10 maupun adanya sel-sel polisomik dari jaringan tertentu Wattimena Mattjik,
1992. Dalam perbanyakan tanaman melalui kultur jaringan sering terjadi mutasi
gen, sehingga menyebabkan terjadinya variasi genetik atau variasi somaklonal Wattimena, 1991. Terjadinya variasi genetik dapat disebabkan oleh komposisi
zat kimia yang terkandung dalam media kultur, sumber eksplan, lamanya masa pengkulturan atau lingkungan terkendali yang mengalami gangguan dan lain
sebagainya. Variasi somaklonal merupakan variasi genetik yang terjadi dari tanaman yang dihasilkan melalui kultur jaringan Larkin Sowcroft, 1991.
Dengan demikian untuk mendeteksi variasi somaklonal yang terjadi perlu dilakukan evaluasi stabilitas genetik dengan menggunakan penanda genetik,
diantaranya adalah Random Amplified Polymorphic DNA RAPD. Variasi somaklonal kemungkinan disebabkan oleh ketidakteraturan mitotik
yang berperan dalam terjadinya ketidakstabilan kromosom amplifikasi atau delesi gen. Keunggulan teknik kultur jaringan adalah mampu menghasilkan bibit secara
massal dalam waktu yang relatif singkat dan produktivitasnya lebih tinggi Van Harten, 1998.
Propagasi tanaman melalui teknik kultur jaringan tidak selalu sederhana, karena ketidakstabilan genetik atau kromosom dari kultur sel atau jaringan
umumnya terjadi pada banyak spesies. Berbagai perubahan genetik dapat terjadi selama dalam proses kultur, namun demikian ketidakstabilan genetik dalam kultur
dapat terkendali dan hal tersebut memungkinkan untuk mendapatkan variasi somaklonal Nasir, 2002
2.7. Random Amplified Polymorfic DNA RAPD
Random Amplified Polymorfic DNA RAPD adalah suatu metode analisis DNA genom melalui pola pita DNA yang dihasilkan setelah genom tersebut
diamplifikasi menggunakan suatu primer tunggal. Metode ini didasarkan pada reaksi berantai polymerase atau dikenal denga PCR Polymerase Chain Reaction
dengan menggunakan polymerase DNA yang tahan terhadap suhu tinggi. RAPD merupakan salah satu metode penanda genetik yang mempunyai beberapa
kelebihan, yaitu: 1 DNA yang digunakan lebih sedikit, 2 tidak menggunakan
Universitas Sumatera Utara
11 radioisotope, 3 hasilnya diperoleh dalam waktu yang relatif singkat karena tidak
memerlukan banyak tahapan, dan 4 primer acak yang digunakan untuk analisis genom semua organisme tanpa mengetahui latar belakang genomnya Mc
Clelland et al., 1994. Teknik RAPD Random Amplified Polymorphic DNA dimulai oleh
Williams et al. 1990 setelah berhasil mengamplifikasi DNA dan bersifat polimorfik dengan menggunakan primer acak serta bantuan enzim Taq Themus
aquaticus DNA polimerase. Teknik ini sudah banyak digunakan para peneliti di dunia karena mempunyai beberapa keuntungan. Menurut William et al. 1990,
metode RAPD lebih sederhana, cepat, DNA yang diperlukan sedikit dan tidak perlu terlalu murni, tidak menggunakan radioisotop maupun DNA probe, cocok
digunakan untuk sampel banyak, dan cukup menggunakan satu primer. Teknik RAPD didasarkan pada penggunaan primer sekuens nukleotida
yang berubah-ubah untuk mengamplifikasi segmen genomik DNA acak melalui pemanfaatan PCR sehingga menunjukkan polimofisme. Primer untuk analisis
RAPD mengandung 9-10 basa panjangnya. Polimorfisme yang teramati dengan menggunakan RAPD diyakini karena adanya perubahan basa tunggal yang
mencegah perpasangan primer dengan sekuens target, delesi sisi utama, insersi atau delesi yang memodifikasi ukuran DNA. Keuntungan dari metode ini adalah
bahwa set oligonukleotida yang sama dapat digunakan untuk berbagai spesies atau organisme dan setelah amplifikasi selama 2-4 jam, polimorfisme ini dapat diamati
secara langsung dengan agarose normal gel elektroforesis Nasir, 2002.
Universitas Sumatera Utara
12
BAB 3 METODE PENELITIAN
3.1. Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Pebruari 2013 sampai April 2014 bertempat di Laboratorium Kultur Jaringan Departemen Biologi, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam dan Laboratorium Terpadu Universitas Sumatera Utara, Medan.
3.2. Bahan dan Alat
