Samudera Hindia lemah. Karakteristik oseanografi selat ini di bawah pengaruh Laut Jawa dan Samudera Hindia Hendiarty 2003.
Pengamatan dengan sensor SeaWiFS Sea-viewing Wide Field-of-view Sensor oleh Hendiarty 2003, memperlihatkan bahwa perairan Selat Sunda pada
musim angin timur Juni–September terjadi fenomena pergerakan massa air Laut Jawa menuju Samudera Hindia melalui Selat Sunda yang dicirikan dengan
kandungan klorofil-a perairan sebesar 0,8 mgm
3
, sementara pada musim angin barat November–Maret perairan tersebut pada musim barat umumnya kurang
subur yang dicirikan dengan kandungan klorofil-a yang lebih rendah. Suhu rata-rata bulanan permukaan laut Selat Sunda relatif stabil sepanjang
tahun berkisar antara 28–29
o
C, dengan suhu maksimum ditemui pada bulan Mei dan suhu minimum pada bulan Oktober Wyrtki 1961. Kondisi temperatur
permukaan pada kedalaman satu meter berkisar antara 28,32–29,68
o
C Paryono 2004.
Salinitas permukaan di perairan Selat Sunda berkisar antara 32,5–33,6‰, salinitas minimum ditemui pada bulan Januari dan salinitas maksimum pada bulan
Agustus Wyrtki 1961. Menurut Paryono 2004 salinitas Selat Sunda pada kedalaman 1 m, berkisar antara 33,28–33,49‰, sedangkan menurut
Romimohtarto 1983, salinitas permukaan di selat bagian utara biasanya lebih rendah daripada di bagian selatan, salinitas Selat Sunda bervariasi dari 31,5–
33,5‰. Rendahnya salinitas permukaan di selat bagian utara disebabkan oleh masuknya massa air dari laut Jawa ke Selat Sunda hampir sepanjang tahun.
Salinitas dekat dasar di selat bagian selatan juga lebih tinggi daripada di bagian utara. Kecerahan 80 cm sementara pH terukur antara 6,5–8,5 Anonim 2007.
2.7 Selat Ru, Belitung
Selat Ru merupakan salah satu selat yang berada di antara Pulau Ru dan Pulau Nado, di bagian barat Pulau Belitung. Secara keseluruhan Selat Ru
termasuk dalam Selat Gaspar yang berada di antara Pulau Bangka dan Belitung. Perairan di Selat Ru dipengaruhi oleh kondisi perairan di Laut Cina Selatan dan
Selat Gaspar. Hasil pengamatan Wati 2004 menyatakan pada musim barat konsentrasi
pada klorofil-a 50 mgm
3
terdapat di sepanjang pantai timur Sumatera yaitu
mulai dari Riau Pulau Singkep sampai ke selatan Sumatera Pulau Bangka dan Belitung. Dikatakan pula pada musim timur arus dari Laut Jawa memberikan
sumbangan terhadap kesuburan fitoplankton di Selat Karimata. Hasil penelitian Sofian 2004 menunjukkan variasi suhu pada Selat Ru 26,3–28
°C, salinitas 30– 32,6; pH 7,6–8; Kecerahan pada kedalaman 5–10 m adalah 40–100.
2.8 Teluk Awerange, Sulawesi Selatan
Teluk Awerange berada di wilayah Kecamatan Soppeng Riaja Kabupaten Barru. Sebelah utara teluk berbatasan dengan Desa Batu Pute, terdapat pelabuhan
rakyat Awerange, pemukiman nelayan dan pantai pasir putih, sebelah timur berbatasan dengan Desa Siddo, sebelah timur pesisir Teluk Awerange terdapat
pemukiman nelayan, tambak tradisional dan semi intensif serta hutan bakau, sebelah selatan berbatasan dengan Desa Lawallu, sebelah barat teluk berbatasan
dengan Selat Makassar yang merupakan sumber pemasukan air laut Rusman 2003.
