Seleksi Primer Cross Spesies Amplification

species amplification untuk kedua jenis primer Shc dan Sle tersebut juga sudah pernah berhasil dilakukan pada jenis Shorea robusta Panday dan Geburek 2009. Berdasarkan hasil seleksi primer tersebut, primer yang digunakan adalah primer yang teramplifikasi yang menghasilkan fragmen DNA polimorfik. Pada penelitian ini pemilihan primer yang diguanakan adalah sebanyak tiga primer yaitu Sle01, Sle07 dan Shc04. Hal ini berdasarkan pada keterwakilan jumlah primer polimorfik yang telah diuji diseleksi. Gambar 7. a b 1 2 3 7 6 5 4 50 bp 50 bp 100 bp 150 bp 200 bp 250 bp 100 bp 150 bp 200 bp 250 bp c Keterangan: a 1 = Primer Sle08, 2 = Primer Sle02, 3= Primer Sle05; b 4= Primer Shc03, 5=Primer Shc02, 6=Primer Shc01 dan 7=Shc07; c 8=Primer Sle07, 9=Primer Shc04 dan 10=Primer Sle01. Gambar 7 Foto hasil seleksi primer Pada Gambar 7a menunjukkan bahwa adanya lokus dan jumlah alel yang sama monomorfis, hal ini berhubungan dengan tipe pengulangan dari primer yang digunakan dan jumlah sampel yang digunakan. Sedangkan pada Gambar 7c menunjukkan adanya kecocokan dalam amplifikasi primer terhadap DNA dimana ditemukan posisi lokus pada alel yang berbeda, sehingga dapat dikatakan bahwa lokus tersebut polimorfik. Hasil elektroforesis pada gel poliakrilamid mampu memisahkan DNA lebih sempurna. Penentuan ukuran dan jumlah alel yang muncul pada gel didasarkan pada asumsi bahwa semua pita DNA yang memiliki laju migrasi yang sama disebut homolog Leung et al dalam Munarti 2005. Berdasarkan amplifikasi tiga primer yang digunakan yaitu Sle01, Sle07 dan Shc04 dapat dilihat jumlah alel yang ditemukan adalah minimum 1 alel dan maksimum 2 alel dan menghasilkan lokus polimorfik. Pada Gambar 8 dapat dilihat bahwa DNA S.laevis menggunakan primer Shc04 memiliki fragmen DNA 8 10 9 50 bp 100 bp 150 bp 200 bp 250 bp atau pita dengan berukuran antara 60-80 bp. Sedangkan untuk primer Sle01 dan Sle07 masing-masing memiliki fragmen DNA pada ukuran 150-200 bp dan 190 - 210 bp. Hal ini dapat dilihat perbandingan hasil produk PCR awal yang digunakan pada jenis Shorea leprosula dan Shorea curtisii dengan hasil produk PCR pada jenis S.laevis. Adapun rinciannya disajikan pada Tabel 7. Tabel 7 Perbandingan ukuran pasangan basa base pairs Primer Hasil PCR awal bp Hasil PCR pada S. laevis bp Keterangan Sle01 179-188 150-200 Polimorfik Sle07 175-190 190-210 Polimorfik Shc04 96 60-80 Polimorfik Pada Tabel 7 dapat dilihat bahwa primer Shc04 memiliki lokus awal hasil PCR awal 96 bp dan lokus pada S.laevis 60-80 bp, hal ini diduga adanya mutasi yang mengubah informasi genetik di dalam urutan DNA pada gen. Menurut Welsh 1990, mutasi dapat terjadi secara spontan dalam frekuensi tertentu yang tergantung pada keadaan lokus itu sendiri dan informasi genetik disekitar kromosom. Mutasi pada beberapa lokus dapat terjadi dengan mudah, sementara pada lokus - lokus lain kromosomnya sangat stabil. Tingkat kestabilan kromosom terhadap mutasi tergantung pada keadaan alel yang mengendalikan lokus. 4.3 Interpretasi dan Analisis Data 4.3.1 Keragaman Genetik dalam Populasi Peubah yang digunakan untuk mencirikan keragaman genetik dalam populasi yaitu Presentase Lokus Polimorfik PLP, jumlah alel yang diamati na, jumlah alel efektif ne dan variasi genetik He Finkeldey, 2005. Nilai peubah numerik hasil analisis berdasarkan mikrosatelit pada daun S. laevis disajikan pada Tabel 8, sedangkan hasil skoring pita DNA disajikan pada Lampiran 2. Tabel 8 Peubah yang mencirikan keragaman genetik dalam populasi Shorea laevis No. Populasi N PLP na ne He 1 Batu Ampar 20 100 2,3333 1,8384 0,4467 2 Berau 20 100 2,6667 1,7881 0,3958 3 Sarpatim 20 100 1,7802 0,6332 0,4200 4 Suka Jaya Makmur 20 100 2,6667 1,8229 0,4325 5 Bukit Bangkirai 20 100 2,3333 1,8826 0,4646 6 Sari Bumi Kusuma 20 100 2,0000 1,8235 0,4400 7 ITCIKU 20 100 2,3333 2,0444 0,5104 Rata-rata 20 100 2,3019 1,6904 0,4443 Keterangan : N = Jumlah total individu; PLP = Persentase Lokus Polimorfik; na = Jumah alel yang diamati; ne = Jumah alel efektif Kimura and Crow 1964; He = Diferensiasi genetik Nei 1973Heterozigositas harapan Berdasarkan Tabel 8 dapat dilihat bahwa nilai rata-rata PLP = 100 , na = 2,3019, ne = 1,6904 dan H e = 0,4443. Secara umum nilai variasi genetik ini lebih kecil bila dibandingkan dengan jenis Shorea lainnya yang juga dianalisis dengan menggunakan penanda mikrosatelit, dimana pada jenis Shorea cordifolia nilai He = 0,723 Stacy et al 2001, Shorea curtisii nilai He = 0,639 Ujino et al. 1998, S. leprosula Lee et al. 2004 dan Isoda et al. 2005 masing-masing nilai He = 0,622 dan 0,686 serta pada Jati Tectona grandis He= 0,601 Tabel 9. Kemungkinan yang menyebabkan rendahnya nilai keragaman yang didapat pada penelitian ini adalah jumlah penandalokus yang digunakan sedikit. Tabel 9 Keragaman genetik beberapa jenis Meranti dan Jati Populasi S. laevis di PT. ITCIKU memiliki nilai keragaman genetik tertinggi dengan nilai H e = 0,5104 garis melingkar merah. Sedangkan populasi yang memiliki nilai rata-rata H e paling kecil adalah S. laevis Berau, yaitu H e = 0,3958 garis melingkar hijau. Adanya nilai He tertinggi sebesar 0,5104 di lokasi PT ITCIKU, menjadikan bahwa keragaman genetik dari lokasi tersebut dapat mewakili keragaman secara keseluruhan dari enam lokasipopulasi lainnya. No Jenis Metode H e Sumber 1 S. cordifolia Mikrosatelit 0,723 Stacy et al. 2001 2 S. curtisii Mikrosatelit 0,639 Ujino et al. 1998 3 S. leprosula Mikrosatelit 0,622 Lee et al. 2004 4 S. leprosula Mikrosatelit 0,686 Isoda et al. 2005 5 Tectona grandis Mikrosatelit 0,601 Munarti 2005