populasi Sumbawa dan Lombok Widowati et al. 2007. Penelitian keragaman genetik juga telah banyak dilakukan pada beberapa populasi dari genus Pinctada
diantaranya yaitu populasi P. albina, P. maculata, P. radiata Haond et al. 2002, P. martensii Hosoi et al. 2004, P. imbricata Yu et al. 2006.
Keragaman genetik berdasarkan distribusi geografis beberapa spesies tiram mutiara populasi alam telah banyak dilaporkan di beberapa negara, misalnya
populasi alam P. margaritifera yang terpisah ratusan kilometer di Polynesia Perancis menunjukkan perbedaan pada keragaman alelnya Blanc dan Durand
1989. Hasil yang sama juga dilaporkan pada spesies P. margaritifera populasi Jepang Durand et al. 1993 dan Australia Benzie dan Ballment 1994. Penelitian
yang dilakukan Evans et al. 2006 dan Smith et al. 2003 yang menggunakan penanda microsatellite untuk P. maxima populasi Australia dan Indonesia, serta
penelitian genetik P. imbricata oleh Masaoka dan Kobayashi 2005. Beberapa metode dapat diterapkan untuk memetakan struktur genetik, antara
lain metode meristik dan morfometrik, analisis polimorfisme protein dan polimorfisme DNA. Secara umum metode polimorfisme DNA dianggap memiliki
tingkat akurasi yang tinggi dibandingkan dengan metode lain karena tidak terpengaruh oleh perubahan lingkungan dan strukturnya dibedakan oleh urutan
basa yang khas dalam DNA. Analisis polimorfisme DNA dapat dilakukan dengan berbagai macam teknik yaitu DNA mitokondria RFLP, DNA RAPD, DNA
microsatellite dan lain-lain.
1.2 Perumusan dan Pendekatan Masalah
Tiram mutiara P. margaritifera bersifat sedenter, namun populasinya memiliki distribusi yang luas dengan kelimpahan yang tidak merata, diperkirakan
terdapat keragaman genetik populasi pada tiap unit populasinya. Oleh karena itu, pengetahuan tentang keragaman genetik tiram mutiara ini perlu dipahami untuk
membantu dalam penentuan manajemen konservasi dan budidaya populasi ini. Peranan keragaman genetik dalam budidaya merupakan salah satu indikator
dalam penentuan potensi genetik untuk seleksi dan hibridisasi dalam menentukan populasi stok unggul. Populasi stok unggul ini diperlukan dalam manajemen stok
induk yang diharapkan dapat menghasilkan benih unggul untuk kelangsungan industri tiram mutiara. Pelaksanaan program seleksi dan hibridisasi memerlukan
informasi mengenai potensi genetik tiram mutiara lokal yang ada. Informasi keragaman genetik dapat diperoleh melalui pemetaan DNA dan menganalisis
keragaman genetiknya. Salah satu metode pengukuran keragaman genetik adalah analisis
mitokondria DNA mtDNA dengan teknik PCR-RFLP. Keunggulan metode ini, antara lain pewarisan mtDNA berlangsung dari induk betina maternal
inheritance kepada keturunannya melalui gamet betina, dengan demikian pada setiap generasi yang berasal dari induk betina yang sama akan memiliki pola
genetik yang sama, mtDNA mempunyai laju polimorfisme yang tinggi dengan laju evolusinya sekitar 5
−10 kali lipat dari DNA inti, bersifat klonal yaitu tidak mengalami segregasi dan rekombinasi, mempunyai copy number yang tinggi
Anderson et al. 1981. Penelitian tentang polimorfisme mtDNA tiram mutiara menjadi tahap awal
dalam program pemuliaan yang sasarannya adalah untuk menentukan potensi genetik tiram mutiara yang unggul terkait dengan pola adaptasi atau distribusi
penyebarannya. Informasi tersebut selanjutnya dapat digunakan dalam pengelolaan sumber genetik tiram yang berkelanjutan, baik untuk pengembangan
produksi maupun konservasi.
1.3 Tujuan dan Manfaat Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk memetakan keragaman genetik intrapopulasi dan perbedaan genetik interpopulasi dengan teknik mtDNA PCR–RFLP tiram
mutiara Indonesia yang berasal dari Sumbawa, Bali Utara, Selat Sunda, Belitung, dan Sulawesi Selatan serta memetakan hubungan filogenetik dari lima populasi
tiram mutiara tersebut. Informasi mengenai keragaman genetik intrapopulasi dan perbedaan genetik
interpopulasi serta jarak genetik genetic distance tiram mutiara tersebut diharapkan dapat dijadikan acuan dalam program pemuliaan yang sasarannya
adalah menghasilkan penyediaan induk tiram mutiara unggul yang berkesinambungan atau lestari.
II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Tiram Mutiara Pinctada margaritifera
