80x 40x
20x 10x
Secara visual, pita DNA yang tebal kotor memerlukan perbandingan pengenceran yang lebih besar yaitu 100x 99 µL aquabidest: 1 µL DNA.
Pengenceran selanjutnya mengikuti tingkatan ketebalan pita DNA. Pita DNA yang paling tipis menggunakan perbandingan pengenceran 10x 9 µL aquabidest:
1 µL DNA, karena kualitas DNA-nya termasuk bagus tidak terlalu kotor Gambar 5.
Gambar 6 Contoh besarnya pengenceran hasil ekstraksi DNA Oleh karena itu, setiap sampel DNA mempunyai perlakuan pengenceran yang
berbeda-beda, tergantung dari kualitas DNA-nya. Pengenceran ini dimaksudkan agar pada tahap PCR primer dapat menempel pada pita DNA sehingga dapat
teramplifikasi.
4.2 Seleksi Primer Cross Spesies Amplification
Seleksi primer dimaksudkan untuk mencari primer yang dapat menghasilkan amplifikasi. Keberhasilan amplifikasi dengan PCR didasarkan pada
kesesuaian primer yang digunakan. Seleksi primer yang digunakan untuk kegiatan teknik mikrosatelit pada penelitian ini menggunakan primer dari hasil seleksi 10
primer spesifik untuk nuklear DNA inti. Untuk analisis DNA inti pada daun dari 10 primer spesifik yang diseleksidiuji hanya ada empat primer yang
memperlihatkan pola pita polimorfik, yaitu Sle01, Sle07, Shc04 dan Shc 07, sedangkan pada primer spesifik lainnya yaitu primer Sle02, Sle05, Sle08, Shc01,
Shc02 dan Shc 03 hanya memperlihatkan pola pita monomorfik. Proses cross 100x
species amplification untuk kedua jenis primer Shc dan Sle tersebut juga sudah pernah berhasil dilakukan pada jenis Shorea robusta Panday dan Geburek 2009.
Berdasarkan hasil seleksi primer tersebut, primer yang digunakan adalah primer yang teramplifikasi yang menghasilkan fragmen DNA polimorfik. Pada
penelitian ini pemilihan primer yang diguanakan adalah sebanyak tiga primer yaitu Sle01, Sle07 dan Shc04. Hal ini berdasarkan pada keterwakilan jumlah
primer polimorfik yang telah diuji diseleksi. Gambar 7.
a
b 1
2 3
7 6
5 4
50 bp 50 bp
100 bp 150 bp
200 bp 250 bp
100 bp 150 bp
200 bp 250 bp
