Tabel 4 Primer spesifik pada jenis Shorea leprosula Ng 2008
No. Lokus Repeat PCR Primer 5’ to 3’
PCR Product
Length Annealing
Temp C
1. Sle01
AT
12
F:TCGTACTGATAATCGG R:GTTTATAGGCTGATAATATGATTTA
179- 188
45
2. Sle02
AGC9 F:GGAGGAGAGAAACGAAG R:GTTTGAGGTAGGTAATAACGAGC
142- 160
45
3. Sle05
TA9 F:ACTAATAATGCTTGTGGTAAT
R:GTTTGTAACTAACCTCTAATGCCT 175-
191 45
4. Sle07
GAA7 F:AGAAGAATATGGGTACGAACTG R:GTTTGAATCAACTGGCACCTCTTAT
175- 190
45
5. Sle08
AT12 F:GGCTTCCTTTATATCCAATTT
R:GTTTGAGTTGGCTGCATATGA 177-
197 45
Primer spesifik lainnya yang digunakan untuk S. laevis adalah 5 primer telah digunakan pada jenis Shorea curtisii, tediri atas Shc01, Shc02, Shc03, Shc 04 dan
Shc07. Adapun keterangan lengkap mengenai primer-primer ini dapat dilihat pada Tabel 5.
Tabel 5 Primer spesifik pada jenis Shorea curtisii Ujino et al. 1998
No. Lokus Repeat
PCR Primer 5’ to 3’ PCR
Product Length
Annealing Temp
C
1. Shc01
CT
8
CT CA,CTCA
F:GCTAT TGGCA AGGAT GTTCA R:CTTAT GAGAT CAATT TGACA
G 152
56
2. Shc02
CT
2
CACT
5
F:CACGC TTTCC CAATC TG R:TCAAGA GCAGA ATCCA G
149 54
3. Shc03
CT
8
F:TTGAA GGGAA GGCTA TG R:CTTCT CAACT ACCTT ACC
124 54
4. Shc04
CT
16
F:ATGAG TAACA AGTGA TGAG 96
52
R:TATTG ACGTG GAATC TG
5. Shc07
CT
8
CACT
5
CACCCCTC A
3
CT CA
16
F:ATGTC CATGT TTGAG TG R:CATGG ACATA AGTGG AG
169 54
Proses PCR melalui 3 tahapan yaitu dennaturation, annealing dan extention. Pada proses PCR ini suhu yang digunakan berbeda-beda bergantung pada teknik, bahan
kimia dan primer yang digunakan. Pengaturan suhu pada mesin PTC-100 untuk reaksi mikrosatelit disajikan pada Tabel 6, proses ini dilakukan atau diulang
sebanyak 35 siklus. Tabel 6 Tahapan-tahapan dalam proses PCR Mikrosatelit
Tahapan Suhu
Waktu Jumlah Siklus
Pre-denaturation 95
C 2 menit
1
Denaturation Annealing
Extension 95
C 45
C-56 C
2 menit 1 menit
2 menit
35
Final Extension 72
C 5 menit
1
3.3.5 Pembuatan Gel Poliakrilamid
