UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Keuntungan pemeriksaan PCR adalah bila bakteri ada maka diagnosis dapat dipastikan dengan cepat terutama pada fase dini penyakit sebelum
titer antibodi dapat dideteksi. Kelemahannya memerlukan peralatan dan tenaga ahli khusus. Disamping itu, PCR dapat memberikan hasil positif
palsu, apabila terkontaminasi oleh DNA asing. Dia juga dapat memberikan hasil negatif palsu, karena spesimen klinik yang diperiksa sering
mengandung inhibitor seperti heparin dan saponin WHO, 2003.
2.2 DNA
2.2.1 Struktur DNA dan Sifat Kimia DNA
DNA dan RNA merupakan polimer linier polinukleotida yang tersusun dari subunit atau monomer nukleotida. Komponen penyusun nukleotida terdiri
dari tiga jenis molekul, yaitu gula pentosa deoksiribosa pada DNA atau ribosa pada RNA, basa nitrogen, dan gugus fosfat Gambar 4. Basa yang ditemukan
pada nukleotida adalah basa purin adenin = A, guanin = G dan basa pirimidin
sitosin = C, timin = T, urasil = U. Monomer nukleotida mempunyai gugus
hidroksil pada posisi karbon 3’, gugus fosfat pada posisi karbon 5’ dan basa pada posisi karbon 1’ molekul gula. Nukleotida satu dengan yang lainnya berikatan
melalui ikatan fosfodiester antara gugus 5’fosfat dengan gugus 3’hidroksil.
Struktur DNA mirip dengan struktur RNA. Perbedaan diantara keduanya terdapat pada jenis gula dan basa pada monomernya serta jumlah untai penyusunnya. Pada
DNA, tidak terdapat gugus hidroksil pada posisi karbon 2’ dari molekul gula 2- deoksiribosa sementara pada RNA molekul gulanya adalah ribosa. Basa nitrogen
yang terdapat pada DNA adalah adenin, guanin, sitosin dan timin, sedangkan pada RNA jenis basanya adalah adenin, sitosin, guanin dan urasil. RNA merupakan
polinukleotida yang membentuk satu rantaiuntai sedangkan DNA merupakan polinukleotida yang membentuk 2 untai heliks ganda Gaffar, 2007.
Menurut Watson dan Crick DNA adalah untai ganda. Backbone dari masing-masing untai adalah rantai dari ribosa lima karbon gula dan grup fosfat
yang memiliki basa nitrogen A, T, C, dan G ikatan hidrogen yang dibentuk oleh pasangan basa A-T dan C-G bersama Stone, 2004.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Struktur molekul DNA merupakan rantai heliks ganda yang memutar ke kanan Gambar 4. Kedua rantai polinukleotida memutar pada sumbu yang sama
dan bergabung satu dengan yang lainnya melalui ikatan hidrogen antara basa- basanya. Basa guanin berpasangan dengan basa sitosin, sedangkan basa adenin
berpasangan dengan basa timin. Antara basa guanin dan basa sitosin terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedang antara basa adenin dan timin terbentuk dua ikatan
hidrogen. Sehingga dalam molekul DNA jumlah basa G akan selalu sama dengan jumlah basa C, sedangkan jumlah basa A=T. Kemudian jumlah basa purin A +
G akan sama dengan jumlah basa pirimidin C + T. Kedua untai DNA saling berkomplementasi melalui basa penyusunnya dengan arah antiparalel berlawanan
5’→ 3’ vs 3’→5’, ujung yang mengandung gugus fosfat bebas disebut ujung 5’ sedangkan pada ujung lainnya yang mengandung gugus hidroksil bebas disebut
ujung 3’. Kedua untai tersebut saling melilit satu sama lain membentuk struktur heliks ganda. Gugus fosfat dan gula yang tersusun bergantian menjadi tulang
punggung backbone molekul DNA sementara pada bagian dalam terdapat basa yang melekat pada molekul gula Gaffar, 2007.
Gambar 4. Struktur double helix DNA Purves dkk., 2003.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta 2.2.2 Isolasi DNA
Semua organisme disusun oleh sel yang mengandung elemen genetik yang sama yaitu DNA yang terdapat dalam kromosom. Kromosom eukariot berbentuk
linear sedangkan kromosom prokariot berbentuk sirkular. Selain itu prokariot juga mengandung satu atau lebih plasmid. Plasmid merupakan molekul DNA sirkular
dengan ukuran yang jauh lebih kecil dibanding kromosom Gaffar, 2007. Prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari
komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan menambahkan
detergen untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease yang berfungsi mendegradasi protein dan RNase yang
berfungsi untuk mendegradasi RNA, sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu 90
o
C untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA DNase. Larutan DNA kemudian di presipitasi
dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air Gaffar, 2007.
2.3 Polymerase Chain Reaction PCR
