Tabel 3 Nisbah selulolitik A. niger dan Trichoderma setelah 24 jam inkubasi pada suhu ruang
Isolat Rata-rata diameter
koloni cm Rata-rata diameter
zona bening cm Rata-rata
nisbah selulolitik Aspergillus niger
IPB1 20.25
28.08 0.37±0,011
A. niger IPB4
19.92 23.50
0.18±0,078 A. niger
IPB5 20.17
23.83 0.18±0,019
A. niger KB12
15.67 23.00
0.47±0,056 A. niger
TSR12 18.33
25.08 0.37±0,042
A. niger TSR13
17.58 21.33
0.22±0,076 A. niger
TSR52 17.75
24.50 0.38±0,033
Trichoderma reesei 29.33
30.33 0.03±0,001
Trichoderma IPB2
30.00 31.00
0.03±0,001 Trichoderma
IPB9 32.67
34.17 0.05±0,028
Trichoderma IPB11
24.00 25.83
0.08±0,007 Trichoderma
IPB12 33.17
34.00 0.02±0,007
4.1.2 Uji aktivitas enzim endoglukanase secara kuantitatif
Rata-rata aktivitas spesifik tertinggi ditunjukkan oleh isolat A. niger IPB1 sebesar 5.74 Umg dan terkecil ditunjukkan oleh isolat Trichoderma IPB2 sebesar
1.31 Umg Tabel 4. Beberapa isolat A. niger dan Trichoderma, seperti A. niger IPB1, A. niger TSR52, A. niger IPB5, A niger KB12, A. niger TSR12, A. niger
TSR13 menunjukkan aktivitas yang lebih tinggi dibandingkan isolat T. reesei yang merupakan standar aktivitas enzim selulase. Elshafei et al. 1990
melaporkan bahwa aktivitas enzim endoglukanase A. terreus lebih tinggi dibandingkan Trichoderma viride yang merupakan standar aktivitas enzim
selulase, sedangkan Pothiraj et al. 2006 melaporkan aktivitas enzim endoglukanase A. niger lebih tinggi dibandingkan A. terraus. Namun demikian
pembandingan secara langsung hasil ini sulit dilakukan karena banyaknya faktor yang mempengaruhi, seperti komposisi media dan pemilihan substrat yang dapat
mempengaruhi aktivitas enzim Sharma et al. 1986. Banyak faktor terlibat dalam kinerja suatu enzim, seperti suhu dan pH.
Pada penelitian ini digunakan metode yang umum digunakan untuk sistem enzim selulase T. reesei Ghose 1987 sehinggga tidak menutup kemungkinan aktivitas
beberapa isolat A. niger pada uji ini belum mencapai aktivitas optimalnya. Beberapa laporan menunjukkan aktivitas enzim endoglukanase A. niger
mempunyai kisaran suhu dan pH yang luas. Suhu optimum aktivitas endoglukanase A. niger dilaporkan berkisar 40
o
C Coral et al. 2002 dan 70
o
C
Hong et al. 2001. pH optimum aktivitas enzim endoglukanase A. niger dilaporkan berkisar 4.5 dan 7.5 Coral et al. 2002, antara 6.0 dan 7.0 Akiba et al.
1995, dan 6.0 Hong et al. 2001. Tabel 4 Aktivitas enzim endoglukanase A. niger dan Trichoderma pada suhu
50
o
C yang diukur setelah 7 hari inkubasi
Nama isolat Rata- rata biomassa mg
Rata-rata aktivitas spesifik Umg
A. niger IPB1
42 5.74±0.58
A. niger TSR52
48 5.42±0.67
A. niger IPB5
37 4.96±0.24
A. niger KB12
45 4.83±1.01
A. niger TSR12
51 4.68±0.46
Trichoderma IPB11
31 4.30±0.54
A. niger TSR13
41 3.03±0.42
Trichoderma reseei 38
3.01±0.26 A. niger
IPB4 43
2.73±0.38 Trichoderma
IPB9 47
2.53±0.59 Trichoderma
IPB12 35
2.35±0.94 Trichoderma
IPB2 37
1.31±0.80
4.2 Isolasi Gen eglA A. niger IPB1 4.2.1 Isolasi RNA total
Isolasi RNA total dilakukan pada isolat yang mempunyai aktivitas spesifik tertinggi, yaitu isolat A. niger IPB1. RNA total berhasil diisolasi dari miselium A.
niger IPB1 yang ditumbuhkan dalam medium induksi CMC. Kuantitas RNA total
yang dihasilkan berdasarkan pengukuran dengan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm adalah 176.4 g tiap gram miselium. Selanjutnya berdasarkan
nilai rasio OD
260
OD
280
, yaitu sebesar 1.72, maka RNA total yang dihasilkan mempunyai kemurnian yang cukup tinggi Tabel 5. Manchester 1996
menyatakan bahwa kemurnian RNA yang tinggi ditunjukkan dengan nilai rasio OD
260
OD
280
antara 1.8 dan 2.0. Hasil elektroforesis menunjukkan RNA total hasil isolasi mempunyai integritas yang cukup tinggi. Hal ini ditunjukkan dengan
adanya dua pita yang dominan, yaitu RNA ribosomal rRNA 28S dan 18S Gambar 7.
Tabel 5 Hasil isolasi RNA total
Absorban Bahan
λ
260
λ
280
λ
260
λ
280
Total RNA g g miselium
Miselium A. niger IPB1 0.210
0.122 1.72
176.4
Gambar 7 Hasil isolasi RNA total A. niger IPB1 yang diisolasi dari miselium
setelah inkubasi 3 hari yang dideteksi dengan elektroforesis menggunakan gel agarosa 1 bv.
4.2.2 Sintesis cDNA total
Sintesis cDNA dilakukan menggunakan RNA total yang telah diisolasi sebagai cetakan melalui proses transkripsi balik. Proses ini menggunakan primer
oligodT sehingga hanya mRNA yang akan disintesis menjadi cDNA karena adanya ekor poliA pada ujung 3’. Sebagai kontrol keberhasilan sintesis cDNA,
dilakukan amplifikasi terhadap gen aktin menggunakan primer spesifik ActF dan Act
R2. Hasil amplifikasi gen aktin dengan cDNA sebagai cetakan menghasilkan
satu pita DNA yang berukuran 123 bp Gambar 8. Hasil ini menunjukkan bahwa sintesis cDNA total telah berlangsung dengan baik. Selain itu, hasil ini juga
menunjukkan RNA yang dihasilkan tidak terkontaminasi oleh DNA genom. Adanya kontaminasi oleh DNA akan ditunjukkan dengan adanya dua pita DNA
yang dihasilkan, yaitu pita berukuran 123 bp yang menunjukkan hasil amplifikasi cDNA dan pita berukuran 223 bp yang menunjukkan hasil amplifikasi DNA
rRNA 28S rRNA 18S
