Halophila, diketahui, dapat tumbuh di perairan yang sangat jernih seperti di Great Barrier Reef Australia hingga kedalaman 58 meter di bawah permukaan laut. Jenis
lamun berukuran besar seperti Thalassia, Halodule, Enhalus dan Cymodocea lebih menyukai daerah perairan yang dangkal Short dan Coles 2003.
c. Pasang Surut dan Paparan OmbakGelombang Exposure
Sebagian besar jenis lamun yang tumbuh di perairan dangkal, sangat dipengaruhi oleh pasang surut perairan. Saat surut terendah, daun lamun akan
rebah, mengalami kekeringan dan terbakar oleh intensitas cahaya matahari yang tinggi. Sedangkan saat musim gelombangombak yang besar, kebanyakan daun
lamun akan gugur, terlepas dari batang atau rhizomanya Short dan Coles 2003. Di Kepulauan Spermonde, pasang tertinggi dan surut terendah setiap tahun terjadi
pada bulan Agustus-Desember Erftemeijer dan Herman 1994. Pasang surut dan paparan ombakgelombang sangat berpengaruh bagi
komunitas lamun yang tumbuh di daerah perairan yang dangkal. Arus pasang surut yang kuat, dapat menarik sedimen atau pasir keluar menjauh dari pantai,
sehingga akan menimbun daun lamun yang tumbuh di dasar perairan. Pulau kecil seperti Bone Batang, umumnya memiliki perbedaan pasang surut yang kecil.
d. Salinitas
Besaran salinitas dipengaruhi oleh kandungan garam dalam air laut dan suplai air tawar, baik oleh air hujan maupun oleh masukan input dari sungai.
Beberapa jenis lamun seperti Ruppia, memiliki kisaran toleransi yang besar terhadap salinitas. Sedangkan, jenis lamun lainnya cenderung memiliki kisaran
salinitas yang sempit. Salinitas yang terlalu tinggi dapat menyebabkan gagalnya proses perkecambahan lamun, terganggunya konsentrasi cairan osmosis dalam sel,
terhentinya proses reproduksi dan berkurangnya daya tahan terhadap penyakit.
e. Suhu
Suhu merupakan salah satu faktor yang berpengaruh terhadap pertumbuhan dan penyebaran lamun. Suhu yang terlalu tinggi dapat mengganggu
terjadinya fotosintesis, terhambatnya proses pembungaan dan perkecambahan biji. Kenaikan suhu juga dapat memicu terjadinya kenaikan laju respirasi yang
berakibat pada meningkatnya laju metabolisme dan terganggunya proses fisiologis
dalam sel Hemminga dan Duarte 2000; Short dan Coles 2003; Waycott et al 2004.
2.1.3 Tipe Habitat Lamun
Karakteristik habitat lamun terutama ditentukan oleh kondisi geomorfologi dasar perairan, di mana komunitas lamun tersebut tumbuh. Berdasarkan faktor
lingkungan yang mempengaruhinya, Waycott et al. 2004, membagi daerah tempat tumbuhnya lamun menjadi enam tipe habitat, yaitu: intertidal, subtidal,
rataan terumbu, perairan dalam, pantai daratan utama dan daerah muara sungaiestuariamangrove.
Tipe habitat intertidal umumnya menempati daerah perairan dangkal di pantai yang landai dan berhadapan dengan laut terbuka seaward. Habitat ini
sangat dipengaruhi oleh dinamika pasang surut, perubahan suhu dan intensitas cahaya yang tinggi. Substrat didominasi oleh pasir atau pecahan karang. Daerah
yang lebih dekat dengan tepi daratan umumnya lebih terlindung sheltered. Sedangkan daerah intertidal yang berbatasan dengan rataan terumbu reef flat,
lebih terpapar exposed oleh gelombang pecah yang datang dari arah luar. Saat surut terendah, dasar perairan di daerah intertidal akan muncul ke permukaan dan
mengalami kekeringan selama beberapa jam. Tipe habitat subtidal terletak di daerah pantai yang sempit dan curam serta
berhadapan dengan daratan utama leeward. Habitat ini selalu tergenang sepanjang tahun dan tidak pernah kering, meskipun daerah pantai mengalami
surut terendah. Kondisi lingkungan di daerah subtidal umumnya lebih stabil. Tipe habitat rataan terumbu dicirikan oleh paparan energi gelombang yang
tinggi, dominasi substrat keras dan pecahan karang, kurangnya endapan sedimen dan kurangnya kandungan bahan organik nutrien dalam sedimen. Beberapa jenis
karang keras dari marga Porites dan Acropora sering ditemukan di antara tegakan lamun. Tipe habitat lamun ini umumnya terletak cukup jauh dari tepi pantai dan
lebih dekat dengan lereng slope yang berbatasan dengan perairan dalam. Tipe habitat perairan dalam didefenisikan sebagai dasar perairan yang
ditumbuhi oleh lamun pada kedalaman lebih dari 15 meter di bawah permukaan laut. Kondisi perairan yang dalam menyebabkan berkurangnya penetrasi cahaya
matahari ke dalam kolom air. Hal ini menjadi faktor pembatas bagi lamun untuk
tumbuh dan berkembang. Jenis lamun yang tumbuh di habitat perairan dalam umumnya didominasi oleh jenis lamun berukuran kecil dari marga Halophila.
Tipe habitat pantai daratan utama umumnya didominasi oleh substrat berpasir atau pasir lumpur dengan topografi yang dangkal. Kondisi lingkungan di
habitat ini banyak dipengaruhi oleh daratan didekatnya seperti input partikel organik yang tinggi, perubahan salinitas dan temperatur. Jenis lamun berukuran
besar seperti Enhalus, Thalassia dan Cymodocea banyak ditemukan di habitat ini. Tipe habitat muara sungaiestuaria ditandai oleh input air tawar, lumpur
dan partikel organik dari daratan dalam jumlah yang sangat besar. Kondisi substrat di habitat ini sebagian besar didominasi oleh lumpur. Perubahan suhu dan
salinitas tergolong tinggi sepanjang tahun. Kandungan oksigen dalam sedimen umumnya lebih rendah dibandingkan tipe habitat lainnya. Jenis lamun yang
tumbuh di habitat ini didominasi oleh marga Cymodocea, Enhalus, Halodule dan Thalassia.
2.2 Bio-ekologi Makrozoobentos
