itu, suhu tinggi dalam sintesa DNA 75 °C dapat meningkatkan ketelitian
sehingga meminimumkan ekstensi primer yang tidak sesuai dengan template Zyskind dan Bernstein 1993. Dalam prosedur PCR ini, struktur sekunder dari
template DNA yang dapat menghalangi aktivitas enzim polimerase juga akan direduksi melalui denaturasi sekuen pada suhu tinggi, namun demikian beberapa
faktor harus diperhatikan supaya pita-pita yang dihasilkan baik dan utuh, antara lain konsentrasi DNA, ukuran dan komposisi basa primer dan suhu hibridisasi
Erlich 1989. Metode RFLP merupakan suatu cara yang digunakan untuk mengetahui
perbedaan profil ukuran fragmen DNA dari individu yang berbeda, dengan menggunakan enzim restriksi untuk memotong sekuen mtDNA teramplifikasi.
Hansen et al. 1997 menyatakan bahwa teknik RFLP menggunakan suatu enzim restriksi endonuklease yang dapat memotong fragmen besar DNA pada situs
restriksi tertentu menjadi fragmen yang lebih kecil. Visualisasi hasil pemotongan dapat menunjukkan pola fragmen yang khas tergantung jenis DNA dan enzim
yang digunakan. Organisme yang berbeda memiliki perbedaan urutan DNA, sehingga teknik RFLP dapat membedakan jenis organisme pada tingkat spesies
atau strain dan telah banyak digunakan diantaranya pada moluska. Kombinasi antara teknik PCR dan penggunaan enzim retriksi atau teknik sekuensing
nukleotida dapat menggambarkan karakter atau profil DNA individual yang berguna untuk menjelaskan hubungan filogenetik populasional dalam takson.
2.3 Parameter Kualitas Air yang Berhubungan dengan Kelangsungan Hidup Tiram Mutiara
Kegiatan manajemen broodstock membutuhkan populasi calon induk yang memiliki viabilitas dan fertilitas dan kebugaran potensial potential fitness yang
bagus. Fitness terkait dengan peluang kelangsungan hidup survival rate atau fekunditas dan kebugaran potensial potential fitness terkait dengan tingkat
polimorfisme keragaman genetik dan pola adaptasi melalui seleksi alam terhadap perubahan lingkungan. Pola adaptasi terkait dengan kemampuan individu
menyediakan ragam genetik dalam mekanisme evolusi sehingga mampu bertahan hidup survive dan terlibat dalam PRE Populasi Reproduktif Efektif serta
berkontribusi dalam pewarisan genetik pada generasi berikutnya.
Faktor yang mempengaruhi fitness dalam populasi antara lain: pola breeding yang dipengaruhi oleh Ne populasi efektif, predasi atau eksploitasi terkait
dengan manajemen sistem budidaya dan lingkungan geografi, seperti barier geografi dan kondisi perairan.
Suhu adalah salah satu faktor yang sangat penting bagi kehidupan organisme laut, karena mempengaruhi aktivitas metabolisme maupun perkembangbiakan
organisme tersebut. Suhu rata-rata organisme tiram mutiara dapat hidup adalah 25–28
°C Tarwiyah, 2000. Pada suhu antara 26–29°C, tiram mutiara P. margaritifera sangat aktif melakukan kegiatan metabolisme dan mampu tumbuh
dengan baik Doroudi et al. 1999. Salinitas air laut mempengaruhi penyebaran hewan bentos seperti bivalva,
karena organisme laut hanya dapat bertoleransi terhadap perubahan salinitas yang kecil dan perlahan Meade 1989. Menurut penelitian Doudori et al. 1999,
salinitas yang baik untuk pertumbuhan optimal tiram mutiara P. margaritifera berkisar antara 27–32‰.
Oksigen terlarut umumnya menjadi faktor pembatas bagi kelangsungan hidup organisme akuatik Meade 1989. Hasil penelitian Dharmaraj et al. 1987
tentang kebutuhan oksigen terlarut tiram mutiara P. fucata, menunjukkan bahwa tiram berukuran 40–50 mm mengkonsumsi oksigen 1,339
µljam, ukuran 50–60 mm mengkonsumsi 1,650
µljam dan ukuran 60–70 mm mengkonsumsi 1,810 µljam.
Menurut Nayar dan Mahadevan 1987, pada prinsipnya habitat tiram mutiara berada pada perairan dengan pH lebih tinggi dari 6,75; namun tiram
mutiara tidak bereproduksi bila pH lebih tinggi dari 9, pH air yang layak untuk kehidupan tiram mutiara P. maxima berkisar antara 7,8–8,6; sedangkan pada pH
7,9–8,2 tiram mutiara dapat berkembang biak dan tumbuh dengan baik. Faktor kecerahan suatu perairan berpengaruh terhadap kehidupan organisme
di dalamnya. Tinggi rendahnya tingkat kecerahan sangat dipengaruhi intensitas cahaya matahari yang dapat menembus kedalaman lapisan perairan. Tiram
mutiara hidup pada dasar perairan, sehingga kecerahan perairan yang dibutuhkan tiram mutiara pada umumnya mencapai dasar perairan. Kedalaman perairan untuk
budidaya tiram mutiara berkisar antara 15–25 m Tarwiyah 2000.
2.4 Pulau Panjang, Selat Alas
