12 yaitu pada koleksi padi Ramos, Kukubalam, Sigambiri Merah, Martabe dan Mandailing sedangkan pita yang paling tipis diperoleh pada sumur gel 2 yaitu padi
Sigudang. Pita tipis pada DNA total yang diperoleh pada isolasi DNA dengan menggunakan metode CTAB, kemungkinan disebabkan karena teknis kerja yang
dilakukan saat isolasi, yaitu saat proses pemipetan. Diduga pada saat pemipetan pada proses purifikasi, lapisan atas tidak keseluruhan diambil melainkan hanya 600
µ L, sedangkan masih terdapat sisa dari lapisan atas yang kemungkinan larutan yang
tidak terambil, mengandung banyak DNA total. Menurut Mulyani et al., 2013 pengambilan lapisan air yang menagdung Clorofoam:Isoamylalcohol yang telah
disentrifugasi ikut menetukan jumlah DNA total yang diambil. Disamping itu proses pengambilan DNA tersebut ikut menentukan kualitas DNA hasil isolasi yang
ditunjukkan pada proses elektroforesis. Isolasi DNA yang dilakukan telah mengalami modifikasi pada
beberapa tahapan yaitu saat inkubasi pada sampel yang telah digerus dengan suhu 65 °C selama 45 menit kemudian divortex setiap 15 menit sekali yang jika mengacu
pada protokol yang telah dilakukan oleh Borge et al., 2009 hanya dibolak-balik saja. Hal ini sesuai dengan yang telah dilaporkan oleh Mulyani et al., 2013 proses
penghomogenan dengan vortex mixer membantu dalam proses lisis sel.
4.2 Uji Kualitas dan Kuantitas DNA Total Padi Lokal Sumatera Utara
DNA total yang telah diperoleh diuji secara kualitatif dan kuantitatif dengan menggunakan
nanofotometer IMPLEN P-360 Nanofotometer P-Class menunjukkan hasil pengukuran DNA yang meliputi kosentrasi dan kemurnian
DNA total padi Tabel 4.2
Universitas Sumatera Utara
Tabel 4.2 Pengukuran Kosentrasi dan Kemurnia DNA daun Padi
No Nama Sampel
Kemurniaan Kosentrasi
1. IR64
1,867 350 ngµL
2. Sigudang
1,930 275 ngµL
3. Sigambi
1,787 210 ngµL
4.
Siasahan 1,833
52,5 ngµL
5. Siorsik
1,937 305 ngµL
6. Ramos
1,83 353 ngµL
7. Kukubalam
1,929 410 ngµL
8. Talipuyu
2,00 50 ngµL
9.
Sigambiri Putih 1,922
308 ngµL
10. Sigambiri Merah
1,865 232 ngµL
11. Martabe
1,905 453 ngµL
12 Mandailing
1,835 418 ngµL
Pada Tabel 4.2 menunjukkan hasil uji kualitatif DNA total padi dengan nilai kemurnian terendah diperoleh sebesar 1,830 pada koleksi padi Siasahan dan
nilai kemurniaan tertinggi sebesar 2,00 pada koleksi padi Talipuyu, hal ini sesuai dengan literatur dari Fatchiyah et al., 2011 bahwa nilai kisaran kemurnian DNA
adalah 1.8 – 2.0. Kemurnian DNA target sangat penting, karena ketidakmurnian
suspesi DNA dapat mempengaruhi reaksi amplifikasi dan dapat menghambat kerja enzim DNA polimerase. Oleh sebab itu, hasil isolasi DNA total padi pada penelitian
ini sudah dapat digunakan untuk analisis amplifikasi DNA dengan menggunakan mesin PCR.
DNA total padi yang diuji secara kuantitatif pada masing-masing sampel memiliki kosentrasi yang cukup tinggi dan berbeda-beda yaitu dengan kosentrasi
terendah sebesar 50 ngµ L pada padi Talipuyu dan kosentrasi DNA sampel tertinggi sebesar 453 ngµ L pada padi Martabe, maka perlu dilakukan pengenceran
dikarenakan menurut Padmadi 2009 kosentrasi DNA yang diperlukan untuk amplifikasi PCR tidak begitu besar. Pengenceran dilakukan juga bertujuan untuk
menyeragamankan kosentrasi DNA sampel dengan harapan jumlah amplifikasi DNA juga seragam. Menurut Simatupang 2015, Kosentrasi DNA yang biasanya
digunakan dalam proses PCR adalah 0,5-50 ngµ L. Menurut Azizah 2009,
Universitas Sumatera Utara
tingginya kosentrasi cetakan DNA yang digunakan dalam PCR akan menghasilkan amplifikasi DNA yang kurang baik. Cetakan DNA yang terlalu banyak
kemungkinan menyulitkan primer yang digunakan untuk menempel. Menurut Haris et al., 2003, kosentrasi DNA akan berdampak pada kualitas
fragmen hasil amplifikasi. Kosentrasi DNA yang rendah akan menghasilkan fragmen yang tipis, sebaliknya kosentrasi DNA yang tinggi akan menyebabkan
fragmen terlihat tebal sehingga sulit membedakan antar fragmen.
4.3 Amplifikasi DNA Total Padi Lokal Sumatera Utara dengan Menggunakan Marka SSR
