UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Pada penelitian ini dilakukan perbandingan metode SYBR Green dan metode Hydrolysis Probe dalam analisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi
dengan menggunakan Real Time PCR. Perbandingan metode SYBR Green dan metode Hydrolysis Probe dilihat melalui hasil kurva amplifikasi apakah metode
tersebut dapat mengamplifikasi DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi secara spesifik.
4.1. Hasil Analisis Isolat DNA
Isolat DNA didapatkan dari proses ekstraksi dan isolasi DNA dengan menggunakan kit komersial High Pure PCR Template Preparation. Prinsip
kit ini yaitu DNA diabsorpsi oleh Silikon Dioksida SiO
2
sehingga DNA mudah dipisahkan dari protein dan sel debris hasil pelisisisan sel dengan cara
sentrifugasi Roche
b
, 2012. Reagen yang ditambahkan pada proses ekstraksi dan isolasi DNA meliputi: Tissue lysis buffer sebagai pelisis membran sel,
proteinase K sebagai enzim pemecah makromolekul protein menjadi molekul lebih kecil, Binding buffer sebagai chaotropic agent agar DNA dapat
terabsorbsi kuat dengan silikon dioksida yang terdapat pada filter, Inhibitor Removal Buffer sebagai buffer yang dapat menghilangkan zat pengotor yang
mengganggu proses PCR, Washing buffer sebagai pencuci garam chaotropic dan pengotor lainya, dan Elution Buffer sebagai pengelusi DNA dari silikon
dioksida Roche
b
, 2012. Isolat DNA yang didapatkan dianalisis dengan Elektroforesis Agarosa
dan Spektrofotometer UV.
4.1.1. Hasil Analisis Isolat DNA dengan Elektroforesis Agarosa
Isolat DNA divisualisasi keberadaannya dengan elektroforesis gel agarosa 1 seperti gambar sebagai berikut:
36
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Gambar 4.1 Hasil elektroforesis isolat DNA
Keterangan: 1 Daging Babi; 2 Daging Sapi; 3 Gelatin Babi; 4 Gelatin Sapi
Melalui elektroforesis agarosa, DNA dapat tervisualisasi karena larutan Etidium Bromida yang ditambahkan ter-interkalasi dengan untai
ganda DNA, sehingga pita fragmen DNA dapat terlihat di bawah lampu UV Gaffar, 2007. Pada Gambar 4.1 menunjukkan pita yang jelas pada isolat
DNA sapi dibandingkan pada isolat DNA babi. Kedua pita tersebut merupakan pita yang smear. Hasil pita yang smear pada gel elektroforesis
dapat disebabkan tidak utuhnya DNA yang terisolasi dimana fragmen- fragmen DNA dengan ukuran yang berbeda tertahan pada gel sesuai dengan
ukuran pasang basa DNA Lewis, 2001. Terjadinya fragmentasi DNA daging dikarenakan DNA yang terisolasi mengalami degradasi saat proses
pencincangan atau selama proses isolasi berlangsung. Hasil elektroforesis pada isolat DNA gelatin babi dan DNA gelatin
sapi menunjukkan tidak adanya pita. Tidak adanya pita pada gel agarosa, bukanlah berarti DNA gelatin tidak berhasil diisolasi. Hal ini dapat
dikarenakan jumlah DNA hasil isolasi pada gelatin terlalu kecil dan banyak yang terdegradasi akibat pengolahann sehingga tidak tervisualisasi pada gel
agarosa. Batas minimal konsentrasi DNA yang dapat terdeteksi pada elektroforesis agarosa dengan pewarna etidium bromida adalah 25 ng
Lewis, 2001.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
4.1.2 Hasil Analisis Isolat DNA dengan Spektrofotometri UV
Konsentrasi dan kemurnian isolat DNA dianalisis dengan menggunakan spektrofotometri UV. Hasil analisis terlihat pada tabel 6.
Tabel 5. Konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ekstraksi dan isolasi
No. Sampel
Konsentrasi Kemurnian
A280A260
1. Daging Sapi
85,99 ngμl
1,804 2.
Daging Babi 80,08
ngμl 1,824
3. Gelatin Sapi
19, 38 ngμl
1,566 4.
Gelatin Babi 13,
63 ngμl 1,573
Analisis konsentrasi dan kemurnian isolat DNA menggunakan spektrofotometri UV dilakukan pada panjang gelombang 260 nm dan 280
nm. Konsentrasi DNA yang didapatkan pada daging berkisar antara 80 ngμl
– 85 ngμl dengan kemurnian kisaran 1,8. Sedangkan konsentrasi DNA yang didapatkan pada gelatin berkisar antara 13
ngμl – 19 ngμl dengan kemurnian kisaran 1,5. DNA dapat dikatakan murni dari protein apabila
nilai rasio
A260A280 yaitu
berkisar antara 1,8
sampai 2,0
Sambrook et al., 2001. Konsentrasi isolat DNA daging yang didapatkan jauh lebih besar
dibandingkan DNA gelatin. Hal ini dikarenakan pada daging memiliki jumlah sel yang banyak, sedangkan gelatin merupakan produk hasil olahan
dari kolagen sehingga isolat DNA gelatin yang didapatkan sedikit. Nilai kemurnian hasil isolasi pada gelatin dengan nilai dibawah 1,8 menunjukkan
bahwa masih bayak pengotor protein pada hasil isolat DNA gelatin Sambrook et al., 2001. Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan Glasel
1995, nilai kemurnian 1,5 memiliki perbandingan persentase teoritis protein dan asam nukleat yaitu sekitar 80 dan 20. Hal ini menunjukkan
bahwa kit komersial ekstraksi dan isolasi DNA yang digunakan belum mampu memisahkan DNA gelatin dari pengotor protein dengan baik.
4.2 Hasil Uji Spesifisitas Primer dan Probe dengan Database NCBI
Kategori