Metode Uji Viabilitas Sel Kanker

10 berupa komposisi biomolekul suatu ekstrak kasar. NMR merupakan detektor universal dimana setiap signal memberikan informasi langsung mengenai struktur kimia suatu molekul. Spektrum NMR merupakan karakteristik fisik dari suatu komponen sehingga bersifat sangat reproducible. Ini menjadi kelebihan utama NMR sehingga metabolomik berbasis data NMR dapat digunakan terus menerus selama metode ekstraksi dan pelarut NMR yang digunakan tetap sama Verpoorte et al. 2008. Salah satu kendala dalam aplikasi NMR adalah biaya yang cukup signifikan sehingga dalam hal ini HPLC menjadi alternatif dan Maser et al. 2014 telah melaporkan keberhasilan penggunakan HPLC dalam metabolomik untuk mengidentifikasi komponen antibakteri buah takokak Solanum torvum Swart. Penggunaan teknologi LC-MS berdasarkan review Wishart 2008 memiliki beberapa keunggulan antara lain sensitifitas yang tinggi, sampel dapat langsung diinjeksi tanpa pemisahan terlebih dahulu, membutuhkan jumlah sampel yang minimum, mendeteksi hampir semua komponen organik dan sebagian anorganik. Namun LC-MS ini memiliki beberapa kelemahan antara lain: tidak bersifat kuantitatif, membutuhkan waktu running yang cukup lama beberapa puluh menit per sampel, resolusi pemisahan komponen kurang baik dan kurang reproducible, serta sulit mengidentifikasi komponen yang novel karena terbatasnya database. Terdapat dua metode pendekatan dalam hal pemrosesan dan interpretasi data metabolomik yang berkembang saat ini. Pertama adalah pendekatan chemometric di mana komponen-komponen kimia secara umum tidak diidentifikasi, melainkan pola spektra dan intensitasnya dicatat untuk kemudian secara statistik dibandingkan untuk menentukan spektra tertentu yang menjadi pembeda antar kelompok Wishart 2008. Adapun pendekatan kedua adalah metabolomik kuantitatif atau targeted profiling yang menitikberatkan pada usaha untuk mengidentifikasi dan atau mengkuantifikasi sebanyak mungkin komponen di dalam sampel. Ini biasanya dilakukan dengan membandingkan data spektra NMR atau MS dari sampel dengan spektra komponen murni pada referensi atau database. Begitu komponen teridentifikasi dan terkuantifikasi maka data kemudian diproses secara statistik untuk menentukan biomarker atau pathway metabolik yang penting. Data metabolomik deskriminatif biasanya mengandalkan metode multivariat seperti PCA Principal Component Analysis untuk pengelompokan sampel. PCA membuat variabel baru komponen-komponen penting dengan kombinasi linear dari metabolit yang terdeteksi bersamaan dengan memaksimalkan variasi sampel. Sebaliknya PLS Partial Least Square merupakan teknik MVDA Multi Variate Data Analysis yang memungkinkan mendiskriminasi sampel dengan memaksimalkan korelasi di antara variabel Cevallos et al. 2009. Namun data PLS memiliki kelemahan yakni masih sulit diinterpretasi, masih banyak komponen PLS dan masih terdapat variasi orthogonal pada variabel deskriptor X. O-PLS Orthogonal Projection to Latent Structure diajukan oleh Tryyg dan Wold 2002 untuk menyempurnakan metode PLS. O- PLS menghilangkan variasi variabel X yang tidak berkorelasi dengan Y variabel terikat. Metode ini menghasilkan data yang lebih mudah diinterpretasi, lebih sedikit komponen dan data yang lebih relevan. 11

2.4 Galur Sel Kanker Payudara

Galur sel kanker payudara yang pertama ditemukan adalah BT-20 pada tahun 1958. Salah satu keuntungan menggunakan galur sel dalam penelitian adalah memungkinkan untuk menyediakan populasi sel yang relatif homogen yang memiliki kemampuan bereplikasi sendiri dalam medium kultur sel standar. Baru sekitar 25 tahun kemudian ditemukan MCF-7 oleh Michigan Cancer Foundation yang menjadi paling populer digunakan di dunia saat ini. Hal ini disebabkan karena MCF-7 memiliki sensitifitas hormon yang tinggi dengan adanya estrogen receptor ER yang menjadikannya ideal sebagai model untuk mempelajari pengaruh hormon. Saat ini telah banyak galur sel kanker yang telah dikembangkan yang berasal baik dari sel tumor primer, pleural effusions atau jaringan metastasis yang terdapat pada pasien. Sel-sel tersebut telah tersedia secara komersial di berbagai bank sel Holliday dan Speirs 2011. Pada mulanya sel-sel kanker dapat dikelompokkan berdasarkan morfologinya seperti tipe histologi, tingkatan tumor, status lymph node dan keberadaan marka seperti ER dan yang mutakhir human epidermal growth factor receptor 2 HER2. Namun dengan berkembangnya molecular profiling menggunakan DNA microarray maka heterogenitas tersebut dapat dibuktikan melalui profiling ekspresi gen. Sehingga sel kanker dapat dikelompokkan menjadi 5 sub-tipe sebagaimana tercantum dalam tabel 2.3. Tabel 2.3. Klasifikasi molekuler sel kanker payudara Sub tipe Profil immunologi Karakteristik lain Contoh galur sel Luminal A ER + , PR +- , HER 2 - Ki67 rendah, responsif thd endokrin, umumnya responsif thd kemoterapi MCF7, T47D, SUM185 Luminal B ER + , PR +- , HER 2 + Ki67 tinggi, biasanya responsif thd endokrin, variatif kepekaan thd kemoterapi, HER 2 + adalah responsif terhadap trastusumab antibodi BT474, ZR75 Basal ER - , PR - , HER 2 - EGFR + dan atau sitokeratin 56 + , Ki67 tinggi, tidak responsif thd endokrin, umumnya responsif thd kemoterapi MDA-MB468, SUM190 Claudin- low ER - , PR - , HER 2 - Ki67, E-cadherin, claudin-3, claudinin-4 dan claudinin-7 rendah, kepekaan sedang thd kemoterapi BT549, MDA- MB231, SUM1315 HER2 ER - , PR - , HER 2 + Ki67 tinggi, responsif terhadap trastusurmab, responsif thd kemoterapi SKBR3, MDA-MB453 Ket: EGFR: epidermal growth factor receptor, ER: estrogen receptor, HER2: human epidermal growth factor receptor 2, PR: progesterone receptor. Sumber: Holliday and Speirs 2011

2.5 Mekanisme Apoptosis

Apoptosis merupakan proses kematian sel yang terprogram dan memiliki karakteristik morfologi yang berbeda dengan jenis kematian sel yang lain dan memiliki mekanisme biokimia yang melibatkan energi. Apoptosis terjadi secara