3 Keragaman genetik atau heterozigositas Beberapa ukuran keragaman atau variasi genetik mempertimbangkan
perbedaan frekuensi dari tipe-tipe genetik alel dan genotipe dalam suatu popolasi. Ukuran variasi yang sering digunakan adalah heterozigositas harapan
He. Frekuensi relatif individu heterozigot yang diamati Ho, yaitu suatu ukuran berdasarkan struktur genetik juga digunakan untuk mengkarakterisasi variasi
genetik dalam populasi.
2.4.2 Mengukur Keragaman Genetik antar Populasi
Menurut Finkeldey 2005, parameter - parameter yang digunakan untuk mengukur keragaman genetik antar populasi yaitu:
1 Jarak genetik Jarak genetik digunakan untuk mengukur perbedaan struktur genetik antar
dua populasi pada suatu lokus gen tertentu. Sebagian besar tetapi tidak semua ukuran jarak genetik bervariasi antara 0 dan 1. Nilai minimum 0 diperoleh jika
struktur genetik dari dua populasi identik, sedangkan nilai maksimum 1 dicapai jika dua populasi tidak membagi apapun tipe genetik alel atau genotipe.
Perbedaan genetik lebih dari dua populasi biasanya dianalisa oleh sebuah matrik dengan elemen-elemen berupa jarak genetik dengan pasangan kombinasinya yaitu
populasi. 2 Pembagian variasi genetik F
ST
dan G
ST
F
ST
atau G
ST
adalah suatu ukuran diferensiasi relatif terhadap keseluruhan keragaman. Konsep pembagian variasi genetik dalam sebuah komponen dan satu
komponen di antara populasi F
ST
merupakan ukuran yang lebih luas digunakan apabila dibandingkan dengan perhitungan diferensiasi genetik.
3 Analisis klasterkelompok Analisis klaster adalah metode untuk menggambarkan perbedaan genetik
antar populasi secara geografis. Hal ini didasarkan atas perhitungan jarak genetik. Populasi dengan jarak genetik kecil, yaitu populasi yang secara genetik sama,
bersatu pertama kali dan kemudian bersatu lagi dengan populasi yang secara genetik berbeda jarak. Dalam cara ini, pohon keturunan dapat digambarkan untuk
mempermudah pengkajian pola diferensiasi genetik populasi-populasi. Populasi
tunggal atau OTUs Original Taxonomic Units biasanya berklaster menjadi beberapa cabang pohon. Analisis klaster dapat digunakan untuk mengetahui
keberadaan hibrid Finkeldey 2005. Variasi genetik tanaman dapat dianalisis menggunakan teknik penanda
genetik sebagai alat bantu mengidentifikasi genotipe suatu individu. Penanda genetik yang terpilih untuk diamati adalah penanda yang terpaut dengan
sifatkarakter yang menjadi sasaran penelitian. Macam penanda genetik yang sering digunakan antara lain penanda morfologi, penanda biokimia atau penanda
isoenzim dan penanda molekuler Finkeldey 2005.
2.5 PCR Polymerase Chain Reaction
