Analisis situs pemotongan gen eglA
nukleofil ini berdekatan dengan dua residu yang sangat terkonservasi, yaitu Asp99 dan Met118 Zechel et al. 1998; Sandgreen et al. 2003.
Situs pengikatan glikosil diprediksikan tersusun atas beberapa residu dengan rantai samping aromatik, seperti Trp, Tyr dan Phe Sandgreen et al. 2003.
Mengacu pada beberapa residu yang terlibat dalam pengikatan substrat pada famili GH 12 Goegedebuur et al 2002, residu Trp posisi 22, 49, 51, 85, 120,
144, Tyr 61, 98, 115 dan Phe 163, 179 pada A. niger IPB1 diprediksi berperan dalam pengikatan substrat glikosil.
Gambar 17 Kesejajaran urutan asam amino empat enzim GH 12. Posisi residu nukleofil dan donor proton ditunjukkan dengan tanda anak panah
hitam dan putih secara berturut-turut.
4.3.5 Analisis hidrofobisitas EglA
Analisis hidrofobisitas dilakukan untuk mengetahui profil hidrofobisitas dari suatu urutan asam amino. Analisis ini digunakan untuk untuk menentukan
apakah suatu protein termasuk protein yang larut dalam air atau protein membran Zhao London 2006. Profil hidrofobisitas berdasarkan skala Kyte Doolittle
menunjukkan secara keseluruhan EglA mempunyai nilai hidrofobisitas yang
1 10 20 30 40 50 | | | | | |
A.niger GQ-TMCSQYDSAS-SPP Y
SVNQ N
L WG
EYQGTGS-QCVYVNKLSSSGASWHTEWTWSGGEG B.licheniformis S
S -
S N
P S
DKLYF K
-NKK Y
YIF N
N V
WG ADQ
VS GWWQ
T IYH
N --SDS
D MGW--VWNW
P S
N TS
T.reesei A Q
- T
S C
D QWATF
T -GNG
Y TVS
N N
L WG
ASA GS
GF-G C
VTA V
SL-SG G
ASWHADWQW S
G G
QN
S.lividans A D
T T
I C
E PFGTT
T IQGR
Y VVQ
N N
R WG
--- ST
AP-Q C
VTA T
DTGFR V
TQADGSAPT N
G A
PK 60 70 80 90 100
| | | | | A.niger TVKSYSN------------SGVTF-NKKLVSDVSSIPTSVEWKQDNTNVNADVA
YD LFTA
B.licheniformis T
VKAYPSIVSGWHWTEGYT A
GS G
F-PTRL- SD
Q K
N I
NT K
V S
YSI- SAN
GTY NA
A YD
IWLH
T.reesei N
VKSYQN------------ S
QI A
IPQKRTV NS
I S
S M
PT T
A S
WSYS GSN
IRA NV
A YD
LFTA
S.lividans S
YPS---VFNGCHYTN--- C
SP G
TDLPVRL DT
V S
A A
PS S
I S
YGFV DGA
V-Y NA
S YD
IWLD
110 120 130 140 150 160 | | | | | |
A.niger ANVDHAT--SSGDY E
L MIW
LARYGNIQ P
I G
KQIA T
ATV GG
KS W
EVWY G
STTQAGAE-QRT
B.licheniformis - NT
NK A
SWDS AP
T D
E I
MIW L
N N
T- N
AG P
A G
S YVE
T VS
I GG
H S
W K
VYK G
YIDAGGGKGW N
V
T.reesei A NP
NH V
T--Y SG
D Y
E L
MIW L
G K
YG D
IG P
I G
S SQG
T VN
V GG
Q S
W T
LYY G
YN----GA-M Q
V
S.lividans P TA
-R T
--DG VN
Q T
E I
MIW F
N R
VG P
IQ P
I G
S PVG
T AS
V GG
R T
W E
VWS G
GN----GS-N D
V
170 180 190 200 210 | | | | |
A.niger Y SF
VSESPINSYSGAINA F
FSYLTQNQGFPASSQ Y
LINLQF G
T E
AFTGGPATFTVDNWTA B.licheniformis F
SF IRT
AN T
Q S
A N
L N
IR D
F T
N YLAD
S K
QWLSK T
K Y
VS S
V E
F G
T E
V F-
G GTGQI
N I
SN W
DV T.reesei Y
SF VAQ
TN T
T N
Y S
G D
VK N
F F
N YLRD
N K
GYNAA G
Q Y
VL S
Y Q
F G
T E
P FT
G S-GTL
N V
AS W
TA S.lividans L
SF VAP
SA I
S G
W S
F D
VM D
F V
R A-TV
A R
GLAEN D
W Y
LT S
V Q
A G
F E
P WQ
N G-AGL
A V
NS F
SS
relatif negatif hidrofilik sehingga diprediksi kuat merupakan protein yang larut dalam air Gambar 18. Selain itu terlihat adanya satu segmen transmembran pada
N terminal berdasarkan nilai kepercayaan yang direkomendasikan pada skala Kyte Doolittle, yaitu 1.6. Adanya satu segmen transmembran pada daerah N-
terminal mengindikasikan bahwa protein tersebut disekresikan Clavarie Notredame 2003. Hasil ini dikuatkan dengan analisis menggunakan TMHMM
Gambar 19 yang menyimpulkan bahwa EglA A. niger IPB1 merupakan protein di luar sel.
Gambar 18 Profil hidrofobisitas menggunakan skala Kyte Doolittle Protscale