BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil analisis keanekaragaman genetik dengan menggunakan 4 penanda SSR yaitu RM 20, RM 580, RM 131 dan RM 413 menujukkan hasil sebagai berikut.
4.1 Hasil Isolasi DNA Total Padi Lokal Sumatera Utara
Hasil isolasi DNA total 12 koleksi padi dielektroforesis pada gel agarose 1 Gambar 4.1. Pengujian ini dilakukan untuk mengetahui kualitas DNA yang
diperoleh sehingga dapat digunakan dalam analisis selanjutnya yaitu amplifikasi DNA total dengan PCR.
Gambar 4.1 Elektroferogram DNA total Padi Lokal Sumatera Utara. M marker 1 kb 1. IR64 2. Sigudang 3. Sigambi 4. Siasahan 5. Siorsik 6. Ramos 7.
Kukubalam 8. Talipuyu 9. Sigambiri Putih 10. Sigambiri Merah 11. Martabe 12. Mandailing
Pada Gambar 4.1. menunjukkan hasil pita DNA dengan menggunakan metode CTAB 2-4. Seluruh pita DNA total memperlihatkan pita yang utuh dan
memiliki ukuran diatas 1000 bp. Menurut Syafruddin Santoso 2011, keutuhan pita yang ditandai dengan tidak adanya smear pada pita DNA yang diperoleh
menjadi penting karena pada proses PCR, DNA yang masih utuh akan memberikan hasil yang relatif lebih akurat.
Hasil visualisasi DNA total padi menunjukkan ketebalan pita yang berbeda- beda pada masing-masing koleksi padi. Ketebalan dapat mempengaruhi amplifikasi
DNA. Ketebalan suatu pita DNA berbanding lurus dengan kosentrasi DNA, dimana semakin tebal pita DNA yang diperoleh maka semakin tinggi pula kosentrasi DNA.
Pada masing-masing sumur gel yang dapat dilihat pada Gambar 4.1 menunjukkan bahwa pita yang paling tebal diperoleh pada sumur gel 6,7,10, 11 dan
Universitas Sumatera Utara
12 yaitu pada koleksi padi Ramos, Kukubalam, Sigambiri Merah, Martabe dan Mandailing sedangkan pita yang paling tipis diperoleh pada sumur gel 2 yaitu padi
Sigudang. Pita tipis pada DNA total yang diperoleh pada isolasi DNA dengan menggunakan metode CTAB, kemungkinan disebabkan karena teknis kerja yang
dilakukan saat isolasi, yaitu saat proses pemipetan. Diduga pada saat pemipetan pada proses purifikasi, lapisan atas tidak keseluruhan diambil melainkan hanya 600
µ L, sedangkan masih terdapat sisa dari lapisan atas yang kemungkinan larutan yang
tidak terambil, mengandung banyak DNA total. Menurut Mulyani et al., 2013 pengambilan lapisan air yang menagdung Clorofoam:Isoamylalcohol yang telah
disentrifugasi ikut menetukan jumlah DNA total yang diambil. Disamping itu proses pengambilan DNA tersebut ikut menentukan kualitas DNA hasil isolasi yang
ditunjukkan pada proses elektroforesis. Isolasi DNA yang dilakukan telah mengalami modifikasi pada
beberapa tahapan yaitu saat inkubasi pada sampel yang telah digerus dengan suhu 65 °C selama 45 menit kemudian divortex setiap 15 menit sekali yang jika mengacu
pada protokol yang telah dilakukan oleh Borge et al., 2009 hanya dibolak-balik saja. Hal ini sesuai dengan yang telah dilaporkan oleh Mulyani et al., 2013 proses
penghomogenan dengan vortex mixer membantu dalam proses lisis sel.
4.2 Uji Kualitas dan Kuantitas DNA Total Padi Lokal Sumatera Utara
