Identifikasi Fragmen Restriksi RFLP Keragaman Genetik Intrapopulasi

d. Digesti dengan enzim restriksi DpnII

Digesti DNA teramplifikasi dengan enzim restriksi DpnII menghasilkan tipe restriksi yang monomorfik yaitu tipe A 300, 300, 150 pb Gambar 9. Gambar 9. Digesti dengan DpnII satu tipe restriksi: A Ket: M: marker, PCR: DNA amplifikasi, pb: pasangan basa, SB: Sumbawa, BA: Bali Utara, SS: Selat Sunda, BL: Belitung, SL: Sulawesi Selatan

e. Digesti dengan enzim restriksi Eco0190I

Digesti dengan enzim restriksi Eco0190I menghasilkan tipe restriksi monomorfik yaitu tipe A 300, 300, 150 pb Gambar 10.

4.1.3 Identifikasi Fragmen Restriksi RFLP

Rekapitulasi identifikasi genotipe tipe restriksi mtDNA teramplifikasi hasil digesti dengan lima enzim FokI, HaeIII, NlaIV, DpnII, Eco0190I disajikan pada Tabel 2. Gambar 10. Digesti dengan Eco0190I satu tipe restriksi: A Ket: M: marker, PCR: DNA amplifikasi, pb: pasangan basa, SB: Sumbawa, BA: Bali Utara, SS: Selat Sunda, BL: Belitung, SL: Sulawesi Selatan Tabel 2. Distribusi genotipe tipe restriksi pada lima populasi tiram mutiara Enzim Tipe restriksi Sumbawa Bali Utara Selat Sunda Belitung Sulawesi Selatan FokI A B C D - 10 - - 2 8 - - 4 1 4 1 10 - - - - 8 2 - HaeIII A B C 8 - 2 6 - 4 4 - 6 7 3 - 3 7 - NlaIV A B C D 3 3 4 - 3 3 - 4 3 - 7 - 3 7 - - - - 10 - DpnII A 2 2 2 2 2 Eco0190I A 2 2 2 2 2 Enzim FokI menghasilkan tipe restriksi A monomorfik pada populasi Belitung dan tipe B monomorfik pada populasi Sumbawa, sedangkan pada populasi Bali Utara dan Sulawesi Selatan tipe B lebih dominan dan empat tipe restriksi A, B, C, D pada populasi Selat Sunda. Enzim HaeIII menghasilkan dua tipe restriksi pada semua populasi, namun berbeda situs restriksi. Tipe A dominan ditemukan pada semua populasi, kecuali pada populasi Selat Sunda dan Sulawesi Selatan, berturut-turut tipe C dan B lebih dominan dari pada tipe A. Selain di Sulawesi Selatan tipe B ditemukan pula di Belitung, sedangkan tipe C ditemukan juga pada populasi Sumbawa dan Bali Utara. Enzim NlaIV menghasilkan tipe restriksi C monomorfik pada populasi Sulawesi Selatan dan dominan pada populasi Sumbawa dan Selat Sunda, dua tipe restriksi ditemukan pada Selat Sunda dan Belitung dan tiga tipe restriksi pada populasi Sumbawa dan Bali Utara. Tipe A terdapat pada seluruh populasi kecuali Sulawesi Selatan, tipe B dominan pada populasi Belitung, dan tipe D hanya pada populasi Bali Utara. Enzim DpnII dan Eco0190I menghasilkan tipe restriksi A monomorfik pada seluruh populasi.

4.1.4 Keragaman Genetik Intrapopulasi

Analisis composite haplotipe menghasilkan 24 composite haplotipe pada seluruh populasi, tiap populasi terdiri dari tiga sampai delapan haplotipe yang berbeda dengan kisaran ragam haplotipe antara 0,105 dan 0,328 Tabel 3 dan Lampiran 5 atau rata-rata 0,225±0,093. Distribusi composite haplotipe pada kelima populasi tiram mutiara disajikan pada Tabel 3 dan Lampiran 6. Tabel 3. Distribusi frekuensi dan composite haplotipe pada lima populasi tiram mutiara Pinctada margaritifera No. Composite Haplotipe Total Sumbawa Bali Utara Selat Sunda Belitung Sulawesi Selatan 1. BAAAA 4 0,3 0,1 − − − 2. BACAA 6 0,4 – – – 0,2 3. BCBAA 4 0,2 0,2 − − – 4. BABAA 2 0,1 0,1 – – − 5. BADAA 2 – 0,2 − − – 6. AAAAA 7 − 0,1 0,3 0,3 − 7. AADAA 1 – 0,1 − − – 8. BCAAA 1 − 0,1 – – − 9. BCDAA 1 – 0,1 − − – 10. AACAA 1 − − 0,1 – − 11. DCCAA 1 – – 0,1 − – 12. CCCAA 4 − − 0,4 – − 13. BCCAA 1 – – 0,1 − – 14. ABBAA 3 − − − 0,3 − 15. AABAA 4 – – – 0,4 – 16. BBCAA 6 − − − − 0,6 17. CBCAA 1 – – – – 0,1 18. BBCAA 1 − − − − 0,1 Jumlah sampel 50 10 10 10 10 10 Jumlah haplotipe 4 8 5 3 4 Keragaman haplotipe 0,206 0,307 0,328 0,177 0,105 Composite haplotipe BBCAA terdapat dalam frekuensi tertinggi pada populasi Sulawesi Selatan, dan tidak ditemukan pada populasi lainnya, demikian pula AABAA pada Belitung dan CCCAA pada Selat Sunda, sedangkan BACAA pada populasi Sumbawa dan Sulawesi Selatan. Composite haplotipe AAAAA terdistribusi pada tiga populasi dari lima populasi yang dianalisis yaitu Bali Utara, Selat Sunda, dan Belitung. Berdasarkan analisis keseimbangan distribusi genotipik populasi menurut Hardy-Weinberg menggunakan metode tests for Hardy-Weinberg equilibrium dalam program TFPGA menghasilkan nilai p-value berkisar antara 0,000 − 0,0016 Lampiran 7. Nilai tersebut lebih kecil dibandingkan dengan nilai p0,01 sehingga dapat dikatakan frekuensi haplotipe intrapopulasi terdistribusi sesuai dengan keseimbangan populasi Hardy-Weinberg.

4.1.5 Perbedaan Genetik Interpopulasi