Untuk kepentingan pemeriksaan, pemeriksa dapat meminjam buku-buku, catatan-catatan, atau dokumen-dokumen lain yang berkenaan dengan permohonan
pengembalian. Adapun dokumen yang diperiksa dapat berupa: Faktur Pajak, Surat Setoran Pajak, Bill Of Lading BL, Pemberitahuan Impor Barang Untuk dipakai
PIUD, dan Pemberitahuan Ekspor Barang PEB. Dokumen-dokumen tersebut akan diperiksa baik secara formal maupun material. Secara formal akan diperiksa
tentang kelengkapan, kejelasan, dan kebenaran dokumen tersebut dengan tidak mempermasalahkan transaksi penyerahan yang tertera pada dokumen tersebut
apakah sudah benar secara materi dan apakah transaksinya benar-benar terjadi. Jika data atau keterangan yang harus dicantumkan tidak lengkap, tidak jelas dan
tidak benar, maka tidak dapat dibenarkan sebagai bukti permohonan restitusi. Secara materi maka terhadap dokumen-dokumen tersebut akan diteliti
tentang kelainan angka-angka yang tertera pada dokumen tersebut. Penelitian adalah serangkaian kegiatan yang dilakukan untuk menilai
kelengkapan pengisian Surat Pemberitahuan dan lampiran-lampirannya termasuk penilaian tentang kebenaran penulisan dan penghitungannya. Sehubungan dengan
penelitian terhadap dokumen yang berupa Faktur Pajak maka dapat diterangkan bahwa terhadap Faktur Pajak, baik itu Faktur Pajak Masukan maupun Faktur
Pajak Keluaran akan dilakukan penelitian secara formal maupun material dengan tata cara yang berlaku.
d. Konfirmasi
Salah satu penelitian terhadap Faktur Pajak adalah konfirmasi. Tata cara konfirmasi sejak 1 Januari 2001 menggunakan Sistem Informasi Perpajakan SIP.
Universitas Sumatera Utara
Sistem “Konfirmasi PK-PM” dilakukan dengan menggunakan sarana yang ada pada Intranet Direktorat Jenderal Pajak.
Hasil konfirmasi dalam aplikasi SIP dapat berupa:
a. Faktur Pajak Pajak Masukan yang dilaporkan oleh PKP Pembeli sesuai
dengan Pajak Keluaran yang dilaporkan PKP Penjual. b.
Faktur Pajak Pajak Masukan yang dilaporkan PKP Pembeli tidak sesuai dengan Pajak Keluaran yang dilaporkan oleh PKP Penjual. Ketidaksesuaian
tersebut disebabkan antara lain karena kode seri dan nomor Faktur Pajak, tanggal Faktur Pajak dan atau jumlah pajak yang dipungut pada rekaman data
Faktur Pajak PKP Pembeli berbeda dengan yang dilaporkan PKP Penjual. c.
Tidak ada data pembanding yang mungkin disebabkan PKP Penjual belum tidak melaporkan Pajak Keluarannya atau KPP tempat PKP Penjual
diadministrasikan belum melakukan perekaman. d.
PKP Pembeli belum melaporkan sebagai Pajak Masukan tetapi PKP Penjual telah melaporkan Pajak Keluarannya.
Adapun dari konfirmasi ini akan terjadi dua macam kemungkinan: 1.
Sampai batas waktu penyelesaian restitusi, KPP yang bersangkutan belum menerima jawaban konfirmasi
2. Jawaban konfirmasi diterima yang menyatakan bahwa :
a. PKP telah melaporkan Faktur Pajak yang dibuatnya
b. PKP yang membuat Faktur Pajak belum melaporkan dalam SPT Masa
PPN-nya; atau
Universitas Sumatera Utara
c. Pengusaha yang membuat Faktur Pajak ternyata belum dikukuhkan
sebagai PKP Dalam Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-754PJ2001
tentang Konfirmasi Faktur Pajak dengan Aplikasi Sistem Informasi Perpajakan, bahwa bagi unitkantoryang melakukanmeminta konfirmasi, apabila dalam
jangka waktu 1 satu bulan sejak tanggal pengiriman permintaan konfirmasi klarifikasi dikirimkan melalui faksimile jawaban klarifikasi belum tidak diterima
dan berdasarkan hasil pengujian arus barang dan atau arus uang dapat dibuktikan bahwa Faktur Pajak tersebut sah adanya maka Faktur Pajak yang dimintakan
klarifikasi tersebut dapat diperhitungkan sebagai Pajak Masukan yang dapat dikreditkan.
Sedangkan bagi kantor yang dimintakan konfirmasi, dalam hal Faktur Pajak tidak atau belum dipertanggungjawabkan sebagai Pajak Keluaran atau PKP
Penjual maka segera diterbitkan Surat Teguran kepada PKP Penjual agar dalam jangka waktu paling lambat 7 tujuh hari sejak tanggal Surat Teguran PKP segera
melaksanakan kewajiban perpajakannya sesuai dengan ketentuan yang berlaku.
e. Penerbitan Surat Ketetapan Bayar Lebih Pajak SKPLB
