penyejajaran pada suatu segmen sekuen yang lebih pendek dengan derajat
similaritas yang sangat tinggi. Similaritas mengindikasikan homologi suatu gen atau protein. Jika kedua urutan gen atau protein homolog maka dapat dikatakan
bahwa keduanya mempunyai leluhur, fungsi dan struktur yang sama. Dua gen atau fragmen DNA dikatakan homolog jika 70 urutan nukleotidanya atau 25 urutan
asam aminonya identik panjang urutan minimal 100 Claviere Notredame 2003. Berdasarkan hal diatas maka dapat dipastikan bahwa eglA merupakan gen
egl A dari Aspergillus niger.
Gambar 14 Peta situs pemotongan eglA dengan menggunakan program NEBcutter
4.3.3 Analisis situs pemotongan gen eglA
Analisis situs pemotongan enzim restriksi endoglukanase digunakan untuk membuat peta situs pemotongan enzim restriksi peta restriksi pada suatu gen
atau fragmen DNA. Peta restriksi ini bermanfaat dalam menentukan enzim-enzim restriksi apa saja yang dapat digunakan dalam kegiatan manipulasi suatu gen atau
Kategori