Menurut Rusman 3003, secara umum perairan di Teluk Awerange pada musim kemarau dan musim hujan tidak mengalami perbedaan yaitu berkisar
antara 25–26 °C. Pada perairan yang dangkal tidak terdapat lapisan termoklin
yang dapat menyebabkan perbedaan suhu yang ekstrim di setiap kedalaman perairan. Selain itu Teluk Awerange merupakan perairan yang semi tertutup
sehingga suhu perairan teluk hampir merata. Kedalaman Teluk Awerange berkisar antara 1–40 m, perbedaan ini disebabkan karena kontur dasar perairan yang tidak
merata. Kedalaman terbesar berada di sekitar mulut dan bagian tengah perairan teluk.
Hasil penelitian Rusman 2003 pada perairan Teluk Awerange menunjukkan rata-rata kecerahan perairan adalah 60–100. Pada musim hujan
penurunan kecerahan sebesar 20 dari kecerahan perairan musim kemarau. Arus permukaan yang terjadi di perairan Teluk Awerange umumnya disebabkan oleh
pasang surut dan angin yang bertiup di permukaan. Kondisi geografis Teluk Awerange dengan mulut teluk yang sempit dan terumbu karang merupakan
penghalang arus yang berasal dari perairan Selat Makassar. Rusman 2003 melaporkan bahwa sepanjang tahun pergerakan massa air di Selat Makassar
mengarah ke selatan. Selanjutnya dikatakan pula bahwa pada bulan November–
Maret massa air Laut Jawa bergerak ke arah timur sedangkan pada bulan Mei– September massa air bergerak ke arah barat.
Penelitian Rusman 2003 menunjukkan beberapa parameter kimia di perairan Teluk Awerange yaitu pH berkisar antara 7,5–8,4; oksigen terlarut
berkisar antara 5–8,7 mgl, salinitas 34–35‰. Hasil pengamatannya, bentos di perairan Teluk Awerange pada 20 titik pengambilan contoh diperoleh sebanyak
105 spesies, dengan kisaran kepadatan antara 33–497667 indm
3
. Hal ini memberikan gambaran bahwa perairan Teluk Awerange sangat kaya dengan
organisme bentos.
III. BAHAN DAN METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Lokasi Pengambilan Contoh
Penelitian dilakukan dengan metode survei pengambilan contoh dan pengamatan di laboratorium. Pengambilan contoh dilakukan dari bulan Mei–
Desember 2007 dan analisis laboratorium dilaksanakan dari bulan Februari–Juni 2008. Tiram mutiara contoh dikoleksi dari lima lokasi yang mewakili sebaran
tiram mutiara P. margaritifera di Indonesia, yaitu Sumbawa, Bali Utara, Selat Sunda, Belitung, dan Sulawesi Selatan. Peta pengambilan contoh dapat dilihat
pada Lampiran 3.
3.2 Metode 3.2.1 Metode Pengambilan Contoh
Pengambilan contoh tiram mutiara dilakukan dengan penyelaman ke dasar perairan atau dari tempat budidaya tiram setempat. Contoh tiram dari Sumbawa
berasal dari perairan Pulau Panjang, Selat Alas, tiram mutiara Bali Utara berasal dari Teluk Pegametan, Bali, tiram mutiara Selat Sunda berasal dari perairan Pulau
Handeuleum, Selat Sunda, tiram mutiara Belitung berasal dari perairan Selat Ru, sedangkan tiram mutiara Sulawesi Selatan berasal dari Teluk Awerange, Barru.
Jumlah contoh tiram mutiara adalah 10 ekor untuk masing-masing lokasi dengan ukuran sekitar 10–30 cm. Contoh tiram mutiara yang dikoleksi disimpan dalam
larutan alkohol 70 −100 untuk keperluan analisis DNA di laboratorium. Analisis
DNA contoh tiram mutiara dilakukan di Laboratorium Rekayasa Genetik Loka Pemuliaan dan Teknologi Budidaya Air Tawar, Sukamandi.
Data sekunder mengenai sifat fisik dan kimia perairan lokasi sampling yang mempengaruhi kelangsungan hidup dan distribusi tiram mutiara, meliputi
kedalaman, suhu, salinitas, oksigen terlarut, dan produksi primer, dikumpulkan dari berbagai literatur.
3.2.2 Analisis DNA mitokondria
Ekstraksi DNA Ekstrak DNA yaitu melakukan tahapan penghancuran sel, eliminasi protein
dan RNA, serta pengendapan protein. Tahap penghancuran sel yaitu
